公社群聊Q&A整理：2016.12.22 20 ~ 2016.12.26 20 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-3-28 12:40:17

本帖由 @978142355 整理

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2016.12.22 19:46:12
Q:
[图片]
A:
贴关键词
Q:
make 这一步出现这个错误是因为？
有人有同样的错误嘛
A:
网不通
Q:
果然[表情]
[表情]
谢谢sob
OA:
感觉gmx的确比以前版本好多了
以前还得先装fftw
OA:
是不是centos算是比较稳定的Linux？
所以培训选择它，其他系统安装是否略有不同
怎么麻烦？不能用yum或者sudo get?
A:
红帽和CentOS界面一样，但是源是收费的，得自己折腾一下用fedora或CentOS免费的源
Q:
又得配置etc下的文件？
A:
CentOS免费而且很正统，适合作为科学计算的平台
Q:
centos和红帽我记得是否是一个公司？
unix是Linux的老祖宗？
那岂不是断红帽的生意？[表情]
问个小白的问题，怎么退出packmol，按esc出现这个，退不出来
[图片]
A:
Ctrl+C
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2016.12.22 21:01:46
Q:
[图片]请问我最后一步解压的时候提示上图的问题，是不是我开始设置的虚拟机的核数或者内存什么的不对啊？最后加压的文件夹也完成了，不知道是不是成功了，上次就是这样安装的时候也会提示上述问题，最终没有成功。
A:
在命令行下通过tar命令解压再试
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2016.12.22 21:11:37
Q:
哪位可以下载维普的论文，能不能帮忙下一篇论文呀
http://xueshu.baidu.com/s?wd=paperuri%3A%28e3b8c87415107cf7df500b7e7cc9b747%29&filter=sc_long_sign&sc_ks_para=q%3D%E7%9C%9F%E2%80%9C%E6%99%B6%E2%80%9D%E4%B8%8D%E6%80%95%E2%80%9C%E7%83%A4%E2%80%9D%E9%AA%8C%204%E6%AC%BE%E8%A1%A8%E6%9D%BF%E8%9C%A1%E5%AF%B9%E6%AF%94%E6%B5%8B%E8%AF%95&sc_us=15927218076090274337&tn=SE_baiduxueshu_c1gjeupa&ie=utf-8
A:
字号不要超过12
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2016.12.22 21:19:00
Q:
老师，老师，我想问一下，我把几个分子放在一起优化，加了opt＝cartesian还是会出现三个原子键角到180度报错，FormBX had a problem.不知该怎么解决我的关键词是这样的#p freq b3lyp/6-311+g(d,p) opt(cartesian,QST3,calcfc)
A:
甭用QST3
Q:
问题说错，是在寻找过渡态的时候，那应该用什么呢
A:
TS
----------------------------------------------------
2016.12.22 21:25:29
Q:
感觉字体突然变粗了
有个warning
[图片]
A:
没事
----------------------------------------------------
2016.12.22 21:38:44
Q:
各位老师长见的极化力场有哪些！cvff算极化力场吗？sob老师
A:
不算
AMBER02、AMOEBA、CHARMM浮动电荷版
Q:
这几个是不是免费软件里都没有？sob老师
A:
AMBER的免费的sander支持amber02
Tinker支持AMOEBA
gromacs支持drude模型描述水的可极化
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2016.12.22 21:47:37
Q:
趁着中午休息装了一个乌班图玩玩，感觉除了界面不错以外，其他都和微软没什么区别
虚拟机的确比双系统方便
以前用双系统，进入Linux还得重启
突然发现只要你的机器给力，虚拟机真是一个神器
A:
就是神器
07、08年那会儿我单核512MB内存的机子还拿虚拟机跑gmx，更别提如今了
对机子根本没什么要求
Q:
[表情]大博士，乌班图开源界面友好，大有排挤微软的意思，怎么没见到民间有什么反应？
A:
没有什么排挤只说，反倒最新的win10已经把ubuntu直接纳入进去了
----------------------------------------------------
2016.12.22 21:55:04
Q:
按教程做了一遍，600个氨基酸38ns /天的速度，是什么水平啊
A:
正常
Q:
嗯
没有嫌慢，之前没用过动力学，没参照，所以来问下一般速度是多少/卖萌
GPU能到多少ns/天啊
一打
刚出来的特斯拉P100，不知道多少钱
网上只搜到了k80的价格
A:
买个2000来块钱的GTX1070，或更好的1080足矣
买tesla跑gmx纯粹有钱没处花
Q:
/笑哭偷偷献丑下，我们之前跑动力学不会跑，还送公司的。3000元跑一下。他们也是泰坦
A:
同样规格的tesla价格比geforce贵N倍，但跑gmx性能根本没区别
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2016.12.22 22:00:18
Q:
老师您好，我现在找过渡态，经常会出现error in internal coordinate system 的错误，我也用了cartesian关键字，但还是不好使
请问需要调初始结构吗
A:
关键词根本没用对
用对了cartesian根本就不可能出现这个提示
Q:
那应该怎么办
A:
# B3LYP/6-31G* opt(TS,calcfc,noeigen,cartesian)能出现那个才怪
Q:
好的老师，我再试试看
我用的是QST3，所以才会这样吗
A:
不都说了甭用QST3
Q:
[图片]
A:
QST3就是个垃圾
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2016.12.22 22:16:51
Q:
适用体系不同
GMX几乎适用于所有体系，Amber适用于生物体系
A:
否
gmx能跑的amber基本都能跑，适用体系没区别
gmx速度是所有MD程序中最快的，没有之一
Q:
那amber还好意思收费
支持的力场形式可能会有不同把？
A:
amber高级功能比gmx多，但大多很少用得上
amber已经几乎免费了
Q:
[表情]
A:
就一个PMEMD收费
Q:
酱紫
MoDaR这个软件大博士也推荐过
是做什么的
A:
不算推荐，只是提一下有这么个东西
Q:
话说我们一起报名的几个都没啥基础，上课能跟上吗？
A:
能
Q:
[表情]
A:
难的主要到以后高级班才讲
本次以基础为主
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2016.12.22 22:31:01
Q:
自学跑了个，产生256G的文件。。。我们实验室服务器才8T硬盘
这个正常吗
A:
轨迹保存频率太高了
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2016.12.22 22:34:04
Q:
老师，我在用TS求过渡态的时候遇到了Error termination request processed by link 9999，我尝试将log文件转到gjf文件计算了好几次，每次都是进行几步就不算了，这该怎么办
A:
如果没加noeigen加上
Q:
还要继续算吗
那种加循环步数的完全买有效果
没有
A:
按我前面贴的关键词写
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2016.12.22 22:34:40
Q:
virtualbox与vmware相比，哪个更好？
A:
vmware是王道
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2016.12.22 22:50:24
Q:
[图片]这里把虚拟机位置设在了C盘，那么这不就和Win7在一个盘里了么？我C盘才48G两个都放在C盘合适么？我把D盘里面的东西都收拾到E盘了，能不能将虚拟机安装在D盘？求指导
[图片]sob老师选的是4G是因为他的电脑配置是4g?我电脑内存是2G的是不是设成2G？虚拟机设置成内存上限会不会导致与win7运行有矛盾？@卖萌君
[图片]
那就设成2GB或者小一点，不能太低了
A:
给虚拟机分配1GB，2核
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2016.12.22 23:05:28
Q:
文献求助：http://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1002/slct.201601230/full
谢谢大家
A:
字号不得超过12！
进去自行下载http://gen.lib.rus.ec/scimag/index.php?s=10.1002%2Fslct.201601230&journalid=&v=&i=&p=&redirect=1
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2016.12.22 23:05:55
Q:
[图片]用这个公式怎么计算分子在溶剂中的结合能，跑完MD的能量是溶剂和二聚体总能量
sob老师，给我说说我的问题哦，
A:
就用溶剂下单点求差就完了
Q:
把跑完的结构抠出来做单点，还是把和溶剂一起做单点，不会搞
A:
用优化后的结构带着scrf算个单点不就完了
----------------------------------------------------
2016.12.22 23:19:40
Q:
[图片] 安装Centos出现这个提示，怎么选啊老师
A:
确定
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2016.12.22 23:41:04
Q:
老师，我想问一下在AIM分析中，键极值点（BCP）处的电子密度表示键的强弱，那拉普拉斯电子密度（Laplacian of the electron density）表示什么物理意义呢？是表示极值点处，盆分析那个曲面的曲率吗？
A:
那叫键临界点
只有同类键才跟强弱有一定关系
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
AIM学习资料和重要文献合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
----------------------------------------------------
2016.12.22 23:42:44
Q:
老师打扰了，用b97d和b3lyp方法算金属体系，哪一个好一点啊？
A:
不一定
Q:
大家普遍都用哪个方法呢老师
A:
如今不需要知道有B97D存在的必要
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
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2016.12.22 23:59:54
Q:
Sob老师，我在寻找过渡态时，输出文件出现 Error in internal coordinate system，然后我在opt中加上了cartesian,但还是出现这个报错，该怎么处理？我的初始构型是完全按着文献中的数据来构造的[图片][图片]，谢谢！
A:
上传输出文件
----------------------------------------------------
2016.12.23 00:31:35
Q:
[图片]
各位老师，请问这是啥情况啊
[表情]
A:
gmx genconf
Q:
[图片]
能否帮忙查下是否文件大小不对啊？win解压也出错了
[表情]好
A:
一开始就没弄对
[图片]
Q:
[图片]
重新下载了还是这样[表情]
A:
到linux里面再解压
----------------------------------------------------
2016.12.23 01:13:07
Q:
Sob老师，您好，我想问一下使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道，[图片]的设置有什么依据吗
A:
图像怎么好看怎么设
Q:
isovalue越小轨道越重叠，越大轨道不重叠
那是重叠还是不重叠怎么判断呢
A:
本来就没有重不重叠之说，只是重叠程度的问题
考虑两个高斯函数埃一起放置的情况
Q:
是的，我做这个图想说明一下电荷往反键上转移情况
还有绿色代表正值，黄绿也是正值，怎么可能整整重叠呢
A:
你要想表现重叠特征就调成能看得出重叠的数值不就完了
Q:
[图片]
A:
简谈NBO间的相对相位问题
http://sobereva.com/191
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2016.12.23 02:52:33
Q:
gromacs高级班李可会讲怎么修改gmx程序？
A:
待定
gmx越搞越复杂
Q:
新功能越来越多？
做聚合物能否用gmx呢？
聚合物与固体界面什么的
A:
聚合物到高级班会讲，可以用gmx
Q:
那多谢，看来可以抛开forcite了
A:
但没forcite那么自动化，还得自己改力场文件、弄参数才行。但好处是速度快得多得多
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2016.12.23 03:39:20
Q:
gmx namd amber最快的就是gmx吧
A:
y
gmx的速度被优化到牙齿
效率是gmx开发者最敏感的
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2016.12.23 03:49:57
Q:
老师，请问gmx有没有测试文件？已经装备完毕，想试一下能使用不
A:
http://manual.gromacs.org/documentation/2016.1/index.html
上面regression tests
只要按教程装的就肯定能用，不需要测试
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2016.12.23 05:36:33
Q:
求上述VMD问题相关[表情]
[图片]生成轨道波函数格点文件并用VMD绘图，这个原子符号怎么显示出来呢
A:
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/19
你对每个体系都设定isosurface显示方式不就完了，设谁才显示谁
----------------------------------------------------
2016.12.23 16:20:00
Q:
sob 老师，在 VMD 中那个标签 step 是什么意思（在下图）？输入的文件是高斯的 .cube 的文件。如果 step 从 1 开始，那么窗口中参考分子会被全部包裹，如果那个值调大，比如8，就变成了图中所示的。我困惑的是：1，那个 step 是开始计帧的开始步数，or 2，计帧的间隔？谢谢老师~
[图片]
A:
1代表cube里每个数据点都考虑，设n就是每n个点只算其中一个，显示速度更快但图像显然更糙
Q:
老师问题，我想绘制一张关于 spatial distribution function （空间分布）图，效果图如下：[图片]
那也就是说我可以那样子调节步数？
A:
甭调
Q:
[图片]老师，如果不调节的话，图片就变成这样了，即使用线框格式显示也不太好看。我主要是通过这张图想说明一下 pi-pi 堆积效应，如果调节的话，能不能用来说明问题，就是只抓些关键点？
A:
调得越大图像效果越烂！
1还粗糙说明用spatial命令的时候格点间隔就太大
Q:
我输入文件的时候，有考虑到平滑，我想我大概明白了，谢谢老师。另外一个就是，那个参考图片中的数字: 2.4*10-8 pm-3 代表的是什么意思？体积元吗？
A:
等值面数值。是数密度单位
Q:
每个后边都附有数字，[图片]
明白了，谢谢老师！老师我再问一个问题啊，我看文献，看到分子二面角有两种表达方式，一种是角度，力常熟；另一种是角度，傅里叶转换数值（共有四个）。请问老师，他们是怎么转化的？有没有什么软件？谢谢老师
A:
二面角函数形式多了
角度+力常数，这一般仅是对于improper项才这么定义
傅里叶形式二面角项是描述周期性扭转势
这两种不可能转换
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2016.12.23 17:21:58
Q:
VMware Workstation有新版本12.5.2，是否有更新的必要呀各位大大？
A:
没必要
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2016.12.23 17:32:17
Q:
老师好，我看一个文献说ONIOM模型，他分了两层，然后high层用b3lyp/6-31g*做，low层用pm6做，我这样写对不对？
# ONIOM(b3lyp/6-31g(d):pm6)=Embedcharge geom=connectivity opt
但是这样计算出错，
| There are 1740 symmetry adapted cartesian basis functions of A symmetry.
There are 1728 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
1728 basis functions, 10440 primitive gaussians, 1740 cartesian basis functions
864 alpha electrons 864 beta electrons
nuclear repulsion energy 74509.1765489456 Hartrees.
Integral buffers will be 131072 words long.
Regular integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
Do NDO
integrals.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis= 1728 RedAO= F EigKep= 0.00D+00 NBF= 1728
NBsUse= 1728 1.00D-04 EigRej= 0.00D+00 NBFU= 1728
Nonelectrostatic core Hamiltonian diagonalized for initial guess.
我记得咱们不是low用力场描述吗，如果按照他的想法，应该怎么写表头呢？谢谢指点。
老师好，我看一个文献说ONIOM模型，他分了两层，然后high层用b3lyp/6-31g*做，low层用pm6做，我这样写对不对？
# ONIOM(b3lyp/6-31g(d):pm6)=Embedcharge geom=connectivity opt
但是这样计算出错，
| There are 1740 symmetry adapted cartesian basis functions of A symmetry.
There are 1728 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
1728 basis functions, 10440 primitive gaussians, 1740 cartesian basis functions
864 alpha electrons 864 beta electrons
nuclear repulsion energy 74509.1765489456 Hartrees.
Integral buffers will be 131072 words long.
Regular integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
Do NDO integrals.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis= 1728 RedAO= F EigKep= 0.00D+00 NBF= 1728
NBsUse= 1728 1.00D-04 EigRej= 0.00D+00 NBFU= 1728
Nonelectrostatic core Hamiltonian diagonalized for initial guess.
我记得咱们不是low用力场描述吗，如果按照他的想法，应该怎么写表头呢？谢谢指点。
A:
去掉Embedcharge
Q:
为啥呢？这不是QM和MM结合的嵌入方式吗？
也就是，low层采用力场的时候，才写这个嵌入方式。
如果是pm6这种半经验优化的时候，不写嵌入方式吗？
谢谢sob老师指点。
A:
low用半经验哪来的电子嵌入
手册写得很明确
[图片]
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2016.12.23 19:04:18
Q:
请问一下各位老师，为啥我优化过程中一个平面分子的一直收敛不了，我试过改键长和二面角了，都不行，还是回到原来的结构上
[图片]
这是关键词
那怎么办？
我原来不是弄的是平面的，我弄的是类似于NH3分子的构型的，结果一优化就跑平面去了
A:
平面的如果没虚频就说明平面是稳定结构
Q:
那现在我想要得到他的能量，但是一直不收敛，那该怎么办？
A:
本来就难收敛还tight
Q:
那您的意思就是说可以把收敛标准降低一下？
A:
用默认的就完了
M06/6-311G** opt freq足矣
一开始就把结构摆成平面的，判断出对称性更容易收敛
----------------------------------------------------
2016.12.23 19:22:48
Q:
不知道multifn支不支持自定义格式，不然你可以写个脚本把关键光谱信息弄出来转换成multiwfn支持的格式
A:
支持
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.23 19:29:05
Q:
[图片]看紫外吸收谱时总是闪退是什么原因啊？
A:
输入文件不对
Q:
.fch?
A:
当然不是
手册里、博文里都说了要用输出文件
Q:
但是在高斯里面能打开啊
A:
你把.fch载入到gview能看到光谱？不可能！
Q:
out文件
A:
到底用的什么
Q:
在GV中用的是OUT
A:
不会就看博文和手册，例子超级详细
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2016.12.23 19:31:43
Q:
[图片]态特定溶剂化的关键词G09手册给出的，老师垂直吸收和发射相应的计算这个对吗
这个是发射的
吸收的打错了
A:
甭看手册例子，看这个
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
没这个限制
----------------------------------------------------
2016.12.23 19:34:23
Q:
sob老师，在做adndp时，每次只能最多输出六条轨道吗？
我输入了九条轨道的相应序号，但每次只能出来六条
以前做过一回，没有这样的问题
我再尝试几次，看看到底怎么回事
A:
博文里写得很清楚
----------------------------------------------------
2016.12.23 20:51:40
Q:
[图片]
老师这种问题如何解决
A:
看之前聊天记录，把BIOS里的虚拟化设置打开
----------------------------------------------------
2016.12.23 21:49:46
Q:
我刚才问了Q-chem的中国代理技术支持，告知Q-chem还不能计算手性光谱，郁闷了！
难怪，我每次用multiwfn打开Q-chem的out文件，选了11还是可以的，到了4的时候就直接闪退了，原来是没有相应的数据。
A:
本来Multiwfn就不支持Q-Chem的输出格式
Q:
ok，我知道了
A:
直接支持的只有Gaussian、ORCA、sTDA，其它程序都得自行写脚本之类转化成Multiwfn能认的标准格式
----------------------------------------------------
2016.12.23 21:55:40
Q:
老师，请问在我计算的一个体系中，C-H键的拉普拉斯键级比O-H键要大（大0.3左右）是否意味着C-H键强度比O-H键强？
A:
不
O-H极性明显大于C-H，所以必然拉普拉斯键级更小
不同类型键之间（除非两个原子元素相同）没法用键级比较强弱。必须算键能来衡量
----------------------------------------------------
2016.12.23 22:00:04
Q:
用优化出的T1结构分别在多重度为一和三时算能量，结果多重度为一时能量更低，这个怎么理解？这个能量读的是输出文件最后的HF=这里的
A:
很正常啊
即是说T1极小点结构下S0还是低于T1态能量
----------------------------------------------------
2016.12.23 23:15:30
Q:
请教大家个问题：溶剂A能从混合溶液中把溶剂B萃取出来，主要是因为两个分子之间的氢键作用；如果想证明这个机理，把A和B两个分子直接放在一起用Gaussian计算其弱相互作用，然后看它们之间有没有形成氢键，这样合理吗？或者有什么其他的办法吗？谢谢大家了！
A:
能一定程度上说明
从量化角度，严格考虑得考虑B和A的结合能自由与A和原溶剂的结合能的差，自由能降低才能证明
更严格的考虑，是做分子动力学模拟
----------------------------------------------------
2016.12.23 23:47:43
Q:
[图片]请问一下这个问题怎么解决啊
A:
[图片]
Q:
我就是在重新进入shell的时候使环境变量生效那里有问题[图片]
A:
明显没用幻灯片里说的chmod
----------------------------------------------------
2016.12.23 23:55:58
Q:
opt=(TS,modRedundant,noeigen) 老师我有一个问题，您说激发态找过渡态用这个关键词比较划得来，请问modRedundant 在这里怎么定义冗余坐标呢？
如果我找到一个初猜后，想找这个键形成和断裂的过渡态。是把这个键的两个原子的冗余坐标冻结吗？
A:
写了这个就完了，不用定义冗余内坐标
----------------------------------------------------
2016.12.24 00:07:48
Q:
MOPAC 这个程序好用吗？
7000个原子的体系，MOPAC 算得动吗？
A:
能
Q:
[表情]
能用GPU加速吗?
A:
支持，但效果平平
----------------------------------------------------
2016.12.24 00:24:44
Q:
[图片]请问老师们，这个怎么算呢
A:
完全没有能入目的简单易懂的中文DFT书
Q:
[图片]请问老师们，这个怎么算呢[表情]
A:
束缚态怎么定义的，什么体系都得说明白
Q:
这种一两句话没办法讲清楚的最好还是去论坛开帖
A:
无论在哪问，把问题交代清楚是前提
----------------------------------------------------
2016.12.24 00:41:05
Q:
请问老师，ccsd和ccsd(t)在计算单点能时除了在精度上还有其他什么区别么？
A:
没前提没法说
字号不要超过12
耗时、资源使用量
Q:
为什么有时候用后者会报错，而前者不会呢老师
同样的体系
A:
看提示
Q:
同样体系我用后者报错502而前者正常结束~但只有一个原子，如何能出现502的错误呢老师
A:
字号不得超过12！！！
Q:
愿闻其详~
您如何知道我用不到呢~
您说的是高斯默认的那个8次方
A:
不存在其它设定完全相同，CCSD(T) 502报错而CCSD不报502错的可能
Q:
弱弱问一句，老师，这四个高斯的bug么
A:
是你不会用，还赖程序
Q:
是是是
自然是我不会用
可我想弄明白
A:
说不清楚就把输入输出文件全传上来
否则你都没法正确合理描述清楚你的问题
Q:
好吧
A:
[图片]
Q:
好的
[图片]
输入文件
A:
输出文件传上来
Q:
好
A:
传上来!=贴出来
Q:
那个direct完全没必要写
默认的就是
A:
内存足够大的时候会自动用incore
即曰：写了有害无益
Q:
嗯嗯
lanl2dz本身就有，没必要gen
scf收敛限放宽了？
A:
# CCSD(T)/lanl2DZ就完了
Q:
我用g09E01算了一下，确实不收敛
A:
#P ccsd(T)/lanl2DZ
[图片]
Q:
用b3lyp可以，
HF/lanl2dz不可以
换成core立马收敛
guess=core
Amesp也有这个尿性。
A:
# CCSD(T)或HF结合lanl2DZ默认就能收敛
Q:
单个原子core比harris很容易
尤其是过渡金属
可以了，。我加了nosymm的原因。
迭代了98次
core的话15次
不在于这个体系，我就想知道这两个方法到底是差在哪了
harris泛函求原子密度的时候没有SCF过程做的那么好
导致初猜还不如core合理
----------------------------------------------------
2016.12.24 00:44:21
Q:
范德瓦尔斯体系，一个稀有气体原子和一个非线性三原子分子，
A:
弄清楚那几个坐标具体怎么定义的，自己写个程序统计
----------------------------------------------------
2016.12.24 00:53:37
Q:
[图片]
老师ts报了l999错误怎么办
A:
看结构变化，如果末尾跑邪乎了重新调整TS初猜。如果并非如此，看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2016.12.24 01:06:00
Q:
[emoji]不在于这个体系，我就想知道这两个方法到底是差在哪了
A:
# CCSD(T)/lanl2DZ和# CCSD/lanl2DZ都一样能正常算完。先把垃圾关键词都去了，还报错上传输出文件
----------------------------------------------------
2016.12.24 01:11:38
Q:
各位老师好！我想请教个问题：
我计算的体系中含有溴离子，溶剂是环氧化苯乙烷（styrene oxide），但是在网上查不到这个溶剂的介电常数。请问各位老师，如果我要计算反应的势垒，能否在气相中优化计算？如果不能，应当用什么溶剂能得到比较好的结果？（溴离子在气相中，和在H2O中的能量相差约67kcal/mol）体系为343K，5 atm。
谢谢！
计算Gibbs自由能所用的方法：M06-2X/6-311G(d,p)
A:
从化学直觉上找个和环氧化苯乙烷最相近的介电常数作为近似，起码比你在气相下计算强得多。
或者如果愿意折腾，自己跑分子动力学来计算介电常数
----------------------------------------------------
2016.12.24 01:13:33
Q:
老师，您好，NBO里面可以算键能吗？
A:
八竿子打不着
----------------------------------------------------
2016.12.24 01:19:53
Q:
请教如何用Multiwfn绘制截面的静电势图
A:
看手册4.4节各种绘制平面图的例子
----------------------------------------------------
2016.12.24 01:49:57
Q:
我的画风为什么和教程上的不一样？为什么没有应用程序？并没有火狐浏览器，要自己安装？
A:
因为没严格按教程操作，没有其它可能
Q:
。。。卸载重新来一遍？
弄一下午了
A:
绝对是选择安装组件的时候和视频里不一样
Q:
我要重新安装，把之前的虚拟机删了就行吧？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.12.24 01:55:03
Q:
今天面试了一个四流高校
感觉气氛还行
在211待不下去了[表情]
OA:
[表情]四流高校
Q:
看到论坛里面sob的回复，坚定了自己的感受
OA:
的确是四流
蚌埠学院
你是老师？
Q:
考核很轻松，三年考核一次
是的
OA:
想跳槽？
Q:
我僵尸
是的
老婆孩子在蚌埠
良禽择木而栖
也许sob说的对，静下心说不定能做到好东西
每年为了考核搞垃圾文章
我受够了
我也不是什么良禽
就是一个水货讲师
OA:
不对
目前在哪，方便说嘛
Q:
安徽大学
能力有限，感觉待不下去了
压力好大
OA:
安大是211？
Q:
是的
OA:
恕我无知
Q:
是211
这些我都无所谓
我活的好累
在211里
嗯，去吧，后悔了再换呵呵
没有基金在211里好难混
有时候长失眠
等孩子大点再说
OA:
用不到孩子大你就会后悔的
Q:
没啥后悔的，人过一辈子，怎么都是后悔
你爱过的人，你错过的人
呵呵
但是你也可以不用后悔，想开了就行，怎么都是一辈子，做了科研这行，还是努力做点好的
哎，不说了，各位继续讨论[表情]
A:
所在单位名气对真心搞科研的人来说完全就是浮云
文章投国外，审稿人也不管是天朝哪个单位的
Q:
我经历过车祸，对功名利禄看的比较淡，只是周围有时候别人的话让自己难受罢了
A:
哪舒服哪适合自己去哪就行了
Q:
大博士肯定现在是最舒服的
A:
虽然每日都忙，永远有干不完的事，但比呆在高校舒服，时间完全自由支配
----------------------------------------------------
2016.12.24 02:37:22
Q:
双核32位的能安装这些软件吗
A:
双核CPU没有只支持32位的
如果是32位windows系统则不能用教程里的系统，CentOS7.2目前貌似只有64位版，如果装老版本CentOS倒是有32bit的，但安装软件过程可能需要适当折腾一下
----------------------------------------------------
2016.12.24 04:37:10
Q:
老师 pop=nbo 二阶微扰[图片][图片]在输出文件中能看到F（i,j) 那么qi εi , εj是哪一项怎么找到这些值
A:
仔细看输出文件，有NBO轨道能量
q根据特定公式计算
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2016.12.24 06:02:17
Q:
请教大神，Multiwfn绘制等势面截面，默认是在0.001电子密度绘制vdWsurface，我想显示0.002电子密度的怎么设置呢@Sobereva
A:
说清楚你的当前操作过程，完全不知道你怎么操作的
----------------------------------------------------
2016.12.24 13:01:22
Q:
请教个问题 [图片] 为什么除以根下 n的阶乘不是除以n的阶乘，谢谢
A:
<psi|psi>时候根号就消了
----------------------------------------------------
2016.12.24 17:01:56
Q:
在什么条件下可获得精确的非相对论极限能量值
A:
Full CI/CBS
Q:
用这种方法可以获得精确的非相对论极限能量值么？
A:
何必多问一遍
----------------------------------------------------
2016.12.24 17:31:07
Q:
老师好，我是Quantum ESPRESSO 用户。请问有没有什么办法把QE波函数数据格式转换成Multiwfn可读入的格式？
A:
没有
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2016.12.24 18:11:58
Q:
老师您好，我想计算OH自由基高阶的校正，用UCCSDT（Q)/cc-pVDZ计算的能量是-75.3999254，用UCCSD(T)/cc-p-VDZ计算得到的能量是-75.5592538. 用的是molpro，ccsdt(q)用Kállay的mrcc code. 请问为什么ccsdt(q)的能量反而更高呢？计算其他分子的T(Q)校正时并没有这个问题。OH自由基需要设定什么别的参数吗？谢谢各位
A:
怀疑是算的电子态不对应
----------------------------------------------------
2016.12.24 19:14:55
Q:
老师，有可能算出来产物的能量比吸附态的能量高，这个反应路径行的通吗
[图片]
A:
如果用的自由能，此情况表示难发生
Q:
好的，谢谢老师
老师，对于自由能的算法我还是不太懂，是直接用freq任务输出四个能量，您的博文里说的ABCD，然后A即是在ZPE校正因子下得到ZPE，D-C即是在熵校正因子下得到-T*S，C-A即是在ΔH校正因子下得到ΔH，这三个量再加上高精度方法算的电子能量E，就得到了自由能G=E+ZPE+ΔH-T*S是吗
不需要前面的校正因子的用法吧？
[图片]
A:
什么叫不需要
不都写着要在相应的频率校正因子下计算相应的项目
Q:
可是这只写了scale=，并没有说是哪个校正因子？
[图片]
A:
仔细看博文
如果没有能力去理解博文所讲内容，就甭管校正因子，直接取中等级别opt freq得到的自由能的热校正量加到高级别的单点上就完了。
Q:
[图片]
老师自由能校正量是第四个吗？
我之前用第二个算的是结果吸附能是正的/冷汗
A:
y
Q:
好的，非常感谢老师
老师，用第四个Thermal correction to Gibbs Free Energy算也是吸附能正的，解析能是负的/冷汗
A:
什么解析能，不要乱编词
Q:
哦哦
不是产物从催化剂上解析下去吗
为什么吸附能老是正的呢，我用高级别单点加上零点能校正吸附能是负的，可是很小，能垒很高，产物能高于吸附态能量，我的这个过渡态跑IRC正确，为什么能量一直不对，老师能帮忙分析一下吗
A:
模型构建得不合理
计算级别不合理
忽略了其它问题诸如溶剂环境
和实验没可比性
计算流程不合理
等等...
----------------------------------------------------
2016.12.24 19:35:12
Q:
[图片]使用molpro寻找圆锥交叉点，用小基组先找到，再换到大基组读入原来的波函结构优化梯度就算不出来了是为什么呢
A:
直接拿小基组最后的结构用大基组做
----------------------------------------------------
2016.12.24 20:04:15
Q:
社长，我用b3lyp/def2tzvp找过渡态，通过振动分析和irc，结果比较合理，但是用G4方法计算b3lyp得到的过渡态时，频率分析显示该结构无虚频了，请问社长，这是怎么一回事呢
A:
甭用G4
其中几何优化的级别不会比你当前用的更好
而且直接用G4会优化到极小点而不是过渡态
----------------------------------------------------
2016.12.24 20:05:59
Q:
请教一下老师,为什么用ORCA算的频率全是负的
A:
没充分优化之类
----------------------------------------------------
2016.12.24 20:07:40
Q:
高斯计算是不是都默认为气相分子，0K下反应，需要设置温度吗，还是只有算自由能的时候考虑温度
A:
算热力学数据时默认是理想气体常温常压
----------------------------------------------------
2016.12.24 20:10:46
Q:
社长，还想请问一下，b3lyp方法，m06-2x方法，分别用def2qzvp和def2qzvpp计算能量，结果确是一样的，这该何解呢/呲牙
A:
对大多数元素P和PP的定义是一样的
----------------------------------------------------
2016.12.24 21:21:26
Q:
[图片]请问一下，源码编译Multiwfn出现这个错误是什么原因造成的？我按照里面的Complication method.txt，装了那里所说的库，是不是还是漏掉了什么库？
A:
如果你正确安装了openmotif，不应该有这种提示
----------------------------------------------------
2016.12.24 21:53:06
Q:
老师，氧气有两个单电子，自旋多重度为3。那么我对一个自旋多重度为1的分子吸附氧气形成的复合物使用gaussian进行计算，是否也应将自旋多重度设为3？
A:
1和3都算，谁低取谁
----------------------------------------------------
2016.12.24 22:35:57
Q:
请问：波函数的类型一般如何选择啊：The Restricted, Unrestricted, and Restricted-Open selections prepend R, U and RO to the method keyword 。算有机物的话
有人还在工作吗？
A:
[图片]
对于高斯，除非算双自由基的情况，否则甭写RO、R、U，直接用程序默认的
----------------------------------------------------
2016.12.24 22:40:57
Q:
老师，请问我对与氧气发生相互作用的复合物优化也是1和3都算，最后哪个得到的结构能量低，取谁?
A:
当然取低的
----------------------------------------------------
2016.12.24 22:49:30
Q:
sorry，才回复两位老师。sob老师我直接yum了openmotif[图片]，钟老师我直接yum了motif-devel.x86_64[图片]，但是却出现了这个错误[图片]
A:
CentOS7下编译没试过，反正6.x肯定行
----------------------------------------------------
2016.12.24 23:52:00
Q:
请问Multiwfn可以画电荷密度图吗？
Normal Mode Wavenumber (cm-1)请问各位老师这个值是指的是？
A:
可
曲线图、平面图、等值面图的绘制例子分别看手册4.3、4.4、4.5节
就是某个分子振动模式的波数
----------------------------------------------------
2016.12.24 23:52:00
Q:
分子振动模式的波数在哪里可以看到呢老师
A:
做freq任务，输出文件里就有，或者在gv的results-vibrations里看
Q:
[图片] 这个？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.12.25 00:24:52
Q:
,老师您好。下图是我运行gaussian计算FC模拟激发态振动光谱出错信息，还是头一次见到这个情况，请老师帮忙分析一下这可能是什么原因呢？谢谢
[图片]
我那两个态的计算都是正常结束且没有虚频
这是输入文件
[图片]
A:
直接写明坐标甭从chk读再试
----------------------------------------------------
2016.12.25 01:19:24
Q:
请问做IRC以后用最后一步优化中间体优化过程在第一个平台那里是不是已经收敛了有没有可能那个就是所要的中间体呢谢谢！[图片]
是因为ts吗？可是IRC的能量挺正常啊。。。
不是啊是单向的
单边嘻嘻
我是用的最后一个点继续优化的但是能量就是像我发的图那样
A:
如果你用非常严谨的opt(calcall,maxstep=5,notrust)来优化IRC末尾那个点，最后还是得到如图的优化曲线，说明IRC末尾的点离实际极小点还差得远
Q:
我感觉前面是不是已经收敛了
%mem=800MW
#p irc=(calcfc,forward,maxpoints=20) b3lyp/gen pseudo=read
scrf=(cpcm,solvent=dichloroethane,read)
输入文件
而且计算频率振动方向只是氢转移但是如果按照刚刚优化的路径看除了氢转移还有一个成断键。。。所以我想第一个瘦脸的地方会不会是中间体。。。
A:
这种情况不叫中间体，只能算是一个完整的IRC中的一个stage，往往是由于整个反应由多个阶段构成所产生的。
如果你走IRC的时候把步长设大点，没准能一下子给你走到你优化出的极小点附近
Q:
对有的步长够大就直接到了最小点我在研究一下谢谢老师！
[图片]
A:
用Multiwfn算个Mayer键级一看就知道了
哪个稳定一比较能量就知道了
----------------------------------------------------
2016.12.25 02:11:35
Q:
我在 mac 上装上了5.1的旧版本，好像是可以用的。培训时可以用这个版本吗？
A:
可以
Q:
恩
[图片]
服务器上，安装后这儿显示 disabled 会有影响么？我的笔记本上按百度云上教程装是显示 enabled
A:
没事
----------------------------------------------------
2016.12.25 02:47:35
Q:
老师，我刚刚按照您说的，直接写明坐标，进行频率分析、FC计算(即freq=FC)，还是出现了这个情况。
[图片]
A:
贴关键词
Q:
[图片]
这是我的输入文件
A:
估计是CIS.chk的问题，和当前体系不对应之类
Q:
另外还有个情况，我尝试用FC-LAB II软件进行FC分析，提示错误
[图片]
A:
小众向程序直接问作者
Q:
这是我的坐标定义问题吗？我把两个态的原始输入文件给您发过去，麻烦您帮我打开看一下~~
A:
没时间看，巨忙
----------------------------------------------------
2016.12.25 03:18:03
Q:
为啥我不能在根目录建文件夹，mkdir也不行。。。我已经按照教程安了四回了0(:3　)～
A:
用root账户没有？
Q:
没吧？不懂啊
A:
仔细对照视频
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.25 03:22:26
Q:
请问sob老师，g09E01是否支持B2PLYP的td计算？我看您的帖子里写“目前只有ORCA支持双杂化泛函以CIS(D)形式作TDDFT计算”，不太清楚是什么意思，能否解释一下，谢谢！@Sobereva
A:
不支持
Q:
好的，谢谢老师，那如果计算弱相互作用的团簇，使用G09哪种TDDFT方法比较好呢？@Sobereva
A:
M06-2X或wB97XD
Q:
那M06-2X-D3 和 B3LYP-D3(BJ)的 td也都不支持吗？
A:
支持
Q:
好的谢谢老师那后两种方法计算作用能是不是更精确一些 @Sobereva
A:
B3LYP-D3(BJ)没必然性比其它的更准
----------------------------------------------------
2016.12.25 03:37:54
Q:
请问安装Linux系统时，有两块硬盘（120G固态硬盘+1T机械硬盘），该如何分区？内存是64G
A:
看你具体怎么用
Q:
只算高斯
A:
随意决定，把固态硬盘挂载到常用的分区就完了，别浪费掉
----------------------------------------------------
2016.12.25 04:18:55
Q:
sob老师，我想对高斯例子780那个双核Fe化合物各种自旋态先做优化再算单点，优化的时候最低保级别应该用什么算法？基组是不是最低也得是6-31g*？
我用 i5四核，8g内存的笔记本在虚拟机Linux系统里用E01版本算。
A:
6-31g* + lanl2DZ
Q:
收到，sob老师。优化的时候算法最低要用哪种？
A:
[emoji]
如果你指理论方法，B3LYP或BP86
Q:
谢谢老师
老师，为什么Fe用赝势基组，而不是也用6-31g* ？
A:
贵呗
----------------------------------------------------
2016.12.25 06:32:48
Q:
请问：1）chelpg，ESP这两种电荷和常见的muliken，NPA电荷的关系是并列的吗？ 2）前二者和dreiding（或compass力场）搭配使用计算有机晶体，是ESP好还是chelpg好？谢谢！
A:
ESP电荷是指一大类，RESP、CHELPG、MK等拟合静电势电荷都属于这类。CHELPG、Mulliken、NPA电荷是并列的。
----------------------------------------------------
2016.12.25 06:42:59
Q:
sob老师您好，有一个问题想向您请教，对于混合溶剂，在高斯计算中如何进行设置呢？这个混合溶剂是水：乙腈=7：3，我在您的博文中看到过说处理方法是将几种溶剂分子的eps和epsinf按照体积比例进行混合定义，您的意思是在scrf里写solvent=generic,read，然后输入文件末尾空一行对溶剂信息进行定义，比如solventname=water,acetonitrile
eps=0.7*78.3553+0.3*35.688。不知这样处理正确吗？谢谢sob老师
非常抱歉，又来打扰您，还有一个问题想向您请教，在介电常数设置时，静态介电常数eps我在高斯手册中可以查到，可是动态介电常数有没有可供查询的数据库呢，方便告诉一下吗？谢谢您@卖萌君
哦哦～好的，谢谢您哈，我再去查一下，谢谢您
A:
对弱极性溶剂用折射率的平方作为近似。对于不依赖于动态介电常数的属性诸如振动频率随便设个值就完了
----------------------------------------------------
2016.12.25 13:14:40
Q:
为什么密度泛函喜欢用高斯,ccsdt用molpro呢?密度泛函也用molpro有什么不好吗??
A:
高斯根本就不支持CCSDT
Q:
对不住,说错了
CCSD(t)
我想问的是molpro做密度泛函计算劣势是什么
为什么很多都不用
A:
(T)不应写成(t)。
因为并不比高斯快，高斯支持的泛函更多，而且支持到三阶解析导数，输入文件更好写、可视化更方便，高斯还明显更便宜。而且凡是高斯能做得很好的任务，易用性、稳定性等方面都比其它绝大多数其它程序要强
只有高斯做不好的事情，才有必要用其它程序代替
高斯做CCSD(T)已然很不错，只不过molpro这方面更快
----------------------------------------------------
2016.12.25 17:04:50
Q:
请教sob老师如何让高斯算三阶导
A:
说清楚什么对什么的三阶导
Q:
能量对坐标的
我之前想用没找到
A:
非谐振计算时就能产生
Q:
nr=3
A:
要么自行把freq给的Hessian再对某个坐标做一阶有限差分
----------------------------------------------------
2016.12.25 17:10:15
Q:
老师，您好，我想优化一个分子的特定S2态，输入关键词为：#P b3lyp/6-31g* TD(nstates=7,root=2) opt 但是结果出现了这样的错误提示[图片]，我应该怎么改正？
A:
尝试：
减小步长上限
增大nstates
----------------------------------------------------
2016.12.25 17:39:16
Q:
高斯要能做好多参考方法就更好了
做mrci,caspt2只能用molcas或molpro
OA:
高斯要是都做的很好，其他软件怎么生存。。
Q:
不过高斯做ro太烂，有金属的太难收敛。molpro做的话容易收敛
OA:
orca也能做那些。也没把别的生存空间挤走
Q:
话说，收敛性综合来看，还是高斯做得好
OA:
orca免费啊
molpro又不免费
而且orca有比高斯强的地方
量化软件领域的蛋糕基本分完了，想再捞一块没那么容易
GPU方面了
orca感觉是个全能型。。。啥都能算
Q:
高斯更全能
OA:
不觉得
Q:
高斯感觉除了泛函多外啥都没有
[表情]
A:
轮全能没有程序敢跟Gaussian叫板
觉得没其它功能是因为对Gaussian掌握得还不够深入
Q:
高斯还没orca能做多参考计算怎么能叫全能
+1
A:
高斯没多参考计算，这话首先不对，高斯能做OVB-MP2
高斯的全能是指，功能力图照顾90%的用户的所需
Q:
他没有mrci，你不能说它不全能
orca的双电子积分跟高斯差距不小
A:
光论解析导数的支持情况，高斯几乎完爆所有其它程序
----------------------------------------------------
2016.12.25 18:09:45
Q:
老师算CT[图片] 转移电荷452过大是什么原因
A:
不知道你用的什么程序
Q:
高斯我也说不好就是用计算出来文件在CT中计算
A:
如果是分子体系电荷转移，用的其它什么诡异的程序算的，改成用Multiwfn计算再说
Multiwfn手册4.18.3、4.18.1节全是例子
Q:
Multiwfn 中能得出转移的电荷量和转移距离么
A:
当然能，而且是功能最全的
能给出N多种衡量电荷转移程度的指标
Q:
好的我试试
A:
而且易用程度完爆任何其它程序
----------------------------------------------------
2016.12.25 18:15:14
Q:
老师，扫势能面的时候突然有个跳点[图片]，然后.log文件显示[图片]出错，这该怎么弄呢？谢谢老师！ @LiYuanhe
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2016.12.25 20:56:43
Q:
老师，如果想以后更方便的对几种元素使用 lanl2tz 这种自定义基组，能不能写成一个gbs文件直接调用？我看老师博文里写了sto3g.gbs路径调用的办法，赝势基组应该怎么写gbs文件，我在basis文件夹里面没找到内置赝势基组的gbs文件
A:
赝势基组和赝势信息都写到里头就完了
----------------------------------------------------
2016.12.25 21:00:38
Q:
大宝博士，今年的听课卡的人物是谁？
A:
无听课卡
----------------------------------------------------
2016.12.25 23:05:24
Q:
老师：您好！请问您觉得这样的RDG图可以吗？[图片]
A:
横坐标用sign(lambda2)rho
----------------------------------------------------
2016.12.25 23:37:52
Q:
请教下大家，在直角坐标下结构优化时，能否固定部分原子坐标在优化前后保持不变？
A:
能
Q:
直接在原子后面空格加-1吗？
A:
y
Q:
我在后面加了-1，但是发现优化过程中，原子坐标数值变化比较大呢
优化前：
[图片]
优化后
[图片]
A:
因为你没写nosymm
----------------------------------------------------
2016.12.26 00:26:57
Q:
老师，我做PCM计算，溶剂选的正辛烷和对二甲苯（手册里有这两种物质），但是算出来的构型和原来真空状态下的没差，想求您看看我的输入语句是不是有问题
[图片]
是不是需要重新做优化，加个opt呢
A:
甭乱写关键词
pcm、externaliteration都去掉，scf=tight完全多余
字号不得超过12，看群共享里群规
----------------------------------------------------
2016.12.26 00:33:23
Q:
[表情]大博士以后写一个程序，如果再次遇到这样的问题就自动回复把
着手写个保证正确的Gaussian FAQ吧[表情]常规问题直接发配去看帖子
A:
(整理Q&A) 木有精力
比这优先级更高的事太多
----------------------------------------------------
2016.12.26 00:47:35
Q:
nosymm和symm=loose是否可以同用？
A:
毫无意义
----------------------------------------------------
2016.12.26 00:56:40
Q:
请问老师，mmpbsa方法计算蛋白－配体的结合自由能，是不是 mmpbsa后分解结合自由能到每个残基这种计算结果，比用mmpbsa计算蛋白－配体结合自由能的计算结果，反而要准确一些？
A:
否
做分解只不过是把直接算出来的结合自由能分解成可加和项而已，便于你分析本质，不影响总结果
Q:
哦
现在一般认为,mmpbsa的准确度并不高，那么分解到每个残基的结果，准确性更不高了？
A:
至少帮助你了解哪些残基起主要贡献还是可以的，即便总值可能和实际偏差大
----------------------------------------------------
2016.12.26 01:07:33
Q:
sob老师，您好，还是关于混合溶剂的问题想向您请教一下，混合溶剂是水：乙腈=7：3，总是出现L301错误，输入文件和错误信息如下图，请您指正，谢谢您~
[图片][图片]
A:
去掉solvent=generic，去掉
[图片]
而且eps/epsinf怎么可能直接在这里写运算公式
Q:
好的，谢谢sob老师，我明白了，您的意思是将eps/epsinf直接给出一个具体的数值，也就是我的运算公式的结果。
A:
y
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2016.12.26 04:07:51
Q:
sob老师，怎么把G-view的动画怎么添加到PPT当中@Sobereva
A:
把导出的.gif拖进去就完了
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2016.12.26 04:13:26
Q:
NBO 分析中的LV是意思
才看到自己话都没打完整，各位老师NBO
分析中出现的non-Lewis 165. (0.99390) LV ( 1) C 4，这是碳的什么轨道
A:
energy-sorted lone vacant orbitals
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2016.12.26 04:24:35
Q:
请教老师，CCSD(T)和CCSD（T）-F12方法有什么区别，F12代表什么意思
A:
后者是显式相关版本，细节看DOI: 10.1002/wcms.68
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2016.12.26 16:52:25
Q:
[图片]
各位大神，出现这个情况怎么办？调整初始构型？
GEDIIS/GDIIS optimizer是什么东西？
[图片]
A:
opt=cartesian
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2016.12.26 17:11:42
Q:
amber参数库中氨基酸残基都是标准氨基酸，如果一个标准氨基酸去掉了一个质子，我需要构建一个这样非正常化的氨基酸的参数，应该怎么实施？麻烦各位大神伸伸援助之手
A:
修改力场库文件，里面增加一个新的对应的氨基酸。原子电荷参考RESP方法计算的结果进行适当调整
Q:
老师，您是说在dat/leap/lib/all_amino94.lib文件中增加对应的氨基酸吗？@Sobereva
A:
哪个lib视你用的力场而定
leap在启动时加载力场文件的时候就会有提示
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2016.12.26 17:27:01
Q:
有哪个软件可以做两个不同原子组成结构的RMSD吗？（其中一结构缺失一部分）
编号顺序也不一样
A:
原子数都不同RMSD也就没法定义了
Q:
就是可以选择其共同的部分做RMSD
那你把多余的部分删了再做
A:
是的
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2016.12.26 17:34:00
Q:
请问老师，eqsolv关键词如何使用？
A:
甭管它
怎么考虑非平衡溶剂效应这里都说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.12.26 17:50:17
Q:
[图片]老师，您好，我想问一下高斯优化到过渡态出现这个错误是什么原因哦？
A:
程序bug
尝试一些特殊做法试图绕过去
Q:
老师，特殊做法指的是啥哦？有点不明白/疑问
A:
一言难尽
反正如果是老版本先换成最新版本再说
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2016.12.26 18:15:56
Q:
老师，Gaussian发文章实验室没有版权怎么搞啊
找人挂个名
或者换程序
我觉得得合作
A:
1 买
2 找有版权的人挂名
3 冒险，无视Gaussian Inc.
4 说是用其它程序算的
Q:
没有这些资本的人一定要合作起来才行。
3有什么后果呢
合作？我也没啥水平，别人看不上我吧/流汗
A:
一般也没什么事，法律上管不了你，但不排除什么时候上个内部黑名单之类
Q:
[表情]
A:
伊朗人就是没Gaussian版权但是发文章时公然用Gaussian
Q:
会造成学术不端吗
不想给导师添乱
A:
除非有人小题大做弄你，否则不至于
买个就完了，价格也不贵，最便宜的版本不到一万
Q:
挂名吧我觉得
可以先发后买吗
这想法天真了点吧
A:
可以等到确定文章能被接收（比如让你小修）的时候买
免得买了之后文章没发出去
Q:
买个最便宜的，你就可以用任何版本算了对吧
A:
对
Q:
明白了
内部黑名单是Gaussian内部黑名单？
以后不卖你对吧
A:
恩
Q:
娃娃乱叫
[emoji]娃娃乱叫
[图片]
A:
优化和振动分析都是高斯最省心
Q:
高斯解决好并行计算问题就是神器了..
A:
高斯单节点内并行并不差
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2016.12.26 18:15:56
Q:
计算化学也没有个上岗证
四六级证还是需要的
现在的招聘单位只看六级证了
考个计算机三级证
或者让sob的培训班颁发个高级结业证
[表情]我觉得也是，以后初级班和基础班的最后一个小时搞一个结业考试
A:
那也必须经过考试通过才给发
要不然培训班缩在后排玩手机的也发那可不行
Q:
反正大博士上次测试以此，答错了一道题
弄一个机考，大博士写一个系统，进行机考
注册论坛，并报名培训班就可以参加考试
发证书可以进一步提高知名度和影响力..
感觉还是实力最重要，证书只是敲门砖！
A:
等以后成熟了再说
话说某些机构办的计算化学有关的培训确实最后给学员都发了个证，但学员用那种证来说事只会被沦为笑柄
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2016.12.26 18:42:27
Q:
[图片]
各位老师，
有Simu-Q软件包吗？
I have done it
A:
Lee 你只能找于建国要，除了和他有关的人谁也没有
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2016.12.26 19:00:21
Q:
sob老师，请问像无机苯（B3N3H6）这类化合物及其复合物的相关计算，能使用与苯分子及其复合物相同的计算方法吗？谢谢 @Sobereva
A:
用的级别必须能恰当描述弱相互作用才行
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