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- 2017.02.05 17:06:49
- Q:
- 各位前辈好！能不能请教一下：wiley数据库中有没有综述的期刊？
- 米豆豆前辈谢谢您，想请教一下，wiley有没有？
- A:
- WCMS就是计算化学的综述性期刊
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- 2017.02.05 19:04:00
- Q:
- 请问amber里怎么改VDW的LJ参数? prmtop文件里找不到改的位置. 在frcmod文件里加参数好像并不管用,每次NTP平衡时,密度都是一样的
- A:
- 在诸如parm99.dat里面改
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- 2017.02.05 21:51:15
- Q:
- [图片]
- 请问图中的BP, 一段颜色深一段颜色浅，如何在VMD中调整解决?谢谢！@Sobereva
- 不管哪个角度都是如此
- A:
- tachyon渲染一下看看
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- 2017.02.05 23:38:37
- Q:
- 计算反应速率的活化能，是用焓还是吉布斯自由能
- 对于直接断键没有过渡态的反应，怎么计算反应速率呢@哲远
- A:
- 有的文章直接用键解离自由能当做势垒套入VTST公式来计算
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- 2017.02.06 05:00:48
- Q:
- 大博士，今年的波函数培训班能增加多少内容？
- A:
- 约1/3
- Q:
- 大博士感觉应该在国外……
- A:
- HK
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- 2017.02.06 05:15:51
- Q:
- [表情]大博士赶快回来，教教我BOMD怎么设置参数啊
- A:
- 其实只不过把力场对应的势能面变成了量化算的势能面而已，要举一反三
- 还不如自己先玩玩
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- 2017.02.06 05:15:51
- Q:
- 今年7月有什么班的计划吗
- 记得去年就是7月
- A:
- 第三届基础量化
- Q:
- 大博士，基础量化的增量是多少？
- 老师，是今年的5月和7月都会有基础量化班吗？
- [图片]
- A:
- 从之前的1700页增到2000页，时间增加到6天。以后会不断改进、更新，但不会扩容，否则增了也没时间讲
- 4月或5月预计是量化初级班
- Q:
- 那有没有量化中级班的培训
- 是Gaussian16的吗
- A:
- 预计明年培训班里的内容才会切换到对应高斯16。本身16也没什么新东西，会用09自然就会用16
- Q:
- 不如把16的一些新功能，如果小众的就放到高级班去
- A:
- 主要的新功能就是TDDFT真空下解析Hessian和PM7，这都是基础班、初级班都会涉及的范畴
- 至于新增加的能量转移计算功能，倒有可能在高级班里讲
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- 2017.02.06 05:15:51
- Q:
- 老师，用解离自由能做势垒的话变分过程怎么实现的呢？我理解的VTST需要沿着“反应路径”通过变分寻找自由能面的最大值@Sobereva
- A:
- 可以尝试柔性扫描，对每个点算一次自由能
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- 2017.02.07 15:58:03
- Q:
- 想请问一下sob,用多中心键级来描述分子的离域性，是不是不太适合含金属的环？我的体系里有U这样的重元素，算出来的结果和NICS相差很大
- A:
- 静 适合过渡金属的环。原理上对适用体系没有局限性
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- 2017.02.07 22:03:23
- Q:
- 群主，2017年上半年的培训日程出来了没？
- A:
- [图片]
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- 2017.02.07 22:15:59
- Q:
- 高斯为什么在大多数情况下不默认 5d 7f ？
- 但Gaussian已经实现了 5d 7f，还快些，不知道6d 10f有没有什么其他显著地优势
- 等于加了一个球对称的基
- 突然想 10f 等于 7f 加什么
- A:
- 6d 10f主要是pople系列基组当年提出时候用的，所以为了一致性，在量化程序里对它们一般还是用笛卡尔型高斯函数。稍微现代一点的基组提出时候大多都用球谐型了，所以各种程序对诸如cc-pVnZ等也都默认用球谐型了
- Q:
- 5d或6d在结果上有没有明显差异？
- A:
- 结果精度基本没有差异，但如果横向比较则需要统一。特别是不同量化程序之间比较，差异往往来自球谐函数和笛卡尔型函数的不同上
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- 2017.02.07 23:45:55
- Q:
- [图片]老师，请问一下，CBS-QB3输出文件里自由能前面的E和DE指的是什么？
- A:
- E的含义就是后面括号里注名的。DE对应的含义你看了原文就懂了，没必要管它
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- 2017.02.08 01:04:03
- Q:
- [图片]请问下该图RDG中最左端的spike值从哪儿可以查看到呢
- [图片]这是导出的txt，但是哪一列才是sign(lambda_2)rho的数值呢；
- A:
- 你在origin里绘制同样的散点图，在origin界面左侧有一排工具栏，其中有个工具可以直接读取指定数据点的数值，选择后点击相应数据点即可
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- 2017.02.08 02:44:25
- Q:
- 刘书斌是什么级别的人物？看到好多他的文章
- A:
- 他是概念密度泛函理论的大牛，曾是概念密度泛函理论提出者Parr的学生，现在致力于反应活性、分子体系各类信息熵的研究。搞理论计算的华人里他的被引次数是top级的
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.08 16:35:43
- Q:
- 我对离子UC4H4 （带两个正电荷）[图片]，以及UC4H6中性分子，利用多中心键级来看电子的离域性，得到了负数的键级，-0.015。不知道这应当如何理解？一般情况都应该是正的键级才对。
- 是一个实际分子的简化模型。完整分子中H被其他基团取代，不过多中心健级结果一样。这个分子，应该没啥用。
- A:
- 静 如果基组有弥散函数，必须去掉
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- 2017.02.08 21:55:34
- Q:
- 大博士，轨道成分分析的时候，如果想看片段对于轨道的贡献，NAO可以使用吗？
- A:
- 可以。能算原子的贡献就能算片段的贡献，一加和便可
- Q:
- [图片]
- 就这种图，应该比定量算要简单，只要知道有就可以了？
- A:
- 恩
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- 2017.02.08 22:15:52
- Q:
- 可以送冰红茶贿赂了
- A:
- 贿赂应该用红牛
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- 2017.02.08 22:37:31
- Q:
- [图片]
- 为什么基态的偶极矩不等于1-1的跃迁偶极矩呢
- A:
- 1是指的第一激发态而不是基态
- Q:
- 那应该如何得到从基态到激发态的跃迁偶极矩呢
- [图片]
- A:
- 仔细看这个
- Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
- http://sobereva.com/314
- Q:
- 谢谢~
- [图片]这个图是不是能判断出该激发态为LE态？可是它的deltar值为2.86A
- A:
- 看electron-hole图
- Q:
- [图片]
- 我觉得好像是有从左边到右边的跃迁？
- A:
- 有一定CT特征
- Q:
- 是说有一定CT特征，但主要还是LE？
- A:
- 模棱两可。可以说weak CT
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.08 23:06:00
- Q:
- [图片]请问如何从图上看出此物质的HOMO和LUMO能级
- The energy
- of the highest occupied molecular orbital (HOMO) was estimated
- from the onset of the first oxidation peak to be -4.23 eV for
- 5
- A:
- 又是胡乱解释实验数据
- Q:
- 不是胡乱解释，是实验上通过这个图能推断出一个值，然后理论计算也能给出一个值
- [图片]
- A:
- 这种图根本没法给出HOMO、LUMO值
- Q:
- [图片]这两个是实验的吸收光谱数据
- A:
- 居然还把HOMO-LUMO gap当做是optical gap
- Q:
- HOMO和氧化半反应的半波电势有一定的线性，但很多时候线性不太好、斜率远离1、有截距
- 想想也知道本来就不是个好的近似，何况还是溶液行为
- [图片]这两个值是相关的
- A:
- HOMO能量---真空下IP---溶液下IP---溶液下氧化过程自由能变，隔着老远呢
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.09 02:25:29
- Q:
- 请问蒙特卡洛里经常用的12-6 lj参数，是不是不能用于md的12-6 lj里计算？
- A:
- 是
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- 2017.02.09 02:47:45
- Q:
- 各位老师好 小妹现在在用高斯计算两个氧离子在不同距离下的单点能
- 现在的问题是 用高斯算出来的单点能与dMOL3算出来的趋势上(极小值点的横纵坐标)相差很大(都是选用B3LYP方法)
- 请问是否是基组选择的问题？(现在用的是6-311＋＋G(3df,3pd) )
- 谢谢各位的指教[emoji]
- A:
- 此基组无问题。
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- 2017.02.09 02:57:54
- Q:
- “中国互联网违法和不良信息举报中心”积极对此违法论坛进行举报http://jubao.12377.cn:13225/reportinputcommon.do
- 举报中心
- A:
- 我已经向域名提供商进行反馈，让他们处理
- Q:
- Sob山寨网站复活了
- A:
- 我已经向域名提供方反馈了
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- 2017.02.09 03:27:25
- Q:
- 请问大家一下在VMD中怎么截取部分原子，谢谢啊[图片]
- 比如说只要看中间这一块的
- A:
- 恰当使用选择语句，比如x>5 and x<8这种
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- 2017.02.09 06:37:33
- Q:
- 各位老师我想咨询下关于TADF的理论计算问题：因为利用了三重态激子，所以内量子效率可以达到100%=25%+75%，那么发光应该也包括两部分，一部分为瞬时荧光，一部分为延迟荧光，一个速率在纳秒级别，一个在微秒级别，根据卡沙规则，我们优化第一单重态激发态，用爱因斯坦自发辐射关系可以得到辐射速率，这个辐射速率应该是瞬时荧光速率吧？
- A:
- 应当是瞬时的
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- 2017.02.09 17:35:47
- Q:
- 请问老师，Gaussview 的IR 的展宽是不是 也是洛仑兹函数？[图片]
- A:
- 是洛伦兹函数
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- 2017.02.09 17:57:04
- Q:
- sob老师，gromacs做好后怎么保存啊 /？
- [图片]
- A:
- 如果保存状态，file-save visualization state
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- 2017.02.09 22:32:56
- Q:
- [图片]
- 突然想起 sob可以先把他的ip ban了啊
- 在公社的服务器上
- 至少他不能继续爬内容了
- A:
- 估计是从别的机子上扒数据之后才传到冒牌论坛的
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- 2017.02.09 23:05:48
- Q:
- 请问amber里怎么给rigid分子设置参数？例如键力，键角参数。
- A:
- 当成刚性考虑就没必要设这些，设了也白设
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- 2017.02.09 23:22:15
- Q:
- [图片]老师，从EMSL上考基组定义的时候会出现这种****符号 ，高斯运行时出现如图错误，应如何解决？
- A:
- 输入文件格式不对。参考
- 详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
- http://sobereva.com/60
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.09 23:35:25
- Q:
- 咨询一下基础的gromacs问题：就是原子电荷的计算方法，我们通过拟合静电势的方式得到。拟合静电势师哥什么意思？我们通过高斯的pop=MK等不是能够直接求出原子电荷，怎么还用拟合呢？谢谢指点。
- 谢谢 (整理Q&A) 。“程序通过优化原子电荷的数值重现分子的静电势”什么意思？我的意思是，咱们通过量化计算pop=MK等，不是能求得静电势？然后通过这个静电势来拟合原子电荷又？我应该是没理解这个过程什么意思，谢谢指点哈
- A:
- 看这个文档
- 拟合静电势电荷的计算方法
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=221
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 02:36:59
- Q:
- 各位老师同学大家好！有个关于shell的小问题：如果有一个字符串比如AsC3，我想截取字符C前边的字符s和后边的字符3，怎么实现？谢谢
- 用cut命令么？但cut切出来是字符串
- A:
- 用awk，查查相关语法，肯定能做到
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 03:20:59
- Q:
- [图片]
- 请问这种图分析完轨道成分之后接下来该怎么做？这种图用什么软件能做出来呢
- A:
- multiwfn的CDA界面里直接就有选项输出复合物轨道以片段轨道为基的展开系数
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 05:22:06
- Q:
- 请问各位老师，用高斯计算ADCH电荷，输入文件的关键词是什么啊？
- 哦，老师输入文件怎么做那？这块刚接触不懂啊。
- A:
- 看multiwfn手册4.7.2节的例子
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- 2017.02.10 05:33:22
- Q:
- 老师您好，GROMACS培训班今年是否还会开办第三届？哎，第二届又不能参加了，时间冲突了。谢谢老师
- A:
- 第三届什么时候就难说了。有可能11或12月，也有可能明年
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- 2017.02.10 06:14:21
- Q:
- 再gv中定义了2个fragment
- 能否在优化的时候frozen其中一个fragment？
- A:
- 可以
- Q:
- 原子坐标后面加个 F好像？
- A:
- 好多种办法
- 最简单就是原子名后头写-1，可以直接在gv的片段编辑界面里直接设定被冻结的片段
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 07:21:49
- Q:
- 是因为用的amber，不知道amber有没有键长键角约束的算法
- A:
- amber支持SHAKE约束键长
- Q:
- 好的，谢谢！180度的键角没法约束吧。是不是得改用gmx或lammps。我从文献得到co2参数，因为是刚性的，随便设定键长键角参数2000左右，模拟的密度特别低。
- A:
- 似乎不能
- 但如果你看模拟轨迹，发现CO2直线结构维持得还可以，那就不是键长键角参数问题，肯定是原子电荷或者范德华参数设的有问题
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 09:32:05
- Q:
- 我想问一下，castep里面带隙没有怎么办？原本是绝缘体，应该很大的
- A:
- 如果是LDA/GGA，改用杂化试试
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 17:49:46
- Q:
- [图片]请问老师这两个数值代表什么意思
- A:
- 占据数
- Q:
- 请问老师怎么才能准确地找到某个分子中某个原子孤对所占据的轨道，想做轨道能级差
- 以及某个键所对应的轨道
- A:
- 挨个看轨道图形
- 参考此文对轨道的指认
- 图解电子激发的分类
- http://sobereva.com/284
-
- 但有些MO注定没法进行指认
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 18:08:49
- Q:
- 老师，请问一下在搜索过渡态后计算化学反应活化能时。可以计算过渡态与反应物之间的吉布斯自由能差值，也可以计算过渡态与反应物之间的焓变差值。如果这两者差别很大，那么用哪个值能更好地描述化学反应进行的难易程度？。
- 李老师，请问一下您时间方便的话关于过渡态理论方面的资料您能否推荐一些（书籍或文献）。我想从原理方面了解一些。谢谢老师。
- A:
- levine、atkin写的知名的国外的物理化学书里都有介绍
- 以及
- 使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
- http://sobereva.com/246
- 基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
- http://sobereva.com/310
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 18:23:45
- Q:
- 老师，请问一下，去哪里可以看ELF符号法则呢？
- A:
- 什么意思？
- 如果指电子定域化函数，哪有什么符号法则
- Q:
- 就是我可以画一个结构，两个即将成键的原子之间出现了一个吸引子，但是没有线连接起来，我不知道这个吸引子是谁的，或者该如何表示
- 可视化
- [图片]
- 比如11号盆
- A:
- 结合等值面图考察
- 当前情况直接看也能判断是N的
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 18:32:21
- Q:
- 老师您有关于ELF图的帖子吗？谢谢
- A:
- 你若非得把这归属成所谓的单突触盆就算N的。若绘制ELF等值面图或平面图，看到已经明显成键了，就算V(N,C)
- ELF综述和重要文献小合集
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2100
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 18:55:49
- Q:
- caspt2算法比tddft准确吗？是不是很耗时
- A:
- 准
- 是
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 20:13:43
- Q:
- 大博士，计算CDA的时候出现flip electron spin的时候选择Y还是N？
- A:
- 看体系，看情况
- 原理、为什么要做翻转在CDA博文里和GCDA文章里都说了，搞明白就自然知道该不该翻了
- Q:
- 一个片段开壳层，一个是闭壳层，整体是开壳层，应该不用翻转了吧？
- 我认为两个片段开壳层，整体是闭壳层，才需要翻转
- A:
- 对
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 21:56:54
- Q:
- 请问 对若干简并的光谱线做高斯broadening的小程序能方便提供下吗？谢谢
- A:
- 用multiwfn，把谱线对应的能量按要求的格式写成文本文件就可以绘图
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 22:13:29
- Q:
- 请问如何下载公社aliyun邮箱附件？我看文件中需要下载阿里云邮箱客户端，在哪儿下载呢，没搜到。。。
- A:
- 用手机上的阿里邮箱app试试
- Q:
- 6和7号邮箱登录时显示密码错误，4和5可以登录
- A:
- 密码没错
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 22:54:32
- Q:
- 请问ccsd(T)适合多少个原子的分子计算？我的体系是五个原子，用这个算经常算几天几夜也不一定有结果，但审稿人非让我拿这个算，还要用aug-pp-pvtz-pp基组，请问合理吗？该怎样回答？谢谢！
- A:
- 如果搞不动，适当砍掉弥散函数再算，参考月份基组
- Q:
- 比如，Si,H用啥较好？Ti,Zr,Hf用什么呢？谢谢！
- aug-cc-pvtz-pp,刚打错了
- A:
- 前三个cc-pVTZ，后两个cc-pVTZ-PP
- 弥散不是必需的
- Q:
- Si,H用cc-pvtz, Ti,Zr, Hf用cc-pvtz-pp,是吗？
- A:
- Ti也是cc-pVTZ
- Q:
- 我以前Si,H用6-311++g(3df,3pd), Ti,Zr, Hf用sdd,算了几天只有一个结构出来了，其他都不了了之，您提供的是不是会好一些？@Sobereva
- A:
- 6-311++g(3df,3pd)非常之ugly
- 我说的基组比这结果好得多
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 23:14:06
- Q:
- gaussian16 GPU加速也只是一个噱头，看介绍，主要是大体系DFT，效果明显，小体系，没什么效果。
- A:
- 更坑的是只能用Tesla K40和K80，一个卡将近一个双路服务器价钱
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 23:36:35
- Q:
- sob 老师，multiwfn 可以把多个离散的光谱线 拟合成一条连续的谱线？
- A:
- 应当说是连续的曲线
- 具体的看此文
- 使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
- http://sobereva.com/224
- 自己直接写输入文件遵循的格式看手册这部分
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 23:47:13
- Q:
- 请问一下，用Multiwfn绘制的紫外光谱，如何与实验结果进行对照呢
- 还需要怎样换算吗
- A:
- 直接就能对照。不过纵坐标绝对值没必要对照，关键是曲线形状
- Q:
- 哦哦，谢谢老师
- A:
- 你可以导出数据到文本文件，然后和实验数据的文件都导入到origin里，做到一张图上。然后可以再恰当调节理论光谱的纵坐标使之最大程度贴合实验。为了消除系统性误差，也可以适当调节横坐标以尽可能好地对应
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.10 23:59:47
- Q:
- 老师们好，请问计算过渡态时加了 notrust以及maxstep=N而中间体没有，这样处理的结果对反应势垒有影响么？
- A:
- 没影响
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 00:05:38
- Q:
- 请问一下，赛扬四核，和I7四核，对于计算来说，性能相差巨大吗？
- A:
- 4核的赛扬都是给平板电脑、非常低端的笔记本用的，性能弱爆
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 00:14:58
- Q:
- 涉及到三重态到单重态转化的过渡态的寻找 至少用什么级别去寻找
- A:
- 那不叫过渡态，那叫MECP
- 使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
- http://sobereva.com/286
-
- 级别和平时优化一样
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 01:20:10
- Q:
- The Ahlrichs (2df,2pd)(for Ag atom) polarization functions from TurboMole基组库里的基组与https://bse.pnl.gov/bse/portal的是否一样？
- The segmented all-electron relativistically recontracted (SARC) version of the def2-TZVPP basis set was used.The Ahlrichs (2df,2pd) polarization functions were obtained from the TurboMole basis set
- library at ftp.chemie.uni-karlsruhe.de/pub/basen and were used on the metal atoms, while the
- def2-SVP basis set13 was used on the rest of the atoms.
- 参考文献的这句话对Ag原子使用的基组进行了说明，我没看明白，我理解成两种可能：（1）Ag原子使用def2-TZVPP再加(2df,2pd) 极化函数；（2）Ag原子直接使用The Ahlrichs (2df,2pd) polarization functions（本身这个极化函数是否包含了基组？）。请问这两个可能哪一个才是正确的？
- A:
- 光是极化函数显然不可能定义整个基组
- 那段话本身也没说清楚。也许是用SARC，但是把极化函数改成了那个网址里的
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 01:30:17
- Q:
- 请问下Sob老师 有没有什么软件或好的方法可以表征材料的热稳定性呢@Sobereva
- A:
- 最简单粗暴普适的就是直接做动力学，考察不同温度的动力学行为
- 其它方式研究就得看具体体系了
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 01:43:41
- Q:
- 老师打扰了。本文里计算了一系列团簇的电离势和电离能随尺寸的变化。所有的计算都是MS中dmol3模块中进行而且里面没有自旋耦合和自旋极化选项的选项，而高斯这个软件里有。一下为外审专家的意见，请问我怎么回复好呢？ 1. I think that the authors do not include spin-orbit couplings in the calculations, although for Pb this may be a not very accurate approximation. Please rationalize this decision
- and discuss what consequences this has for the accuracy of the calculated IP and EA values. 2. Similarly, do the authors include spin polarization? If not, why not? And then again, which consequences has this on the calculated IP and EA values? Discuss in manuscript.谢谢！
- A:
- 高斯也几乎考虑不了旋轨耦合
- 自旋极化效应当使用非限制性开壳层的时候就自然而然考虑了
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 01:52:21
- Q:
- [图片]各位老师，请教一下后面的这个数值，比如HOMO轨道后面的数值为-0.19654，这个数值的单位是什么呀，谢谢
- A:
- Hartree
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 02:02:31
- Q:
- 旋轨耦合这个事情，我觉得可能在比较好的重金属的赝势中会有一些考虑，不过也不可能精确描述。不知道这个想法对不对，同问 sobereva
- A:
- 要么用旋轨势，把旋轨耦合等效考虑；要么使用赝势的时候额外考虑旋轨耦合
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 03:21:45
- Q:
- 老师，请问B3LYP-D3（BJ）在高斯输入文件中用哪个关键词？
- A:
- DFT-D色散校正的使用
- http://sobereva.com/210
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 03:55:04
- Q:
- 老师，请问Ag环吡啶金属配合物，在计算时，如果Ag用def2-TZVPP(2df,2dp)基组，C，H，N，O等小原子用6-31g(d,p)基组这样搭起来是否合适？
- A:
- 档次相差太大
- Q:
- 如何搭配合适？
- A:
- 起码也得是6-311G**
- Q:
- 这样整个体系基组太大，如果Ag减小基组，用哪一种合适？用def2-TZVP可以吗？
- 或用Ag用lanl2fz？
- A:
- SDD结合6-311G*
- Q:
- 老师，请问def2-svp基组在Gaussian中输入时，是否直接用 def2-svp ？
- A:
- def2SVP。看手册
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 04:08:23
- Q:
- 请问 Gaussian 中用DFT计算时含Au的体系时，如果Au的基组有相对论效应（比如aug-cc-pvTZ-pp）是否还要写int=DKH2呢
- A:
- 群内发言字号不得超过12，看群共享里群规
- Q:
- 我看“使用Multiwfn绘制原子轨道图形、研究原子壳层结构及相对论效应的影响”中需要 含相对论的基组（或赝势基组），并且要加上int=DKH2 IOP(3/93=1) ，才有相对论效应包含进来
- A:
- 完全不对
- 用了相对论赝势自然就考虑了标量相对论效应了
- 用全电子基组时候才能用int=DKH2以DKH2方式考虑标量相对论效应
- 基组根本没有含不含相对论效应一说，相对论效应体现在哈密顿上
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 05:45:42
- Q:
- 老师，可以再请教一下吗，某一结构做ELF拓扑分析，其结果可以像其他分析一样保存.cub文件，然后使用其他软件可视化吗？
- A:
- 拓扑分析怎么保存cube文件，你应该用主功能5来计算ELF的cube文件
- Q:
- 因为在multiwfn软件的可视化界面里不怎么好调视角，所以我保存了cube文件，但是在GV里面就看不到吸引子了，我就想问是不是无法在别的软件里可视化？
- A:
- VMD
- 吸引子导出成pdb文件，在VMD里显示成圆球。ELF的cube文件在VMD里显示成等值面。叠加起来看
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 06:22:50
- Q:
- 请问Material studio 软件教材哪里有卖吗？
- A:
- 先把超详细的自带的help看了
- Q:
- 请问Material studio 软件教材哪里有卖吗？
- A:
- 一个信息不要发两遍
- 根本没这种东西
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 06:56:25
- Q:
- [图片]Sob，请问一下这种图咋做出来的啊，作者还做了个Video
- 这什么图
- the potential energy isosurfaces
- A:
- liyuanhe帮我吐槽吧
- Q:
- /呲牙别吐槽，我错了
- [图片]噫~~
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- 2017.02.11 17:33:41
- Q:
- 老师最近我们实验组在使用Mutiwfn的显示图形进行调整位置的时候会发现卡顿的现象，这是因为我们的电脑配置不够吗？还是分子体系太大导致的呢？谢谢老师
- A:
- 本来就会轻微卡顿，正常
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 21:03:29
- Q:
- 各位老师：“在HF方法中，其哈密顿算符（Hamiltonian）有两种情况：其一，Hamiltonian是精确的，波函数近似为单行列式（变分）；其二，Hamiltonian是近似的，波函数取精确的本征函数（微扰）。”这样描述对吗
- 近似的Hamiltonian精确的本征函数是半经验吧
- 以及还有近似的Hamiltonian近似的本征函数
- A:
- 描述不对，尤其是“微扰”出现在这里完全莫名其妙
- 所用基组尺寸是有限的，从这点上来说，本来就没法得到精确的本征函数，除了模型体系
- Q:
- 模型体系是指氢原子，一价氦离子吗
- A:
- 这种肯定可以，还有别的模型体系，只要基函数形式正好能对应实际的本征函数，也可以得到精确本征函数
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.11 23:33:04
- A:
- [图片]
- [图片]
- [图片]
- 是同一篇文章
- Q:
- 用gauss view而不是gaussian计算、
- 太牛了，什么杂志，这审稿编辑都怎么过的
- A:
- 当代化工
- Q:
- 代发文章的
- A:
- 同一期刊另一篇，对比中英文摘要，pka、pkb都搞混了
- [图片]
- [图片]
- [图片]
- 看这帖子时我才留意到这两篇：
- 请教各位老师，怎么用量化方法预测化合物的pKa值呢
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5032
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 02:32:58
- Q:
- 请问这个基组 Stuttgart RSC 1997 ECP 为什么只有ECP？
- A:
- EMSL上有对应的赝势基组
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 02:55:57
- Q:
- smd模型是不是不适合做state specific的计算呢
- A:
- 适合
- Q:
- 算出来的值比起LR和实验相比偏了许多/流泪
- A:
- 不是SMD的事，你用IEFPCM也一样
- LR时误差恰好抵消得好罢了
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 04:42:06
- Q:
- 各位老师好！能不能请教一下：如何用crystal maker把Nacl晶体中的部分Cl替换成F，好像不行？有没有其他软件可以做到这一点？
- A:
- 导入MS，用build-symmetry-Make P1，然后点其中要改的原子，把元素改成F
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 04:42:06
- Q:
- 各位好，请问高斯输出中极化率是原子单位，怎么转化成国际标准单位
- A:
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 06:05:20
- Q:
- 哪里可以查到各种有机溶剂的粘度呢，可以引用的那种
- A:
- 兰氏化学手册
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 06:33:32
- Q:
- v计算化学2017年培训班什么时候开始
- A:
- 看www.keinsci.com的通知
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 08:12:02
- Q:
- 各位老师，想参加量化培训，怎么报名啊？
- A:
- 到时候通知里自然会写明的
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 15:45:28
- Q:
- 求助一篇文献全文，谢谢！http://chinesesites.library.ingentaconnect.com/contentone/dav/aaua/1995/00000081/00000004/art00013
- A:
- 字号不得超过12，见群文件里的群规
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 17:56:29
- Q:
- [图片] 老师这是不是应该写成0,0.7啊？用逗号间隔就出现真正的结果了
- A:
- 本来写的就是逗号啊！
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 17:56:29
- Q:
- 请教一下各位老师 Mutiwfn如何得到拉普拉斯值呢？[图片]这个图是Mutiwfn哪个功能得到的啊？
- 我读了sob 老师的帖子，主功能9下面的功能8可以得到拉普拉斯值，最关键的问题是上面这个图怎么做出来的，谢谢各位
- A:
- 做拓扑分析，看
- 使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
- http://sobereva.com/108
- 手册4.2节也有例子
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 18:21:57
- Q:
- 各位老师，对一个分子进行freq计算以后怎么可以看到特定键的振动频率的数值，比如这个分子力的c-o振动数值 。[图片]
- A:
- 看振动模式，找主要对应于C-O振动的正则模式的频率
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 22:09:40
- Q:
- 老师，如果想分别看c1-H3和C1-H4的频率呢。
- [图片]
- A:
- 没法看，互相严重耦合着
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 22:30:04
- Q:
- 请问“Restart”和“geom=check, guess=allread”有什么区别啊，我感觉作用一样啊
- A:
- restart专为续算任务而生，和后两个关键词多数情况完全不等价。诸如续算后HF单点，绝对不是后面这俩关键词就完了的，否则顶多能把SCF部分快速跳过
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 23:20:55
- Q:
- sob老师，gaussian计算一个闭壳层配合物，stable=opt后使用了alpha和beta两套分子轨道，但相应的alpha电子书和beta电子数相同，且对应的alpha和beta分子轨道能量相等。我再看相应的分子轨道图像
- [图片]
- 这样可以认为其实就是闭壳层体系呢？
- @Sobereva
- 如何得到自旋布局呢
- 自旋密度图像也是中心对称的
- 应该就是闭壳层吧
- A:
- 和这没直接关系
- 字号不要超过12
- 谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
- http://sobereva.com/353
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.12 23:36:42
- Q:
- 群里各位老师，有个问题想请教下，自己不太懂量化计算，还是想多学习。目前在做一个有机反应的势能面计算，B3LYP-D3/6-311+G(d,p)/SDD//B3LYP/6-31G(d,p)/LANL2DZ，SDD和LANL2DZ赝势用于Ru原子，只比较单点能，发现过渡态的单点能低于反应物，请问这个正常吗？
- A:
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.13 01:58:08
- Q:
- multiwfn的电子激发分析deltar，如果输入文件加了opt和td（分析发射），貌似读取有一些错误，譬如激发能读的是第一个而不是最后的[图片]，不知道最后的deltar结果是否是最后的那个？@Sobereva
- A:
- 不要把opt搅合在一起，否则无法正确解析数据
- Q:
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4914&highlight=TDM我是看到了这个帖子
- 那如果要分析发射的跃迁信息，就直接取优化好的激发态结构做td单点吗（感觉溶液性质没法表现出来）
- A:
- 是
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.13 02:25:41
- Q:
- 高斯安装时有没有什么注意事项啊
- A:
- [图片]
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.13 02:30:13
- Q:
- 老师，为了不浪费未来四月份听初级班的那几天时间。我应该提前准备什么知识或者预习什么吗？真的大脑一张白纸去，我感觉会让自己学习效率很低。
- A:
- 没什么好准备的。看乱七八糟资料，尤其是中文的，只会被误导，形成一些先入为主的错误的概念
-
- 非要说的话先照着exploring那本书第二版鼓捣鼓捣做点里面的练习
- 不懂什么是点群、sigma/pi键之类基础知识的先看结构化学书把这些搞懂
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.13 02:38:33
- Q:
- 不同泛函对基态结构优化是否影响较小？
- A:
- 不能一概而论，只能说较靠谱的泛函，对于优化一般有机体系结构差异不算大（而且得是那种弱相互作用不明显影响构象的情况）。
- Q:
- m062x和pbe0这种hf成分差别很大的呢
- A:
- 对于优化有机体系结构，HF成分对结构影响不显著
- 这两种泛函优化有机体系都很可靠，当弱相互作用不可忽略时，应当用前者
- Q:
- 万分感谢，我不考虑弱相互作用，应该就差不多
- A:
- 不牵扯弱相互作用时，根据某文章测试，PBE0所得结构精度更高一点点。而且计算量比M062X要小，所以此时PBE0更值得使用。
- Q:
- 可是如果我将分子放在溶液中，采用smd模型的话，是否使用Truhlar组的泛函会更可靠些呢
- A:
- 没直接关系
- SMD拟合参数时也只是为了尽可能好地重现溶解自由能而已，用的结构还都是真空下优化的
- 显然不对。你优化激发态结构，却算基态频率
- 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
- http://sobereva.com/327
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.13 05:33:50
- Q:
- 请问柔性分子构象变化导致其共价键键长的变化在多大范围内为合理？我发现有个晶体，其有机分子的构象差异导致其S-N键长0.043A的变化，我觉得太大了
- 我不清楚大不大，特来请教各位。
- 或者说这个值合理吗？
- A:
- 貌似没什么问题
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.13 05:49:17
- Q:
- 请问老师，开壳体系最高占有轨道该如何表示？因为是单电子，审稿人说不能用SOMO，要用DOMO，不是很懂，DOMO表示什么？有没有什么资料可以看看？谢谢了！
- A:
- [图片]
- 没听说过什么DOMO
- Q:
- 好的，我参考一下，多谢了！
- 非限制开壳体系一般要同时给出两个吗？
- A:
- 看你讨论什么了。比如讨论开壳层体系的电子跃迁，如果根据输出信息发现跃迁只涉及alpha轨道，就只说alpha MO
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.13 05:59:29
- Q:
- 师兄，g09能否支持单点能的续算呀？
- A:
- 看你用什么理论方法
- 典型的两类
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.13 06:10:01
- Q:
- 请问sobereva老师，气相基态结构我已经优化好了，然后计算气相下吉布斯自由能可以直接用# B3LYP/6-31G* freq，而不加opt指令吗？
- A:
- 可
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.13 06:27:22
- Q:
- 分子的偶极矩可以用哪种软件在图中表现出来呢
- A:
- gview里直接能用箭头表示
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.13 17:22:10
- Q:
- [图片]老师，这个图在Multiwfn里是怎样绘制出来的，谢谢老师啦
- A:
- VMD绘制，在里面设多个representation，每个用不同等值面数值，并且材质用透明
- ----------------------------------------------------
- 2017.02.13 17:30:14
- Q:
- 老师在您给的这个帖子里（http://sobereva.com/108）没看到关于这个图[图片]的做法，Mutiwfn说明书里有这个图的做法吗？
- [图片]这个应该就是讲的这部分吧，我主要是想找到BCP那个点，帖子的内容我明白了，但是如何实现还没找到方法，还请老师指点，如果麻烦些，我直接看Mutiwfn计算出来的拉普拉斯值正负是不是也可以，看图学生觉得直观，谢谢老师
- A:
- 做拓扑分析不就找到了BCP，要看BCP上的值就用拓扑分析里的选项7。之前给你的博文里和手册4.2节例子都说了
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发表于 Post on 2017-3-15 00:12:46
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