求助：想用gromacs进行电解质的退火模拟，出现segmentation fault错误

sowhat

mdp文件如下，在执行命令grompp_mpi -f ann.mdp -c npt.gro -p topol.top -o ann.tpr   时出现segmentation fault错误。把annealing这几行删掉可以正常产生tpr文件，求大神指点

title                = NPT equilibration for system
;define                = -DPOSRES        ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator        = md                ; leap-frog integrator
nsteps                = 20000000                ; 2 * 50000 = 100 ps
dt                    = 0.001                ; 2 fs
; Output control
nstxout                = 50000        ; save coordinates every 0.2 ps
nstvout                = 50000        ; save velocities every 0.2 ps
nstenergy        = 50000        ; save energies every 0.2 ps
nstlog                = 50000        ; update log file every 0.2 ps
nstxout-compressed            = 50000    ; save compressed coordinates every 10.0 ps
                                ; nstxout-compressed replaces nstxtcout
compressed-x-grps   =     ; replaces xtc-grps
; Bond parameters
continuation        = yes                    ; first dynamics run
constraint_algorithm = lincs        ; holonomic constraints
constraints        =    none     ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter        = 1                            ; accuracy of LINCS
lincs_order        = 4                            ; also related to accuracy
; Neighborsearching
ns_type                = grid                ; search neighboring grid cels
nstlist                = 10                    ; 10 fs
rlist                = 1.2                ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb        = 1.2                ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                = 1.2                ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
cutoff-scheme = Verlet
; Electrostatics
coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order        = 4                    ; cubic interpolation
fourierspacing        = 0.16                ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl                =  V-rescale                    ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = TFO  AL        DXE; three coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.2        0.2  0.2    ; time constant, in ps
ref_t                = 298  298   298   ; reference temperature, one for each group, in K

; Pressure coupling is off
pcoupl                = Parrinello-Rahman         
pcoupltype  = isotropic
tau_p                        = 1.0                            ; time constant, in ps
ref_p                        = 1.0                      ; reference pressure, in bar
compressibility     = 4.5e-5
annealing = single  single  single  
annealing-npoints= 0 0 4
annealing-time= 0  1000 2000  4000
annealing-temp= 298 349  400  400         
; Periodic boundary conditions
pbc                    = xyz                ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel                = no                ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp        = 250                ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed        = -1                ; generate a random seed
; COM motion removal

sobereva

退火点没法写0个

没事甭写fourierspacing        = 0.16 ，避免被以讹传讹

sowhat

sobereva 发表于 2025-5-21 05:49
退火点没法写0个

没事甭写fourierspacing        = 0.16 ，避免被以讹传讹

请问如果要给单个组退火 要怎么写呢

sobereva

sowhat 发表于 2025-5-21 09:08
请问如果要给单个组退火 要怎么写呢

某个组温度若始终恒定，退火点至少也得写1；或者写2，前、后的参考温度设成相同的值