使用gmx_mmpbsa计算结合自由能出现Cannot bond two virtual sites/extra points to...

ccc.

各位老师好，请问我用gmx_MMPBSA计算结合自由能出现报错：Cannot bond two virtual sites/extra points together是为什么？我分子动力学模拟用的力场是GROMOS54A7力场。是gmx_MMPBS不能计算这个力场的结果吗？

我执行的命令是：gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md_0_100.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md_90_100.xtc -cp topol.top -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv

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不支持GROMOS力场
一个类似的讨论的帖子:  https://groups.google.com/g/gmx_mmpbsa/c/NKRAha9tWRA

jackshoulder

你动力学换成主流的amber14sb或者19sb力场吧。这可能动力学得重新跑了

ccc.

Loading0760 发表于 2025-5-21 14:26
不支持GROMOS力场
一个类似的讨论的帖子:  https://groups.google.com/g/gmx_mmpbsa/c/NKRAha9tWRA

如果换成g_mmpbsa能计算gromos力场吗

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ccc. 发表于 2025-5-21 16:28
如果换成g_mmpbsa能计算gromos力场吗

可以,有些文章就是这样的,但是不建议.
关于结合能的力场这个我了解不多,仅摘抄别处的讨论供你参考
出处 : https://groups.google.com/g/g_mmpbsa/c/uqewiUaWULw

As wrote in in g_mmpbsa publication, we have tested MM/PBSA with Amber force field (all-atom force field). We cannot say validity of MM/PBSA with Gromos force field, which is a united atom force field. It does not contain non-polar hydrogen atoms and can drastically affect the surface computation during solvation energy calculation.

ccc.

Loading0760 发表于 2025-5-21 16:55
可以,有些文章就是这样的,但是不建议.
关于结合能的力场这个我了解不多,仅摘抄别处的讨论供你参考
出 ...

这个网址打不开，请问这个帖子是哪一个论坛或者贴吧吗？非常感谢

jackshoulder

ccc. 发表于 2025-5-21 17:15
这个网址打不开，请问这个帖子是哪一个论坛或者贴吧吗？非常感谢

强烈建议你动力学重新用amber系列力场跑，amber14sb或者amber19sb。别折腾gromos了，到时候你用g_mmpbsa程序算结合自由能又会遇到问题，又是一大堆疑问。不划算。搁着折腾的时间，你还如早些用amber系列力场跑上

sobereva

相对于描述蛋白质很好的AMBER14SB/19SB和CHARMM36m，GROMOS力场描述蛋白质本来就没任何优点，本来就不推荐用这个

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ccc. 发表于 2025-5-21 17:15
这个网址打不开，请问这个帖子是哪一个论坛或者贴吧吗？非常感谢

给你贴的2个链接,第一个是gmx_mmpbsa的google群组,第二个是g_mmpbsa的google群组.

我的建议和楼上一样,用amber力场重新跑一边,既然你已经结构都有了,替换个力场也是很快的,