如何在平行板狭缝间施加压差驱动

方方方

各位老师好，我想要研究在不同压差下狭缝间流体流动特性，有一些小问题想请问一下：
为了尽可能接近实验中通过压力驱动液体在狭缝间流动特性，是采用构建实体板+pull（constant force）的方式，还是采用accelerate呢？

sobereva

常外力pull和设置加速度组可以实现相同的效果，只不过目前最新版gromacs已不再支持加速度组了，只能用pull实现

方方方

sobereva 发表于 2025-7-6 08:22
常外力pull和设置加速度组可以实现相同的效果，只不过目前最新版gromacs已不再支持加速度组了，只能用pull ...

sob老师，我gmx是2025.2的版本的，我在手册里面还能看到这条指令，不知道还能不能用呢

方方方

sobereva 发表于 2025-7-6 08:22
常外力pull和设置加速度组可以实现相同的效果，只不过目前最新版gromacs已不再支持加速度组了，只能用pull ...

sob老师，我在进行了accelerate的模拟后，出现了一个不能接受的问题，我明明把氧化铝骨架部分冻结了，采用的是NVT系综（nose-hoover），我把速度调大一些，结果冻结的氧化铝骨架随离子液体流体的流动，也发生了平移【之前NVT和NPT的平衡过程中都很正常】。而后我在想是不是控温的问题，于是把氧化铝和流体部分分别控温，但是依然出现了这个问题
我的MDP中涉及到冻结和accelerate的代码如下

1. ;Freeze
   
2. freezegrps         = bone
   
3. freezedim         = Y Y Y
   
4. ; Acceleration
   
5. acc_n_grps     = 1          ;
   
6. acc_grps       = flow        ;
   
7. accelerate     = 0 0.01 0    ;

复制代码

【上下两层是氧化铝】

sobereva

方方方 发表于 2025-7-6 23:54
sob老师，我在进行了accelerate的模拟后，出现了一个不能接受的问题，我明明把氧化铝骨架部分冻结了，采 ...

检查冻结组的原子序号确保定义正确