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请问大家,在用伞形采样求PMF曲线的时候,是怎么保证histograms有合适的overlap的?有好的经验推荐吗?我分别模拟了三种不同拉力常数k值的情况,但是每一种里面都在相似的位置采不到数据,不知道怎么解决?
例图是牵引一个离子穿过蛋白通道的例子,如左图,在每隔0.03 nm取一个构型后,进行100 ps npt平衡,可以看出平衡后在0和-0.25 nm处缺少采样点,离子平衡到了相邻的其他位置。在运行1ns MD后(中图),在0,-0.25, -0.5 nm处也缺失采样点(曲线之间的空白处),大概就是离子在这几个位置待不住。其实这个结果已经是我在初始采样的时候刻意在0,-0.25, -0.5处多采集了十几个构型得到的结果,但是离子somehow总是最终平衡在其他位置。所以histogram(右图)看起来也很糟糕。
不知道大家有什么建议吗?我可以在npt和md的时候把k值单独再设大点吗?不过k值增大的话histogram里钟形曲线会变的窄吧?会不会更不容易重叠了?
非常感谢回答!
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