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[综合交流] 求助,使用sobEDA方法分析时出错

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按照sob老师文章 “使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元”使用sobEDA分析,
在linux服务器上运行脚本sobEDA.sh,计算老师的例子时都可以成功得出结果,但是计算自己的结构时发现以下报错

附上所有给sobEDA.sh用的输入文件。

fragment.txt

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sobEDA.sh

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system.xyz

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template.gjf

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发表于 Post on 2025-6-26 15:28:57 | 只看该作者 Only view this author
仔细检查高斯的输出文件,分析报错原因,如果分析不出来就上传上来
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-26 16:19:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,他没有生成高斯输出文件,是不是服务器上高斯的问题

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公社社长

4#
发表于 Post on 2025-6-26 18:26:47 | 只看该作者 Only view this author
一开始的提示就明确说了dos2unix命令没找到
博文里都十分明确强调了必须有dos2unix才能用
(4)dos2unix命令必须可以正常使用。机子里没装的话就装上,比如Redhat/Rocky Linux/CentOS系统里用yum install dos2unix即可迅速安装上。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-26 19:14:35 | 只看该作者 Only view this author
明白,已成功解决,谢谢社长!

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