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[综合交流] 求助:如何通过量化计算反映一个分子的柔性?

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请教一下各位老师,如何通过量化计算反映一个分子的柔性?具体来说,是看什么参数信息?
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索

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发表于 Post on 2025-6-21 15:25:56 | 只看该作者 Only view this author
个人觉得如果你说的柔性是绕特定轴旋转或是特定面的折叠可以通过柔性扫描之类的去看能垒,或者某个构型变为另一个构型的能垒。其他的分子动力学应该更合适

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-21 15:28:07 | 只看该作者 Only view this author
pal 发表于 2025-6-21 15:25
个人觉得如果你说的柔性是绕特定轴旋转或是特定面的折叠可以通过柔性扫描之类的去看能垒,或者某个构型变为 ...

好的,谢谢您
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索

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发表于 Post on 2025-6-22 07:50:35 | 只看该作者 Only view this author
1 振动分析:低频且大幅运动的模式的存在,暗示具有柔性
2 构象变换势垒:势垒越低,暗示柔性越大
3 动力学模拟:这是最严格的。计算RMSF可以定量对比,多帧叠加显示(看下文示例)可以直观判断
揭示各种新奇的碳环体系的振动特征
http://sobereva.com/578http://bbs.keinsci.com/thread-20919-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-23 11:59:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 gezq 于 2025-6-23 12:03 编辑
sobereva 发表于 2025-6-22 07:50
1 振动分析:低频且大幅运动的模式的存在,暗示具有柔性
2 构象变换势垒:势垒越低,暗示柔性越大
3 动力 ...

好的,谢谢老师。您说的这个势垒,是不是特指其中的自由能垒?(http://sobereva.com/506)
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发表于 Post on 2025-6-24 05:24:21 | 只看该作者 Only view this author
gezq 发表于 2025-6-23 11:59
好的,谢谢老师。您说的这个势垒,是不是特指其中的自由能垒?(http://sobereva.com/506)

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-24 12:42:34 | 只看该作者 Only view this author
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