购买服务器的适配和性价比咨询（主用MD，偶尔QM/MM）

sun877469558

购置服务器目的：使用频率从上往下：MD模拟（Amber），QM/MM（chemshell）,少量DFT，简单的机器学习

按照sob老师极高性能分子动力学服务器推荐配置，根据商家调整如下
单路
CPU：AMD Ryzen9 9950x 散价格3580
主板: 技嘉B650M AORUS ELITE 小雕 价格990
散热器：超频3CPU风扇 RZ620 BK 黑 双塔6热管价格310
硬盘：希捷 银河企业级 8TB 256MB 7200rpm 价格1290
显卡：技嘉4090D WINDFORCE 24G 价格18150
内存：金士顿FURY 32GB DDR5-5600 *2 价格1098
电源：鑫谷1250W 金牌全模组 价格560
机箱：鑫谷机箱 探云CS1 幻夜黑 价格240
MK120 套件 价格78
这一套大概26000多

双路
CPU：AMD 7763 2.45G 64核*2
散热器：金钱豹M99 SP3*2
主板：技嘉MZF2-AC0支持4卡*1
内存：32G DDR4 3200 RECC*8
机箱：定制塔式11槽位 4GPU
电源：长城黑匣子2600W*1
系统盘：致钛7100PLUS 2TB+8T企业盘
显卡：NVIDIA 4090 24G*2
这一套大概85000多

双路服务器比单路的贵了好多，是买两个单路的呢，还是直接双路，如果是双路的，有什么可以改进的，可以适当加预算。

恳请各位大佬指导！

sobereva

两个单路
别随便换我http://sobereva.com/444推荐配置里的电源。就算有特殊原因拿不到货，也应当改用其它像样的电源牌子，如振华、海韵等，避免自找麻烦

科学计算

双路，单路的配置都是消费级别的，长期使用稳定性不太好，比如内存都不是ECC的。双路的CPU也可以提升一下。

tonganlhy

主要看你预算多少。双路cpu的单核性能太差，不能完全发挥显卡能力，是预算不够时候的被迫选择。单路的话现在可以上5090，价钱比4090还便宜，但性能提升很多。如果按90000预算，可以配两台单路9950X+5090加一台AMD 9004单路（比如9654），性价比吊打你这个双路。如果追求性价比，一台9950X+双4090（4090D或者5090）和一台AMD 9004单路（比如9654）不会比上面这个差太多。

sun877469558

sobereva 发表于 2025-7-10 23:35
两个单路
别随便换我http://sobereva.com/444推荐配置里的电源。就算有特殊原因拿不到货，也应当改用其它 ...

感谢sob老师回复，那就是两个单路+5090（根据楼下建议），这样不会出现兼容amber24的问题吧？

tonganlhy

sun877469558 发表于 2025-7-11 17:52
感谢sob老师回复，那就是两个单路+5090（根据楼下建议），这样不会出现兼容amber24的问题吧？

如果要上5090，最好调查一下。amber对50系显卡的兼容性可能不是很好。不好的话退而求其次一台4090先顶着，一台5090战未来。

sobereva

sun877469558 发表于 2025-7-11 17:52
感谢sob老师回复，那就是两个单路+5090（根据楼下建议），这样不会出现兼容amber24的问题吧？

AMBER没测过，你可以在官方邮件列表确认下
最主流的动力学程序GROMACS的2025版完全兼容50系

David_R

I have noticed that while performance in GROMACS does depend considerably on CPU clock frequency (as is well documented on these forums), the CPU is not a strong determinant of performance in OpenMM, as most of the calculation is offloaded to GPU. I have no experience with AMBER so I can't comment on how much its performance might be influenced by the CPU vs. GPU.

Nonetheless, this has indicated to me that the choice of MM software might strongly influence the choice of CPU: Higher core-count EPYC CPUs offer better value for money for DFT calculations, while being a viable choice if software for MM calculations runs just as fast with the lower core clock frequencies.

The above is certainly the case for training and inferencing small-to-medium ML models. Within reason, CPU performance isn't particularly important for that.

sun877469558

sobereva 发表于 2025-7-11 22:37
AMBER没测过，你可以在官方邮件列表确认下
最主流的动力学程序GROMACS的2025版完全兼容50系

sob老师，

最终考虑了一下，还是觉得课题组使用的话，双路的可能会好点

CPU：2*AMD EPYC 9654（单颗96核192线程，满载3.55 GHz） 2*14400
主板：技嘉MZ73-LM1  7300
显卡：主板AST2600集显
内存：24*32GB=768GB 镁光/现代/三星DDR5-4800 ECC REG  24*900
固态硬盘1：三星PM9A1 2TB（系统/程序/个人文件盘）  1080
固态硬盘2：致态TiPlus7100 4TB（临时文件盘） 1800
M.2转PCI-E 4.0 4x卡（主板只有一个M.2口）：20
电源：先马XP1200 700
机箱：追风者614PC + 3个普通14 cm机箱风扇  750
散热器：2*金钱豹SP5 4U-M99 6热管双塔双风扇 2*420
键盘鼠标：罗技MK200 有线键鼠套装  80
总价：63000

我在您的这套配置上直接加2块或者4块4090D可以么？

tonganlhy

sun877469558 发表于 2025-7-13 10:59
sob老师，

最终考虑了一下，还是觉得课题组使用的话，双路的可能会好点

如果你要在这个配置上加两个及以上显卡，建议还是找商家配准系统吧。
这个配置加显卡的几个问题：
1.机箱不够大。614pc对于双路都比较紧张，你还要加两张或者4张显卡，难度很大。
2.电源不够大。两个cpu已经800w了，1200都已经有点吃紧。
同泰怡和超微都有准系统的解决方案，你可以咨询一下。

sun877469558

tonganlhy 发表于 2025-7-13 11:27
如果你要在这个配置上加两个及以上显卡，建议还是找商家配准系统吧。
这个配置加显卡的几个问题：
1.机 ...

谢谢您哈

abin

是哪位专家说的，
AMD 9654满载可以3.55GHz？

这不是做梦吗？

David_R

Dual EPYC 9654 should have no problem maintaining max boost clock on all cores. My dual socket 9654QS system runs continuously at 3.5 GHz all-core under load.

David_R

sun877469558 发表于 2025-7-13 10:59
sob老师，

最终考虑了一下，还是觉得课题组使用的话，双路的可能会好点

This motherboard has 4 PCI-e slots, but you can only fit single-slot devices side-by-side in them. There is not an easy solution for installing four graphics cards: you'll need to use risers and install at least some of them externally. I expect that installing two GPUs is possible, provided that there is enough room in the case.

Indeed, adding GPUs will require a more powerful power supply, or perhaps a second one.

alanmei

David_R 发表于 2025-7-13 14:28
Dual EPYC 9654 should have no problem maintaining max boost clock on all cores. My dual socket 9654Q ...

The frequency depends on the software. For different instructions, the same frequency CPU requires different power. For example, SSE is generally considered light-load, while AVX/AVX2 are considered heavy-load. For AVX512 of Zen4, it consumes almost the same power as AVX2.