使用Multiwfn自由体积可视化问题

chenyp

各位朋友好，我想请教一个有个VMD可视化的问题。我的.xyz文件是从.lammpstrj中写的，然后.xyz用vesta转化成.pdb文件，手动加上盒子的信息（CRYST1   41.429   41.429   41.429  90.00  90.00  90.00 P 1           1）。得到.pdb后利用multiwfn计算了自由体积，然后使用vmd可视化发现自由体积的区域与分子错开了一部分。请问这个需要怎么解决，非常感谢您的回答！

.lammpstrj前几行
ITEM: TIMESTEP
0
ITEM: NUMBER OF ATOMS
6080
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
7.6092363239610208e+00 4.9038641676028192e+01
7.6092363239610208e+00 4.9038641676028192e+01
7.6092363239610208e+00 4.9038641676028192e+01
ITEM: ATOMS id type x y z
3891 27 12.842 10.7337 11.8651
2402 20 14.4924 9.0119 8.67314


.xyz前几行：
6080
generated by python code
C   13.8582   10.6294   11.6696
H   14.5294   11.2472   12.2573


.pdb前几行：
COMPND     generated by python code
COMPND   1Created by VESTA
CRYST1   41.429   41.429   41.429  90.00  90.00  90.00 P 1           1
HETATM    1 C1                  13.858  10.629  11.670  1.00  0.00           C
HETATM    2 H1                  14.529  11.247  12.257  1.00  0.00           H

.cub前几行：

Generated by Multiwfn
Totally      4574296 grid points
6080    0.000000    0.000000    0.000000
  166    0.474482    0.000000    0.000000
  166    0.000000    0.474482    0.000000
  166    0.000000    0.000000    0.474482
    6    6.000000   26.187825   20.085899   22.053104
    1    1.000000   27.455831   21.253750   23.162373

sobereva

lammps的情况我不清楚。没有你的完整文件也没法测试。我只能说常规的带盒子的体系，习俗上坐标是从0,0,0开始。建议你确保用VMD载入pdb文件并用pbc box显示盒子后，能看到原子都在盒子范围内，如果不是这样说明之前的处理有问题

chenyp

pdb文件也是这样，盒子与分子簇发生了偏移。

Uus/pMeC6H4-/キ

去python脚本、.xyz文件和VESTA的绕圈操作意义不明，直接用VMD加载.lammpstrj轨迹，主窗口选中相应molecule id再去File - Save Coordinates保存相应帧为.pdb格式不就转换好格式了……而且.lammpstrj本就有盒子信息，VMD加载完以后pbc box也能画出来。说起来ITEM: BOX BOUNDS定义的盒子范围为什么不是从0开始呢？

chenyp

问题已经解决了，我把盒子移动了。
set sel [atomselect top all]  
$sel moveby {-8.19026 -8.19026 -8.19026}
非常感谢您们的回复！

说起来ITEM: BOX BOUNDS定义的盒子范围为什么不是从0开始呢？（不是很清楚