公社群聊Q&A整理：2017.01.22 05 ~ 2017.02.05 17 Mark

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-3-13 16:11:33

本帖由 @978142355 整理

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2017.01.22 04:59:36
Q:
老师，你好，我在做结构优化的时候第一步用的3-21g收敛了，第二步guess=read，用6-31g*加了int=ultrafine结果不收敛，想问一下为什么会出现这种结果？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
guess=read根本没意义
Q:
不是说读入原先波函也会有些帮助吗/发呆
A:
能有什么帮助，又不是SCF不收敛
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2017.01.22 07:08:12
Q:
建议将本群开成收费群，每人15元群费，有1000人缴费，就有15000。不愿意交钱的出去，交的钱用于群务管理和麻烦管理员按线下班录制一套基础课程挂在网上，每个人分配一个账号和密码。/呲牙
当然视频只可观看不可下载
我觉得挺好，15元不多，管理员负起责任，多出精品，可以形成良性循环，不过可能基础教程的话针对性不是那么广
[表情]只可观看不可下载在技术上几乎不可能实现。（另，线下课程的视频真的只值15块钱嘛[图片]）
肯定不止15元，但是这是一种新的方式，叫众筹/呲牙
比如有2000人，那就是3万，3万块麻烦老师做两天课程，就当茶水费了嘛。
洗洗睡吧
15元只是一个比方
A:
不会搞什么收费群。本群目的是促进学术交流，不是盈利
想系统性学习量子化学和分子动力学以及Multiwfn就报科音的班，培训班也*绝对*不会提供在线视频的
参考：
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
还有，“有1000人缴费，就有15000”够干啥，基本生活开支都不够
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2017.01.22 16:23:37
Q:
大家好，我把虚拟机装到实验室电脑上，用VMware的时候很占用物理内存，物理内存占到95%，关掉VMware以后物理内存马上降到40%左右，这样的话每次使用虚拟机都很卡，请问有没有解决办法呢？
A:
关了vmware还占40%内存，明显后台程序开得太多了
用虚拟机时候注意看有没有大量读写硬盘，有的话，说明对虚拟内存大量读写肯定慢
把后台程序能关则关，还不行把给虚拟机的内存减小500MB
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2017.01.22 17:28:47
Q:
老师看过渡态前线轨道电子云分布图的时候是看α电子的还是β电子的
A:
用轨道讨论过渡态没什么用
Q:
做实验的问我做出来的过渡态HOMO的电子云分布为啥只有一部分，别的过渡态分子为啥电子云覆盖了整个分子，就是昨晚我问过李老师的那问题，我跟她解释说是因为反应没发生在HOMO-LUMO之间，问我这是为啥，我再想怎么跟她解释/尴尬
跟做实验的人要直接问他想解释/预测什么【实验】问题，比如取代基A换成BCDE时，结果有变好/差的趋势。你是搞理论的，别让他帮给你做理论分析，比如别听他说“我们实验发现HOMO越高结果越好”，因为HOMO的数值不是有机反应能测出来了，掺了他自己(不靠谱的/古老的/obsolete的)理论分析
A:
+1
Q:
恩恩，最重要的是要搞清楚想解释啥问题，这个非常赞同[表情]我们做理论的不能一味地被实验现象牵着鼻子走[表情]
A:
1 本来化学反应是发生在“HOMO与LUMO之间”这种说法局限性就非常大。概念密度泛函理论比前线轨道理论普适得多。拿这个来说事之前，就得先搞明白凭什么有时候能这么说。
2 假定前线轨道理论适用，那也仅仅是根据反应初期的单体的HOMO、LUMO的形状和能量对过渡态势垒进行粗略地预测，从而定性解释反应难易以及位点，懂得Fukui当初是怎么提出来的FMO理论就自然会明白，这不是猜出来的，而是对分子间二阶微扰作用简化来的。本来根本就没什么道理要求“过渡态时候HOMO得覆盖整个分子”
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2017.01.22 18:15:09
Q:
我以为长城只卖电源
用过长城0520， Intel8086， 128Kb ram， 40mb 硬盘
A:
我正要说长城硬盘
长城硬盘我倒没亲自用过
长城宽带真是我用过最烂的网，比宽带通还烂
Q:
[表情] sob 咱能不跑题么？
长城宽带还做硬盘[emoji]。。
你为啥要买长城电脑。。
性价比高吧
A:
[图片]
长城还出机箱
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2017.01.22 22:19:28
Q:
VMD怎样才能并行计算啊，我的一直只用一个核
A:
没法并行计算
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2017.01.23 00:43:53
Q:
群主，讲义136页介绍的静电和范德华相互作用能，这个是属于焓变还是自由能变？它俩与mmpbsa得到的结合自由能相比较，应该结合自由能包括它俩，对不对？如果它俩是焓变，那么结合自由能是能变，我们如何转化为相同项目，例如都是能变？如果它俩是能变，那么它俩与结合自由能的差值是哪一个，空穴能麼？
A:
那个就对应于MMPBSA算的结合自由能的MM部分
是内能变
Q:
剩下溶剂能-T乘以deltaS怎么分别求出来？
A:
整体减片段的PBSA值就是溶解自由能的变化部分
对轨迹中每一帧做正则振动分析可以把-TS考虑（但一般不考虑，耗时极高而且往往并不改进结果）
Q:
看公式，这个MM部分是真空中受体与配体结合前后动力学的差值，这样理解对么？如果对，我很好奇的是，用讲义136页的方法，是不是与 g_mmpbsa的MM部分一样，谁做过吗？
A:
对
是
MMPBSA不管什么程序实现，基本原理都是标准化的
Amber的MMPBSA也一样
Q:
比较同一个蛋白的两种不同的构象。也是用mmpbsa么？
A:
配体受体用的结构都是复合物的轨迹，不是单独跑出来的，所以没有int项的变化
如果比较不同构象的自由能，将MMPBSA作为一种计算溶液中自由能的方式，也可以比。
或者直接用gmx里GBSA模型下的体系总能量求时间平均来比较也可以
Q:
如果是第二种方法，蛋白质的轨迹是非要要在gb模型下跑么。还是说也可以在显示溶剂下跑？
A:
一般都是显式溶剂下跑，之后把水去掉，再计算MMPBSA或MMGBSA能量
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2017.01.23 00:49:09
Q:
师兄，算单点意外停止之后能否续算？关键词怎么写呢？
SCF能重启么？单点我只知道cc能重启
看看guess=read能不能读出来
A:
SCF没法续算
收敛之后才会往chk里写入波函数
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2017.01.23 01:12:04
Q:
这个MM部分除了范德华力和库仑力，还包括Eint，其中int指键角和二面角等啊，
A:
受体配体间除非有共价作用才考虑这项
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2017.01.23 01:32:28
Q:
麻烦问下各位有没有知道CCL邮箱退订是怎么操作呢？
A:
CCL网站上肯定有写
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2017.01.23 01:50:36
Q:
请问一下，应对爆掉的体系就照着manual中的blow up排查是吗？
A:
连用的程序都不说，unanswerable
Q:
sorry，用的gromacs
A:
[图片]
[图片]
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2017.01.23 02:09:29
Q:
sob老师，计算闭壳层的过渡金属配合物，然后stable=opt，等到了更低的能量。不过用了alpha和beta两套分子轨道，但相应的alpha，beta自旋轨道能量相等，请问是为什么
A:
先仔细看两套轨道形状是否都一样
如果都一样，说明当前就是闭壳层，自旋密度也应当处处为0，只不过一开始收敛到了非基态的闭壳层波函数
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2017.01.23 02:20:26
Q:
请问我用file,render,tachyon(internal,inmemory)保存图像时产生一个文本而保存不了图像呢？谢谢
朱发岩撤回了一条消息
像这样的文本
A:
qq国际版看不到视频
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2017.01.23 02:27:35
Q:
rtf
一点击 file,render,tachyon(internal,inmemory)保存图像时产生了文件名为vmdscene的文件，然后保存时提示是否需要保存为纯文本格式的提示。
没有，估计是没安装那个软件的原因
A:
先装个irfanview，对tga格式进行关联，渲染完了自动就打开图像了
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2017.01.23 02:32:45
Q:
那mmpbsa在制作prmtop文件的时候，check定义蛋白质的时候说电荷不为0到，但是结果是unit is OK的，这个对结果有影响吗？
A:
如果你在PBC下结合显式溶剂模型模拟应当加抗衡离子使之为0。如果只是小数点后几位有一点残留的值而非精确为0倒没问题。
Q:
因为看的教程，教程里好像用的隐式溶剂模型
A:
隐式溶剂模型无所谓
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2017.01.23 02:43:00
Q:
在origin 中看立方体的截面，可以做得到吗？
[图片]比如，这是一个立方体，我把它切开看。
比如，切开X=1,Z 这个平面
说具体点，这是一个三维势能面图。
要找它在三维上的鞍点
A:
origin里不晓得，如果能转化成cube格式，可以用Multiwfn、chemcraft、VMD等看截面，也可以用Multiwfn主功能13从中提取一个截面的数据之后放到sigmaplot里作平面图
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2017.01.23 14:04:19
Q:
请问Sob老师
在<谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算>的帖子里
在298.15K下，气体1atm->1M浓度改变对应的自由能变为1.89kcal/mol
这个值是怎么计算得到的啊
是RTln24.46/4.18吗，感觉应该是的
A:
[图片]
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2017.01.23 18:40:10
Q:
各位老师好！能不能请教一下，ABU,ACE,AIB,ARGN,ASN1是什么氨基酸？
A:
ACE：乙酰基
ARGN：氮端ARG
其它的看力场原文或rtp里面的原子内容判断
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2017.01.24 03:21:57
Q:
sob老师，我stable=opt处理闭壳层过渡金属配合物，结果能量稍微低一些，不过用了alpha和beta两套分子轨道，但相应的alpha和beta轨道能量相等，轨道形状相同。应该就是闭壳层体系。
那我想分析成键状况，可以用一开始能量稍高的点子配对结果嘛？后者用了两套分子轨道，貌似不太方便做成键相关的分析@Sobereva
A:
拿当前优化出的开壳层波函数当初猜，看看做闭壳层计算能否得到比之前做闭壳层时更低的能量
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2017.01.24 03:30:05
Q:
卢老师，想请问下所说的材料模拟和生物体系模拟二者具体有区别呢？为什么要这么区分或者这么定义呢？
像前者主要用lammps，DL_POLY
A:
不同程序主要支持的力场以及力场形式不同，程序特征以及自带的分析工具也面向不同对象
lammps就没有自带amber这样生物分子力场，gromacs也不支持诸如EAM这样模拟金属常用的势函数形式
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2017.01.24 03:38:30
Q:
过渡金属硫化物或氧化物等体系里的d、f电子定域化程度高，有强的on-site Coulomb作用。纯GGA泛函一般在物理图像的描述上偏离域化，处理计算这类材料性质一般要用到Hubbard U或杂化泛函等才能合理描述（比如预测带隙性质）。但我目前对这方面的理解还不深入，对于是动态相关强还是静态相关强我也不是很清楚，等待群里做这方面的高手解答。
OA:
一般说什么什么强相关体系都是指特静态相关吧
动态相关好像没啥特异性
Q：
弱弱的问一句，静态和动态相关是什么？
特异性是什么意思
OA：
静态相关就是CASSCF - HF，动态相关就是（诸如 MP2，CI，CC） - HF
用单个还是多个行列式才能定性描述体系不涉及电子的动态相互作用就叫静态相关了
Q:
哦哦
OA:
Gap较大的时候，HF的参考基本正确，静态相关较弱，HF是各单参考相关方法的好的基础；Gap较小的时候，HF不是好的参考态，于是用CASSCF可以考虑静态相关，静态相关较强，但CASSCF几乎没有动态相关，两个都考虑要诸如MRCI的方法
所以CASSCF结果只是定性准确。还得做微扰，CI,得到动态相关
就是CASPT2, MRCI
Q:
DFT对这两种相关的描述的准确程度怎么样？好像上面都没提到DFT
OA:
这两个概念都是基于HF定义的
Q:
原来如此
OA:
DFT可以部分考虑动态相关，有些泛函也适用于静态相关较强的体系（此时因为HF渣，所以HF混的越多效果越差）
现在有哪些计算项目是必须用HF系列的方法才能得到可以接受的结果的？我记得大部分东东都可以用合适的DFT方法得到准确度足够高的结果。
Q:
那纯泛函比杂化泛函处理静态相关强体系更好喽？
A:
显然
高精度计算依然是后HF的天下。
NMR、超极化率等问题的准确计算（不引入额外参数和修正的情况下），后HF的地位依然不可动摇
Q:
您说的显然是对于[图片]这句话说的？
A:
纯泛函显然比杂化泛函处理静态相关强体系更好
Q:
NULL这段话[图片]如果是对的，那可能意味着过渡金属硫化物或氧化物的on-site Coulomb作用应该体现是动态乡关了吧。因为能更好处理静态相关的纯泛函处理处理不好on-site Coulomb作用
A:
第一性原理和量化用的不是一套语言，说的也不是同一个问题，没有对应性
Q:
不管什么相关，表面结果就是相对HF离域了，纯泛函又因为交换项抵消不了库伦项，又导致离域过度。所以null的话翻译过来应该是考虑相关过度，而实际体系没有这么强的相关。
纯泛函并不是真的考虑了静态相关，只是用自作用能代偿了静态相关的后果。
A:
DFT相对于HF的精度改进不能归结于SIE带来的error cancellation
Q:
恩我说的不准确。 dft本身含有HF没有的电子相关项，这本身就是相对HF的改进
但是能不能说 DFT对的SIE的处理不够导致了过度离域化。
因为外层电子的dft local exchange项抵消不了库伦项。导致了外层电子具有更大的正的SIE。从而变得离域。
SIE和电子相关作用应该是类似的，都是导致电子之间排斥增大而导致离域，以及占据能级的升高。
结果就是SIE的表观结果就是对correlation的过度考虑。而相应的correlation强的体系用纯泛函描述的就更好。
A:
“电子相关”最广义的定义是靠单粒子图景无法准确描述的部分。
但具体到量子化学和第一性原理这两个领域，这个词的具体含义，对应的物理意义不同。
量子化学里说的是HF描述不了的部分，第一性原理上说的是LDA/GGA不能合理描述的部分
而HF和纯泛函本身特征差异甚巨，所以强相关或者相关效应强，应该分开来说。
从SIE那种角度说的是第一原理的情况，d、f电子往往有强定域，所以LDA/GGA由于SIE问题电子离域性过大，因此描述往往不好。
而从前线轨道能级接近简并，靠HF单行列式没法定性近似描述波函数，这则是量子化学里的情况，而且更确切来说，是量子化学里的静态相关问题。
之所以纯泛函在量化里往往能不错地，至少比高HF成份的泛函描述静态相关强的体系好很多，这是因为KS-DFT方法引入行列式的目的不是像HF那样通过单行列式近似描述实际波函数（HF的这种做法在静态相关强的情况完全fail），而是得到较精确的轨道动能，因此HF色彩越弱化，HF定性描述不好的静态相关强的体系往往越能得到正确表现（泛函选取合理的前提下）。
Q:
原来第一性里面电子相关有这样的定义啊。
感觉第一性好耍赖。什么解决不了的都扔给电子相关。具体是什么问他到底是啥他也不知道。
还是觉得HF的电子相关图像清晰
属于post-HF
我把PM3和MP3搞乱了，小僧献丑了
哈哈 pm6 就不会搞乱了。
mp3的计算量比pm3大多了
mp6的意义感觉不大
MP3很少用啊
最多MP2.5
mp3和CCSD一个标度
A:
MP3的意义也就是算MP2.5
Q:
mp6好像是8次。
mp7是10次
弱弱的问下，FCI是几次？
n！
还是exp（n）
现在FCI最多算多大体系的？
我也忘了
A:
FCI/6-31G*能算几个原子
Q:
“但总的来说MP2还是要比DFT精确一些，只有在一些MP2处理会明显失败的体系中DFT才会有精度优势”---这句话怎么理解？
是不是在相同基组的情况下，MP2比DFT精确一些？
A:
那句话早就是老黄历了
Q:
MP2以上的没啥用，还不如直接转CC
A:
只要恰当选取泛函，对多数问题DFT精度完爆MP2
从B3LYP开始多半问题精度就已不输于MP2
Q:
mp2我还没用过就变成历史了。。。
不知道双杂化的意义大不大。
A:
普通泛函--双杂化--CCSD(T)
一般问题的研究基本就这三个档，其它几乎不用考虑
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2017.01.24 06:37:06
Q:
问个基本问题，主要是被审稿人搞乱了，请问MP2 是不是 semi empirical method ？
A:
不是
Q:
是属于 Perturbation theory 吧
A:
y
----------------------------------------------------
2017.01.24 06:52:22
Q:
B3LYP/6-31++g(d,p)和mp2/6-31++g(d,p)相比较，谁更好？
因为我以前优化一个SN
A:
一般问题是前者
Q:
因为我以前优化一个Sn2反应，B3LYP无法得到过渡态，反而mp2可以，这里能否说，mp2更好？
[图片]
A:
不能
MP2精度本来就不比B3LYP高，结果有差异却信MP2，根本说不通
Q:
但是真的mp2能够解决了，可以得到过渡态，b3lyp一直都得不到啊，
A:
换泛函
Q:
或者是加个d3 试试
你把mp2找到的过渡态发上来看下
A:
MP2找得到过渡态难道过渡态就理应存在？
Q:
就是么
而这个过渡态事实上偏偏是存在的
用M062X试试？
A:
上HF成分高点的
Q:
或者SCS-MP2交叉验证
mp2 对色散描述应该比b3lyp好？
A:
起码再考虑个像样的双杂化
这是肯定的
估计你用HF也照样找得到
HF成份越高，势垒往往越高
所以找得到找不到根本说明不了什么
而且找到了，也要把势垒什么的算准，不代表找到就能算准
Q:
请稍候，正在翻看两年前的记录
找到了，请看群文件
能够帮忙看看麽？b3lyp一直都做不出这个经典的反应
惭愧惭愧
A:
用MP2的TS作为初猜用B3LYP搞，并且加上隐式溶剂模型
Q:
现在是真空状态
A:
是否考虑隐式溶剂模型对此体系影响会极大
这种体系必然用M062X，默认用B3LYP本身就不对
Q:
因为真空都做不出来，后来都不敢用溶剂，
A:
越不考虑溶剂越做不出来！
Q:
用过midix也失败
A:
又不是基组的问题
6-311+G*足矣
MidiX这种非主流基组除了明尼苏达一批人没什么人用
例
[图片]
Q:
这个我们成功了，包括Br(-)+CH3Cl也没有问题
这个等热反应其实是最容易的，因为它的势垒很高，因此过渡态比较容易找到。相反的氢氧根离子就是一个坎
A:
用最合理的级别试了再说，之后再对比和反思为什么之前情况出不来，是理论方法不灵还是初猜不合适还是溶剂效应考虑不周等等
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2017.01.24 07:13:02
Q:
谁能发我一个14版的GAMESS
[图片]这里为什么不能找老版的gamess
A:
GAMESS-US 2009至今各个版本合集 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=727
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2017.01.24 07:52:29
Q:
请问中科院的博士学位论文在哪里下载啊？
知网上没有
请问Multiwfn可以计算分子的有效电场强度么？
A:
字号不要超过12
不知道你说的有效电场指什么
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2017.01.24 15:57:42
Q:
[图片]
这个anteachamber的确难装
OA:
amber16在哪儿就把/sob那个改什么什么
看看你机器上现在的amber16目录在哪儿。
在这个目录下打开终端（右键），pwd一下
把./amber16目录搞到/sob目录下就好了
[图片]
Q:
但是这里怎么就是这个呢
OA:
那里异常？
Q:
从Linktosob和sob进入amber16
OA:
路径不同
Q:
我一直没完全明白Linux下的两种link是如何运作的[图片]
OA:
反正当前这个问题 cd /sob/amber16
然后configure那条命令应该就行
Q:
那么bashrc里面路径到底怎么修改呢
改成Link那个pwd出来的东西？
OA:
如果cd /sob/amber16; ls
之后有那些程序文件
就不用改
ls完了直接运行安装教程里configure那个命令
Q:
[图片]
可以啊
但是为啥configure不过去
这个ambertools难装
比lammps都难装，哎
就是raspa也没这么囊状
OA:
此时再运行configure那条命令呢？
就截图上的状态
就是刚才不在这个目录里
Q:
那是为啥呢
我就是直接通过Link进去的啊
不知道你怎么弄得
一个是root/lin to sob/amber16
一个是/sob/amber16
这两个怎么还不同？
OA:
反正就是./configure中的“.”没有被终端展开为AMBERHOME一样的路径
其实估计你在别的目录下/sob/amber/configure或许也是可以运行的
不是有空格
而是从链接进去的
我记得sob老师不让从链接过去
娃娃说的空格倒应该不是本质，有空格的目录我也装过没问题（[图片]不要问我为什么要那么干），就是不知道链接到底怎么工作的
此链接学名应该叫“软链接”？
A:
平时做计算可以通过桌面的链接进/sob，但编译程序时候别通过那个链接进去，否则会有link to sob出现在路径中
Q:
也就是说，如果是编程，最好从桌面的终端一级一级的进入？
A:
按照视频里的方式进入，或者cd进入
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2017.01.24 19:11:24
Q:
麻烦问下：如果想知道几何优化后的最低能量，是只需要做个几何优化，然后看最后一部的能量，还是需要将优化后的结果再做能量计算啊？这两者等价吗，怎么我验证了一下，两者还是有点差别，算出的结果/惊恐
A:
只要用的级别相同，通常等价。
不同的情况基本都是因为优化时候每一步用之前步收敛的波函数当初猜，而单点计算时候默认用harris初猜，因此导致电子态可能不同
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2017.01.24 20:30:13
Q:
轨道动能是什么意思？[图片]跟轨道能有什么区别
A:
轨道动能就是轨道波函数对应动能算符那部分的期望值
这里之前表述不太准确，目的不是得到较精确的轨道动能，而是得到较精确的无相互作用粒子体系的电子总动能
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2017.01.24 21:07:39
Q:
能否解释的更清楚些
请问各位：使用TD DFT计算吸收光谱时，得到下图的数据，这里[97%] 表示什么意思？H-->L 跃迁的贡献百分比吗？[图片]
A:
y
Q:
是不是可以这样理解lammd_max 对应的激发态到基态的跃迁可以看做许多前线轨道之间跃迁组合，这里的H--》L的跃迁的贡献97%，接近100%，贡献最大。故可以认为是分子最前沿轨道的跃迁，或者pi---》pi*的跃迁
可不可以这样理解或者解释？
基态到某激发态的跃迁
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Q:
能否给这里的 97% 给个定义？称为什么好呢，跃迁轨道贡献？还是什么？
A:
对应什么类型跃迁一看轨道图就知道了
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2017.01.24 21:44:18
Q:
能不能弱弱的问一下packmol 中的inp文件怎么生成的呀？
A:
看讲义，上面全是例子，拷进去就完了
Q:
[图片]
那如果是自己后面再做其他模型直接修改就可以了吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.01.24 21:45:29
Q:
用Multiwfn做AdNDP分析，得到cube文件，但是成键情况不符合要求，采用VMD做图，可是选dynamicBonds方式可以满足成键关系，但是却不能变成球棍形式了？请问各位，有没有办法可以两全呢？非常感谢
[图片]
A:
再增加一个rep.，用vdW之类方式显示，调整好刻度
或者用mouse - add/remove bonds，点击两个原子自行连键/取消连键
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2017.01.24 21:47:08
Q:
[原创表情]
[图片]
[图片]
请问老师，为什么不出现盒子的边框呢
A:
输入pbc box，讲VMD的幻灯片里说了
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2017.01.24 22:35:05
Q:
老师，之前听李博士说新版本对激发态频率的计算还是不支持解析求导，G16有相关的手册了吗？
A:
真空下支持二阶解析导数
只不过考虑隐式溶剂模型时还只支持一阶解析导数
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2017.01.24 23:41:35
Q:
请问老师们，通常溶剂的介电常数在哪儿可以查询啊？比如PhCF3的介电常数？
A:
CRC Handbook of Chemistry and Physics、兰氏化学手册
chemspider和pubchem上可能也有
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2017.01.24 23:45:28
Q:
考虑溶剂效应的opt优化出的结构怎么老有虚频，用了tight int=ultrafine进行优化，做频率还是有虚频/泪奔
老师，求解
A:
尝试calcall
或者如果用的SMD，尝试IEFPCM
如果用了D3BJ去掉D3BJ或用零阻尼
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2017.01.24 23:48:55
Q:
[图片]我用antechamber处理小分子（gaussview转的pdb格式），但是显示我这里电子数目不对。这个小分子本身携带一个正电荷这要怎么表示出来呢
A:
提示写了，用-nc
-nc 2就代表带+2
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2017.01.25 00:07:11
Q:
请问AMBER中怎么设置分子与周期性盒子的边距呢? 例如盒子是40x40x40 A,让分子只在38x38x38 A的小范围内.这样好像可以避免周期性镜像时,分子间打架
A:
solvatebox接相应的参数，设定溶质与边界的距离
Q:
是用packmol打包的,然后在优化的min.in文件里 ntb=1,这样盒子大小应该是packmol打包时的大小吧.可是分子与盒子壁太近,想间隔1-2 唉.
A:
你得在leap里设定盒子，否则不会从pdb里读取盒子（没记错的话）
Q:
是参照离子液体的教程弄的
source leaprc.gaff
BMI=loadmol2 bmi.mol2
BF4=loadmol2 bf4.mol2
ACN=loadmol2 acn.mol2
ionicbox=loadpdb ionicbox.pdb
loadamberparams bf4.frcmod
loadamberparams acn.frcmod
loadamberparams bmi.frcmod
setbox ionicbox centers
saveamberparm ionicbox ionicbox.prmtop ionicbox.inpcrd
上面的setbox ionicbox centers是不是相当于solvatebox作用呢
A:
[图片]
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2017.01.25 00:49:35
Q:
[图片]
我的蛋白的 RMSD，波动成这样正常吗？
A:
纵坐标如果是个位数，以nm为单位，肯定不对
如果是小数点后一位，正常
Q:
/流泪那就不对了呢
啥原因引起的啊
A:
确认fit组选对了，不做叠合的话计算RMSD没意义
和例子1UBQ的情况作对比
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2017.01.25 03:01:49
Q:
sob前辈您好！能不能请教一下，如何用动力学获得三氟甲苯的静电常数，如何修改资料126页的mdq文件？
A:
用acpype产生三氟甲苯的itp文件，然后和乙醇一样模拟就完了。介电常数计算方式看水盒子的例子
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2017.01.25 03:28:10
Q:
[图片]
[图片]
请问老师，我用NCI做HF的氢键分析，为何用VMD看不到F-H•••F之间的那个蓝色区域，不知道哪里有问题？
A:
操作过程不对
重复手册里或博文的苯酚二聚体例子
Q:
[图片]
就是严格按这个顺序来的
A:
延展距离别设成0，纯平面体系起码设3
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2017.01.25 05:11:53
Q:
请问，用antechamber+acpype.py成功做出一个较复杂分子，但做另一个分子，出现以下错误
WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
==> ... charge set to 0
==> Executing Antechamber...
++++++++++start_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
Info: Bond types are assigned for valence state 2 with penalty of 1
Unknown bond type for BOND(C1-C3:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C1-C15:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C2-C4:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C2-C14:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C3-C4:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C6-C7:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C6-C8:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C7-C9:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C8-C12:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C9-C13:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C11-N17:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C12-C13:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C14-C15:Ar), assuming it is a single bondRunning: /gaowei/amber16/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac
Running: /gaowei/amber16/bin/atomtype -i ANTECHAMBER_AC.AC0 -o ANTECHAMBER_AC.AC -p gaff
Total number of electrons: 123; net charge: 0
INFO: Number of electrons is odd: 123
Please check the total charge (-nc flag) and spin multiplicity (-m flag)
Running: /gaowei/amber16/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out
Error: cannot run "/gaowei/amber16/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out" of bcc() in charge.c properly, exit
++++++++++end_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
ERROR: Antechamber failed
++++++++++start_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
Cannot open file cbz_amber_bcc_gaff.mol2 to read in rmol2(), exit
++++++++++end_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
ERROR: Parmchk failed
ERROR: Tleap failed
==> Removing temporary files...
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'cbz_amber_AC.prmtop'
Total time of execution: less than a second
请问如何解决？这个分子已优化好。
请问，用antechamber+acpype.py成功做出一个较复杂分子，但做另一个分子，出现以下错误
WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
==> ... charge set to 0
==> Executing Antechamber...
++++++++++start_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
Info: Bond types are assigned for valence state 2 with penalty of 1
Unknown bond type for BOND(C1-C3:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C1-C15:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C2-C4:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C2-C14:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C3-C4:Ar), assuming
it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C6-C7:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C6-C8:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C7-C9:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C8-C12:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C9-C13:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C11-N17:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C12-C13:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C14-C15:Ar), assuming it is a single bondRunning: /gaowei/amber16/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac
Running: /gaowei/amber16/b
in/atomtype -i ANTECHAMBER_AC.AC0 -o ANTECHAMBER_AC.AC -p gaff
Total number of electrons: 123; net charge: 0
INFO: Number of electrons is odd: 123
Please check the total charge (-nc flag) and spin multiplicity (-m flag)
Running: /gaowei/amber16/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out
Error: cannot run "/gaowei/amber16/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out" of bcc() in charge.c properly, exit
++++++++++end_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
ERROR: Antechamber failed
++++++++++start_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
Cannot open file cbz_amber_bcc_gaff.mol2 to read in rmol2(), exit
++++++++++end_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++
++++++++++++++++++++++++
ERROR: Parmchk failed
ERROR: Tleap failed
==> Removing temporary files...
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'cbz_amber_AC.prmtop'
Total time of execution: less than a second
请问如何解决？这个分子已优化好。
各位老师！能不能请教一下，邻居列表是什么意思？
A:
Please check the total charge (-nc flag) and spin multiplicity (-m flag)
电荷或自旋多重度设得不对
Q:
李老师您说的是讲义77的内容吗？里面看不怎么懂
A:
[图片]
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2017.01.25 17:32:57
Q:
请教一下，总是LINMIN failure怎么办，能量是一直下降的。然后整体分子感觉是在收缩。是不是因为packmol打包时tolerence 2.0引起的？还有结构优化这一步，是应该一直能跑很多时间吗？还是到一定程度就会停止？
[图片]
minimization
&cntrl
imin=1, ntpr=100, ntwx=100, maxcyc=100000,
ncyc=100,
cut=15,
ntb=1
/
你们都没遇到这问题吗[表情]。原来怀疑算的时间太久了。可是看amber里说理论上，最小化这一步可以算很长时间
http://ambermd.org/Questions/linmin.html
A:
没必要优化彻底，跑动力学不崩就完了
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2017.01.25 19:05:06
Q:
在读NBO文献，有些不理解的地方
第一步：按原子顺序依次给出各原子的STO对应的密度矩阵的行和列，每个原子的STO构成一个矩阵分区。把属于同一个原子的所有STO组成的对角块[图片]看成一个子矩阵，从[图片]方程得出这个子矩阵(对应于电子数量)的系列本征值[图片]和(对应于轨道组成)的系列本征向量[图片](即为杂化轨道)。此时A原子的STO的数量和本征矢的数量相等。[图片]≈2对应经典概念的内核电子和孤对电子，[图片]≈1对应于共价单键(有没有可能是属于某个原子独享的未成对电子呢？)。第二步：取出每两个原子的STO组成的子矩阵[图片]，再得[图片](原始文献[图片]式中的L均为小写的l，我把它改写成了大写的了，怀疑原文献笔误。原文献中虽给出了矢量[图片]的求解方法，但没告知矢量[图片]怎么求出？是不是通过[图片]求出)。第三步：用[图片]求出[图片]的本征值[图片]和本征矢量[图片]。这个本征值[图片]对应于键电子数，本征矢量[图片]对应于组成这个键的STO成分，从中可分离出化学键中A和L各自的杂化轨道。第四步：得到A原子的所有杂化轨道后，再用symmetricallyorthogonalize(这英文怎么翻译？)方法获得A原子的NHO。
[图片]式中的L均为小写的l，我把它改写成了大写的了，怀疑原文献笔误。原文献中虽给出了矢量[图片]的求解方法，但没告知矢量[图片]怎么求出？是不是通过
[图片]求出)。第三步：用[图片]求出[图片]的本征值
[图片]和本征矢量[图片]。这个本征值[图片]对应于键电子数，本征矢量[图片]
对应于组成这个键的STO成分，从中可分离出化学键中A和L各自的杂化轨道。第四步：得到A原子的所有杂化轨道后，再用symmetricallyorthogonalize(这英文怎么翻译？)方法获得A原子的NHO。
公式显示不清晰，重新发图片格式吧
给个链接
A:
symmetricallyorthogonalize = 对称正交化
你把公社论坛里NBO资料合集里面相关内容都看了基本就明白了
Q:
好的
A:
看到的全是
[图片]
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2017.01.25 20:05:58
Q:
请问casscf一般都是从小基组往大基组算的吧？可不可以用scan势能面扫描，第一个点从小往大算，然后后面的点都以前面的轨道为初猜？
A:
可以
Q:
这样后面的点算出来的结果能保证和从小往大算的结果一致吗？因为后面的每一个点都依赖与前一个点，会不会有误差放大的现象？
A:
不可能有什么误差放大，每次都得做SCF收敛到指定精度
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2017.01.25 21:20:30
Q:
请问sob 老师，从网上只能下载小分子拓扑itp文件.那么gro文件和top 文件怎么得到呀？
这样啊
/擦汗上课的时候没听到吗？
没听到唉
A:
acpype处理完了直接就产生了gro
top按照基本规则自己写就完了，或者file文件包里有个template.top，基于那个改
acpype处理完小分子之后也产生了文件名带_GMX的.top文件
复习乙醇盒子的例子
肯定讲过
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2017.01.25 21:41:58
Q:
请问sob老师，我想计算单体在溶剂中的聚集行为，考察导致聚集的主要作用力，溶剂和单体也可能有作用，那么单体数目怎么取，是不是得采取显式溶剂模型，溶剂选多少，考察作用方式时候是不是应该再把溶剂拿掉考虑？谢谢/抱拳
A:
得具体看什么溶剂和什么溶质，凭化学直觉决定数目多少
也看具体怎么考察作用方式
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2017.01.25 22:12:52
Q:
麻烦问下：虽然程序每次成功完成，但是都蹦出这个窗口[图片]，这个不是代表计算错误吧？
A:
没事
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2017.01.25 23:18:06
Q:
不知道有没有自学高斯的朋友，我这段时间一直挨个把“exploring chemistry with electronic structure method 2 ed”中的实例一个个练习(ps:幸亏下载到社长的百度云盘中的标准答案，在这里表示万分感谢！)，但是发现有些结果和书中的答案不一样啊。不知道有没有碰到这样问题的
是吧也是这样子啊那我就放心了
A:
本来书中就有一些错误，更何况高斯版本不同结果总会有差异，甚至个别时差异明显
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2017.01.25 23:59:56
Q:
老师，请问你win10系统家庭版内嵌的linux子系统是不是装不了gfortran@Sobereva
我运行sudo apt-get install gfortran 下载了好久安装包后来安装不成功又使用sudo apt-get install gfortran --fix-missing 也不行
[图片]
A:
不用那破玩意，我windows下用linux都用vmware虚拟机
而且只用CentOS或RHEL
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2017.01.26 01:45:06
Q:
大博士也安装了乌班图
A:
那是因为极个别程序别人是在ubuntu下编译的，用了其中一些特定的库，换了其它系统没法直接跑
而且，为了测试自己编的程序在ubuntu下能否正常跑，得装一个用来测试
等什么时候硬盘没地方了，第一个就把ubuntu镜像和虚拟机给删了
虚拟机这里是指的ubuntu的虚拟机文件
Q:
[表情]而且也有window10还有window8
A:
没有win8
win10虚拟机是为了测试multiwfn等程序对win10的兼容性
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2017.01.26 02:50:29
Q:
请问在用antechamber 产生小分子拓扑文件时，有没有出现过这种情况啊
[图片]
A:
chmod 777 ./acpype.py
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2017.01.26 03:00:09
Q:
100个原子。。。用4G内存，8核i7 6700大致需要算多长时间。。。gaussian b3lyp/6-31g*
希望有大神指点一下。。。
A:
DFT单点不怎么耗内存
6700明明是4核
单点总耗时，根据一圈SCF估计一下便知
Q:
不会算一个月吧
没在学校用自己电脑再算。。。
100个原子很大
A:
跟体系特征关系极大，诸如CHNO还是以重原子为主，是长链还是球形，耗时差十万八千里，不起码跑一圈SCF很难估（准确度在几倍以内）
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2017.01.26 06:32:19
Q:
读了几个小时论坛上Sob提供的NBO资料，但一时半会儿都不完，特别是有些地方读不懂，所以还是把上午的问题在这里问一下吧，不问恐怕晚上睡不着
[图片]
大家帮我看下NBO第一步有没有理解错
[图片]
A:
NBO里根本不用到STO
NBO是基于高斯基函数做的
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2017.01.26 17:26:27
Q:
请问怎么加约束呢？一加热动能大了就有的跑了
A:
没影响
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2017.01.26 18:48:38
Q:
各位老师，请问thermal correction to gibbs free energy 为负值说明什么问题么？
还不算是反应，一个硫酸分子结构优化后进行频率计算，温度设置分别为298k和773k，在773k下，自由能校正量为负值了
A:
前者是U(0)的差，后者是ZPE的差，完全不一样，还相差了电子能量
为负值就是说明-TS项占了主导
把从0K升温造成的内能增加，以及S项单独拿出来一看就知道
Q:
嗯嗯，我看了一下，温度升高，S从72升高到了94
老师，我还有个问题请教您，我算一个反应，纤维素用硫酸溶液浸渍，常温，超声干燥，这种情况下，纤维素和硫酸应该会行成很多氢键行成，但是反应是在773k反应，这个温度下氢键应该就不存在了，行成复合物的相互作用自由能（G复合物-G纤维素-G硫酸）在298K下为负，773K下为正，两个温度下的内能，焓值变化都为负值。这种情况下我该怎么分析这个反应？
我有几个想法：1.所有计算为常温，能垒计算用G（过渡态-复合物）
2.所有计算在反应温度，能垒计算用G（过渡态-纤维素-硫酸）
A:
你的这种体系现实中的情况我不清楚，怎么讨论我不确定。从热力学上，结合成复合物过程熵减小，因此温度越高，-T*delta_S项越正，越会抵消结合过程中焓的降低，越不利于结合。
能垒肯定是用G
Q:
嗯嗯，您的意思是判断结合用焓值判断？
因为反应温度下复合物的自由能是正值了，这种情况还能说明复合物能够行程么？
A:
不是这个意思
到底现实中是否会形成氢键什么的，或者吸附硫酸根，没有已知事实我也不好随便和你说怎么讨论
单从这个角度看复合物形成不了
Q:
哦哦哦，还有那些角度可以讨论呢？
A:
是否有什么其它机制我不知道，毕竟和体系关系太大，纤维素的研究我也不了解，如果做动力学模拟倒是可以更全面地考察二者间的相互作用
Q:
哦哦哦，动力学我不太了解，请问老师需要用到那些软件？有什么学习资料可以参考下呢？
A:
纤维素的模拟Amber就可以，官网有一批教程
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2017.01.26 20:40:12
Q:
请问：Zero-point vibrational energy就是Zero-point correction对吗？我发现这两个的数字相等的。
A:
是
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2017.01.26 21:11:11
Q:
想要在比较平缓的势能面上找到局域极小点，有什么好的方法吗？减小步长可以吗
A:
先照常优化，不行的情况具体情况具体分析
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
根据实验上的结论，该分子在S1应该存在两个极小点，但我只能优化出来一个较低的，另一个能量较高的极小很容易就走到了较低的那个
A:
恰当设定初猜，减小步长上限
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2017.01.26 22:04:29
Q:
请教一下，有人在做复合物形成过程中的electron density transfer 这个量在0.006-0.02 e 这样的结果可信吗
A:
合理
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2017.01.26 23:46:03
Q:
请教一下，谐振力场的计算需要加弥散么
A:
不需要
----------------------------------------------------
2017.01.27 04:17:26
Q:
在Packmol实例2中水与尿素两项体系中的add_box_sides是什么意思呢？
A:
不写这个则pdb里没盒子信息
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.27 04:25:05
Q:
各位前辈好！能不能请教一下，什么样的反应是发生在homo与lumo之间？什么样的反应前线轨道适用，什么样的不适用？我对这些基本知识一头雾水，希望不吝金玉
A:
公社专用邮箱里搜orbital，能找到不少用轨道讨论有机反应的书
能解释得通就适用，否则不适用
更为普适、严格的概念密度泛函兴起后前线轨道理论的价值已经被弱化了很多
----------------------------------------------------
2017.01.27 04:41:13
Q:
[图片]
请问老师，非谐性振动怎么算出来负值了？不知道哪里错了……
A:
opt和freq都用int=ultrafine，并且令结构在tight标准下优化再试
Q:
好，谢谢老师，我再试试。
老师，不好意思，有点不会，命令行怎么写？有没有可参考的？
A:
# B3LYP/6-31G* opt=tight int=ultrafine freq=anharmonic
----------------------------------------------------
2017.01.27 04:43:25
Q:
[图片]社长，你的软件在国际都很有知名度啊，哈哈。。。膜拜啊
A:
说法不实。明明有linux和MacOS版
Q:
我一会给纠正上/坏笑
A:
顺带一提，为了使那些装openmotif库不方便的linux用户也能方便使用，前一阵子在Multiwfn主页上挂上了不需要额外装库，但作为代价也不支持GUI和产生图像的noGUI版。
----------------------------------------------------
2017.01.27 06:01:24
Q:
[图片]
请问packmol中练习1这样写对吗？
A:
文件就在Packmol\exercise1里面，对比便知
----------------------------------------------------
2017.01.27 15:54:34
Q:
请问我用gaussian的cas。小基组6-31g可以得到结果，换到6-311g和guess=read就出现错误，这是什么原因呢？
[图片]
我要先从小基组算出初猜再往大了算
直接算大的就直接报错
可是直接用大基组就报错啊
cas不是黑匣子不是应该从小往大了试吗把小基组算的结果当做初猜
A:
你用6-31G*也比用6-311G强得多。直接用6-31G* CASSCF收敛不了用6-31G收敛的轨道当初猜
Q:
还有个问题[图片][图片]，我这两个输入文件都能得到基态能量，但是前者是-75.80au 后者是-75.78au 差0.5eV 这是可以避免的吗？
A:
后者算的是第二个态，显然和第一个不同
0.5eV不可忽略
可
Q:
[图片]
这是后者得到的结果
（1）eigenvalue应该是基态的能量吧
A:
要算基态就用root=1，甭用root=2
y
Q:
但是我要同时得到两个态的能量
A:
用态平均啊
----------------------------------------------------
2017.01.27 20:24:27
Q:
[图片]
# B3LYP/6-31G* opt=tight int=ultrafine freq=anharmonic
算下来还是负的，怎么回事？请问老师？@Sobereva
A:
先把虚频消掉再说
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.27 20:50:16
Q:
[图片]所以我要是想要同时得到N个态的能量，就应该从始至终用stateaverage和nroot=N,而不仅仅实在交叉点用SA.
A:
y
----------------------------------------------------
2017.01.28 03:22:38
Q:
祝卢老师，陈老师春节快乐，万事如意！！！
祝卢老师，陈老师春节快乐，万事如意！！！
祝卢老师，陈老师春节快乐，万事如意！！！
祝卢老师，陈老师春节快乐，万事如意！！！
祝卢老师，陈老师春节快乐，万事如意！！！
祝老师及各位学员新年快乐，鸡年大吉。
下一个排队形的快把顿号改过来/阴险/阴险/阴险
祝卢老师，陈老师春节快乐，万事如意！！！
祝卢老师、陈老师春节快乐，万事如意！！！
祝卢老师、陈老师春节快乐，万事如意！！！
祝卢老师、陈老师春节快乐，万事如意！！！
祝卢老师、陈老师春节快乐，万事如意！！！
祝卢老师、陈老师春节快乐，万事如意！！！
祝卢老师、陈老师春节快乐，万事如意！！！
祝卢老师、陈老师春节快乐，万事如意！！！
[表情]
李大博士，很因缺思厅
李博士，吃过年夜饭了？
@李元鹤
A:
各位学员新年快乐，明日晚上本群解散，有没搞懂的问题请之后在计算化学公社论坛和思想家公社QQ群讨论
----------------------------------------------------
2017.01.28 17:23:23
Q:
请问卢老师，1）mdp文件里消除平动和转动，与在trjconv指令下-center 和-fit是等效的吗？2）跨膜蛋白模拟，是不是因为考虑到蛋白有相对于膜平面的倾角，所以不消除转动？3）高级班预计啥时候开我们好抢票？
A:
不完全等价，即便用angular模式消除平动和转动，计算RMSD之类的时候也应当先做叠合
膜蛋白情况蛋白和磷脂直接接触，蛋白质本身就不会freely转动，所以不消除转动。而且本身初始摆放的蛋白质角度和实际也可能不符，应当允许在MD过程中自发调节。
动力学高级班可能得后年。量化高级班的优先级更高
----------------------------------------------------
2017.01.28 18:51:33
Q:
什么情况下用CAM-B3LYP等范围分离泛函会比较好？
A:
范围分离泛函对基态的结构和性质没什么好处，除了（超）极化率以外
----------------------------------------------------
2017.01.29 01:35:51
Q:
#n ccsd/6-31+g(d,p) opt(addredundant,ts,noeigentest) freq(noraman) 是正确的，
改为#n ccsd(T)/6-31+g(d,p) opt(addredundant,ts,noeigentest) freq(noraman)就L114死掉了，为什么呀？
错误提示：
NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-NEF-
NUMERICAL EIGENVECTOR FOLLOWING TRANSITION STATE SEARCH
INITIALIZATION PASS
************************************************
** ERROR IN INITNF. NUMBER OF VARIABLES ( 0) **
** INCORRECT (SHOULD BE BETWEEN 1 AND 50) **
************************************************
Error termination via Lnk1e in /home/gauss/g09D01/g09/l114.exe at Sat Jan 28 17:56:14 2017.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 12.5 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
就是多了一个（T）
就是把ccsd换成了ccsd(t)
A:
[图片]
Q:
，您好！
I suggest two major works to improve this paper:
1 – Given the size of the compounds studied her, I suggest the Author use a high level ab-initio calculations – CCSD(T) – to optimize the structures. They could validate then their DFT calculations using a more larger basis set.
这是审稿人给我的意见
A:
如果超过5个原子，建议用CCSD(T)优化是有病
Q:
估计“her”应该是“here”，“then”应该是“than”,我都看不懂他写的句子
This paper is devoted to the theoretical study of non-covalent interaction between Methacrolein and Methyl Vinyl Ketone with hydroperoxy radical.
The competition between several mechanisms has detailed and rate constant has been calculated. Optimization and vibrational frequency calculations have been done only at a meta GGA-hybrid functional (M06-2X) with a small size basis set 6-311++G(d,p) of Pople. Single-point calculations have been performed at CCSD(T)/6-311+G(2df,2pd)level.
A:
字号不要超过12
Q:
好的，不好意思，刚才是直接粘贴的
您说我该怎么改呀？
请给我一些建议，多谢了
对不起，没有来得及改字体
现在改了
我也觉得没什么问题，可是审稿人提出来了
怎么办呀？
I suggest two major works to improve this paper:
1 – Given the size of the compounds studied her, I suggest the Author use a high level ab-initio calculations – CCSD(T) – to optimize the structures. They could validate then their DFT calculations using a more larger basis set.
2 – The authors used the topological analysis in a minimalist way. I suggest that a complete topological analysis, at least in terms of the charge density topology. It should be completed by the orbital analysis.
This paper should be reconsidered after major revision.
Additional Questions:
Significance: Moderate (not suitable for The Journal of Physical Chemistry)
Originality: Low (not suitable for The J
ournal of Physical Chemistry)
Broad Appeal: Moderate (not suitable for The Journal of Physical Chemistry)
Clarity: Moderate (not suitable for The Journal of Physical Chemistry)
Are the conclusions adequately supported by the data?: In Part
Does the paper supply significant physical insight or a new method of general interest?: No
I suggest two major works to improve this paper:
1 – Given the size of the compounds studied her, I suggest the Author use a high level ab-initio calculations – CCSD(T) – to optimize the structures. They could validate then their DFT calculations using a more larger basis set.
2 – The authors used the topological analysis in a minimalist way. I suggest that a complete topological analysis, at least in terms of the charge density topology. It should be completed by the orbital analysis.
This paper should be reconsidered after major revision.
Additional Questions:
Significance: Moderate (not suitable for The Journal of Physical Chemistry)
Originality: Low (not suitable for The Journal of Physical Chemistry)
Broad Appeal: Moderate (not suitable for The Journal of Physical Chemistry)
Clarity: Moderate (not suitable for The Journal of Physical Chemistry)
Are the conclusions adequately supported by the data?: In Part
Does the paper supply significant physical insight or a new method of general interest?: No
这是完整的意见，共两条
是不是不大好改？
跟他理论一下解析梯度和频率的事/抠鼻
A:
怼回去
Q:
我怎么觉得现在的计算水平没什么问题？
A:
是没问题
Q:
CCSD没有解析Hessian吧
A:
y
Q:
什么意思？我不认识这个字“怼”？
[emoji]喷回去
可是我本身对解析梯度和频率不太熟悉，恐怕说不好
那还是这个人审稿，肯定会给我退稿的
A:
参考http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1169
Q:
好几个Moderate，是不是不太好中？
还有没有更好的办法，按他说的计算一下？
绝对算不动
谢谢，我先看看您给的链接。
别的程序能算吗？
A:
根本不是程序的事
有时间折腾一番还不如想办法怼回去
Q:
或许可以用CCSD优化一下？但感觉没有意义
对呀，我也想着用CCSD把主通道的构型优化一下，这样是不是还能敷衍他一下？比直接怼回去要好一些？
A:
算得动可以搞搞
Q:
那就用CCSD优化试试，如果能行，也算是个折中的办法呀
谢谢，谢谢@LiYuanhe
MVK 加过氧7个重原子，凑合吧，使劲算[emoji]
好的，谢谢！
CCSD（T）绝对算不动吗？
直接就死掉了
好的
对了，我用CCSD，用什么基组比较合适？
6-31+G（d,p）可以吗？
# CCSD/6-31+g(d,p) opt(addredundant,ts,noeigentest) freq(noraman)
A:
结果还没你之前的准确
Q:
为什么？是不是基组小了？
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
没cc-pVTZ还好意思用CCSD？
Q:
那就用
CCSD没有解析Hessian吧
cc-pVTZ？
OA:
别写freq，会死
再大了就更耗时了
Q:
您的意思把优化好的构型拿出来再做freq？
那就用cc-PVTZ吧
真想用cc-PVDZ
OA:
用CCSD在哪儿算freq都慢死
鲜花插在牛粪上。。。
我猜这样还不如双杂化/TZ
def2tzvpp和cc-pVTZ耗时在同一档
Q:
那我到底该用CCSD/cc-pVTZ，还是CCSD/cc-pVDZ？
A:
前面的都白说了
Q:
6-311+G(2df,2pd)和aug-ccPV-TZ这两个基组比较，哪个更大写？
A:
后者
Q:
This paper is devoted to the theoretical study of non-covalent interaction between Methacrolein and Methyl Vinyl Ketone with hydroperoxy radical.
The competition between several mechanisms has detailed and rate constant has been calculated. Optimization and vibrational frequency calculations have been done only at a meta GGA-hybrid functional (M06-2X) with a small size basis set 6-311++G(d,p) of Pople. Single-point calculations have been performed at CCSD(T)/6-311+G(2df,2pd)level.
This topic is interesting both for the understanding of atmospheric processes and for fundamental understanding. However, I'm afraid that the results are too preliminary for publication in the present form.
我的审稿意见如上，他建议我用CCSD(T)优化，
I suggest two major works to improve this paper:
1 – Given the size of the compounds studied her, I suggest the Author use a high level ab-initio calculations – CCSD(T) – to optimize the structures. They could validate then their DFT calculations using a more larger basis set.
我试了试，太慢了，算不动，就想用CCSD/cc-pvTZ敷衍一下，但是这个基组也算不动
就改成了CCSD/6-31+g(d,p)
CCSD配2-zeta不合理
A:
你如果真用CCSD/6-31+g(d,p)优化了，如果另一个审稿人是懂行的，8成会被另一个审稿人批
Q:
但是，最后不打算用这个结果，只是拿这个跟M06-2X的计算结果对比一下，
我个人觉得意义不大。
A:
meaningless
Q:
因为两个审稿人都提出让详细分析反应过程的电子密度拓扑性质，这就需要IRC途径上的点
所以，打算用这个理由拒绝他（CCSD计算IRC不可能的）
但是，既然人家提出来我的计算 too preliminary ，所以我打算构型优化改为M06-2X/6-311+G(2df,2pd)（尽管意义不大），单点改为 CCSD(T)/aug-cc-pvTZ，这样是不是看起来要好些？
[emoji]想知道这审稿人到底是谁，还能说出 “more larger basis set”这种话
OA:
M06-2X/def2-TZVP看着多好看
Q:
他的意思是不是“用CCSD(T)比用M06-2X和大基组更好些？”“”
他这英文语句不通
都读不明白到底想说啥
是呀，还then呢
这是原话
啊带弥散，那就M06-2X/ma-def2-TZVP
OA:
/阴险看不懂别的说的啥，就知道基组大了好非要硬提点意见吧
Q:
他是建议用大基组，还说 CCSD(T)比M06-2X用大基组更好？我看不明白了
他能说出CCSD(T)优化就说明这人也根本不懂什么
OA:
顶回去算了
浪费生命
Q:
我也试过，构型优化用大基组，再用高级别的方法做单点，能量不会改变太多
不至于
无理要求顶过两次了，组里其他人也干过，还没直接因为这被拒的
A:
换做是我，宁可最后改投也得顶回去。
Q:
所以，我想用CCSD/6-31+g(d,p)优化的结果，用高级别的方法做单点，跟原结果对比说明DFT是可靠的，而CCSD计算不了IRC,所以还用坚持DFT，只是把基组提高了一些
[emoji]就别用CCSD/6-31+g(d,p)这个级别
就别用CCSD/6-31+g(d,p)这个级别
CCSD(T)/aug-cc-pvTZ做单点，级别还可以吧
如果可以只发给那审稿人看也就罢了，要往文章里放就太掉架了
肯定不会往文章里放
我自己也于心不忍，打算只是证明给审稿人看看就行了
浪费绳命
A:
可以
Q:
构型优化改为M06-2X/6-311+G(2df,2pd)），单点改为 CCSD(T)/aug-cc-pvTZ，您看有什么不合适吗？@Sobereva
给点建议
我不想直接顶回去
A:
合适
Q:
好的，谢谢Sob！
除了pVTZ，仿佛还好
，什么意思，我没看明白
pVTZ不是pvTZ
A:
见
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2017.01.29 01:50:28
Q:
请教老师，opt和scan有什么不同？
A:
@beacon 目的完全不同。scan是获得势能面的某个子空间的特征，opt是找势能面精确极小点结构
仔细看我贴的幻灯片，解释得超详细
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2017.01.29 02:44:35
Q:
卢老师，大过年的多有打扰。有几个问题想咨询一下：1.分子力场那一章节，第134页（讲义37页）Reaxff适用性表，以及GROMACS的使用基础那一章节，第103页（讲义81页），片子都是黑白的，看不清楚上面的标记，可否发一下彩色片子，我想标记一下；2.分子力场那一章节，151页（讲义39页），LJ矩阵那里，如果是I，II，III……X它们的势阱深度分别是多少；3.约束和限制这两个概念不太理解，比如将乙醇分子的C-O键固定在一个键长上，在模拟过程中该键长一直不动，这是限制还是约束？谢谢老师。
A:
[图片]
[图片]
势阱具体指你看幻灯片里列的martini相关文献即可
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2017.01.29 03:04:54
Q:
限制是不是允许其中的数值有一定的波动，比如乙醇C-O键，设定其为1.45埃，其可能波动至1.35~1.55埃之间，而约束则一定是1.45埃？
A:
y
C-O键本来就有bond项，没必要再用限制
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2017.01.29 03:29:04
Q:
今晚就解散了
A:
今晚10点解散
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2017.01.29 05:19:16
Q:
卢老师，我建了一个水盒子，把盒子里面的一个水分子用阳离子替换了，但发现这个阳离子不在盒子最中间，这是个周期性盒子，所以离子在盒子中间或边上的意义是一样的吗？
A:
是。本身模拟之后也会随意运动
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2017.01.31 08:14:18
Q:
紧急求助，我用Multiwfn3.3.9版计算非线性光学系数，但是感觉程序读到的三阶张量是错误的，我在关键词里面确实加了#p的，现在不知道是怎么回事
A:
不知道你怎么感觉的。Multiwfn读取beta从没见过有问题过
Q:
我现在截图给你看一下
[图片]
这是multiwfn给出的结果
[图片]
这是G09.D01给出的结果
[图片]
A:
这根本不是一码事！你看到的是电八极矩
Q:
我去！那在G09.D01的log文件里面哪里可以看到beta的三阶张量？
我以前没有接触过这一块，现在老板有个项目要我做，我只能做，还望sob能不吝解答
A:
直接用Multiwfn解析就完了，要么自己仔细想办法搞懂输出文件利的信息
Q:
我是用Multiwfn的解析结果，但是老板是个外国人，他不认这个软件，非要我用log文件里面的数据算给他
A:
╮(╯▽╰)╭
Q:
但是我现在仔细看了一遍高斯输出文件，里面关于beta的只有我刚刚截图给你的那一些
[图片]
beta值难道不是基于电八极矩算的吗？我有些迷糊了
[图片]
A:
显然不是
电多极矩的公式随便google就有
你找得不仔细，这也充分说明Multiwfn这个功能的重要
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2017.01.31 08:16:21
Q:
老师，论坛登陆不上去了
A:
论坛毫无毛病！验证码大小写看不清?
换了个机子，发现刚才看到的是之前留下的16年的消息记录/擦汗
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2017.01.31 08:46:35
Q:
我这边老板也是老外. 知道Multiwfn. 但是他更喜欢用AIMAll, 估计还没完全认识Multiwfn
准备学好Multiwfn, 然后给他们推广. 哈哈.
A:
AIMALL灵活程度远低于Multiwfn。他没掌握罢了
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2017.02.02 06:56:32
Q:
这种开壳层体系，含alpha电子和beta电子，如何讨论算的一些性质，例如前线分子轨道？/磕头
我是小白，就是一般闭壳层的分子多，只考虑alpha电子，我这个体系是开壳层，所以涉及一些性质，不好考虑。
想问问
关于金属配位的
A:
能讨论的多了去了。闭壳层能分析的，比如键级、ELF等等照样能分析。开壳层体系一定要分析的是自旋密度或自旋布居。前线轨道的讨论即便对于闭壳层，大多情况也没什么意义
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2017.02.02 07:24:45
Q:
大宝博士，高斯算BOMD的时候初始核动能用默认设置可以吗？其余的选项默认的也都可以吗？我看你除了步长外都是默认
A:
看具体情况。默认的初始条件一般都不是正好满足你的要求的。
最近我在外头，具体问题暂时没时间详细回复你
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2017.02.04 08:28:03
Q:
小分子加有机物。文献说要scale down 静电作用，不知道怎么降低的。觉得是静电吸引太强盒子收缩了
A:
没有明确依据没必要这么做。本身范德华作用里的交换互斥部分就会撑着盒子不会过度收缩
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2017.02.04 20:39:23
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：做scan如何使用opt=cartesian，因为老是报L103的错误？
A:
scan和opt根本不能在一起用
Q:
scan貌似只能用内坐标[表情]
A:
scan可以用笛卡尔坐标
@beacon opt(calcfc,ts,noeigen) freq这是寻找和验证过渡态的标准关键词
国内的那些烂书几乎没有能看的，看了只会被坑
怎么正确入门这里写了
http://sobereva.com/355
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2017.02.05 00:26:56
Q:
[图片]
A:
不得发大量图刷屏影响群内讨论，已记违规一次
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2017.02.05 04:56:00
Q:
[图片]左一是闭壳层，右一是开壳层，ECDA该如何处理呢？[表情]
A:
考察哪类电子的转移就考察哪部分就完了，要考察总的就把两种自旋的加和
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2017.02.05 15:20:07
Q:
Sob老师，2017年量化基础班的培训大概安排在什么时间？
A:
7月
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2017.02.05 16:01:17
Q:
不知道sob老师会不会推出一个专门教写量化程序的班？
A:
不会，这种班没法开
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Mirror · 发表于 Post on 2017-3-13 17:40:48

支持，谢谢

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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2017.01.22 05 ~ 2017.02.05 17 Mark

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