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[建模与可视化] 怎么用VMD画和以下图片中类似的偶极矩图,怎么确定正电中心和负电中心

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发表于 Post on 2025-4-16 04:34:35 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian算完了之后输出文件里直接读偶极矩矢量
Multiwfn载入fch文件后,主功能300的子功能5也可以算偶极矩矢量
之后用VMD的绘图命令自己绘制箭头,参考下文的脚本里牵扯的绘制命令
使用Multiwfn计算分子片段的偶极矩和复合物中单体的偶极矩
http://sobereva.com/558http://bbs.keinsci.com/thread-18068-1-1.html
(或者直接把整个体系作为一个片段,直接按上文的做法画图)

该写在正文里的内容别就光写在标题里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-16 13:18:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-16 04:34
Gaussian算完了之后输出文件里直接读偶极矩矢量
Multiwfn载入fch文件后,主功能300的子功能5也可以算偶极 ...

好的好的,感谢回复

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-16 13:21:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-16 04:34
Gaussian算完了之后输出文件里直接读偶极矩矢量
Multiwfn载入fch文件后,主功能300的子功能5也可以算偶极 ...

VMD显示的偶极矩指向和高斯显示的偶极矩方向不一样,如何想和高斯里面的方向一致,应该怎么做呢

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发表于 Post on 2025-4-17 14:58:11 | 只看该作者 Only view this author
木鱼 发表于 2025-4-16 13:21
VMD显示的偶极矩指向和高斯显示的偶极矩方向不一样,如何想和高斯里面的方向一致,应该怎么做呢

分清楚输入朝向和标准朝向的偶极矩,看下文了解朝向问题
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html
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