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[波函数分析求助] 求助RDG等值面图和氢键对应关系问题

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各位老师好,我根据博文绘制了两个化合物(化合物1和化合物2)的RDG等值面图(isovalue = 0.5)及RDG散点图,以下是绘制出的图:

由后面两张结构图可以看到,化合物1由一个键长为1.849Å的氢键,化合物有键长为2.081Å和1.705Å的两个氢键,但从RDG等值面图看,化合物1的RDG等值面图在相应位置有两个蓝色圆片,化合物2在相应位置只有1个蓝色原片(如下图圈出来的地方),这应该怎么解释呢?

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发表于 Post on 2025-5-7 10:32:09 | 只看该作者 Only view this author
但从RDG等值面图看,化合物1的RDG等值面图在相应位置有两个蓝色圆片


有没有一种可能,这里少了一个H

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-7 10:52:24 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2025-5-7 10:32
有没有一种可能,这里少了一个H

这是把多余的H都隐藏了的,只留下了形成氢键的氢

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发表于 Post on 2025-5-7 13:03:54 | 只看该作者 Only view this author
wqm 发表于 2025-5-7 10:52
这是把多余的H都隐藏了的,只留下了形成氢键的氢

提问的时候别做这种迷惑的事情
本来化合物1就有两个氢键,等值面都明确体现了

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “RDG等值面图” 改了,以后务必注意!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-7 14:50:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-7 13:03
提问的时候别做这种迷惑的事情
本来化合物1就有两个氢键,等值面都明确体现了

对啊 老师,化合物1等值面确实是两个氢键,但我用分子对接这里只有一个氢键,而化合物2本身有两个氢键的,等值面看却是一个氢键,这个我不知道该怎么解释

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发表于 Post on 2025-5-7 23:48:47 | 只看该作者 Only view this author
wqm 发表于 2025-5-7 14:50
对啊 老师,化合物1等值面确实是两个氢键,但我用分子对接这里只有一个氢键,而化合物2本身有两个氢键的 ...

“用分子对接这里只有一个氢键” 语义不明,怎么又牵扯到分子对接了?

RDG等值面图上化合物2明明也有两个氢键,只不过一个相对较弱、没那么蓝而已。具体氢键强度可以按下文用Multiwfn做拓扑分析估计
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-8 10:12:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-7 23:48
“用分子对接这里只有一个氢键” 语义不明,怎么又牵扯到分子对接了?

RDG等值面图上化合物2明明也有 ...

不是的,老师,我的意思是化合物1本来应该只有左边的那个氢键,RDG等值面图本来应该只有左边的那个蓝色圆片,右边的蓝色圆片能解释成其他作用吗

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发表于 Post on 2025-5-9 00:18:50 | 只看该作者 Only view this author
wqm 发表于 2025-5-8 10:12
不是的,老师,我的意思是化合物1本来应该只有左边的那个氢键,RDG等值面图本来应该只有左边的那个蓝色圆 ...

看不懂你的描述
把图片做成类似幻灯片形式,恰当标注,描述清楚问题。并且所有原子都显示出来避免误解。
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