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[GROMACS] 配体模拟过程中构象不符合预期有没有必要使用元动力学?

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大家好,最近在做环肽配体和蛋白质模拟的时候,发现环肽配体主链上氨基的氢都一致指向环内侧(图一),我认为有些不太合理,有没有什么方法可以让他们像图二一样,元动力学可以吗?

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发表于 Post on 2025-7-31 12:48:10 | 只看该作者 Only view this author
想多了,没什么不合理
柔性体系在MD过程中自发就会遍历各种构象,根本不需要你自己去做什么额外的事,除非有加速采样的目的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-31 18:06:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-31 12:48
想多了,没什么不合理
柔性体系在MD过程中自发就会遍历各种构象,根本不需要你自己去做什么额外的事,除非 ...

好的老师,因为模拟过程中配体总是变换到图一的结构,但是我想计算在图二构象在配体和蛋白的结合能,应该如何操作呢?另外问一下老师Gromacs中级班什么时候举办?

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发表于 Post on 2025-7-31 19:10:22 | 只看该作者 Only view this author
reniiiiuuu 发表于 2025-7-31 18:06
好的老师,因为模拟过程中配体总是变换到图一的结构,但是我想计算在图二构象在配体和蛋白的结合能,应该 ...

动力学的时候加上距离限制势,或者对关键二面角用谐振势强行维持那种构象

根本不存在什么Gromacs中级班,听谁说有中级班?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-1 11:08:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-31 19:10
动力学的时候加上距离限制势,或者对关键二面角用谐振势强行维持那种构象

根本不存在什么Gromacs中级 ...

明白了谢谢老师~我之前上您初级班的时候我记得听您提到过,或许叫进阶班?

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发表于 Post on 2025-8-1 12:52:16 | 只看该作者 Only view this author
reniiiiuuu 发表于 2025-8-1 11:08
明白了谢谢老师~我之前上您初级班的时候我记得听您提到过,或许叫进阶班?

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