Gromacs LINCS 键角旋转超过30度

chuxuezhe · 发表于 Post on 2018-3-31 11:37:41

各位老师好：
我需要模拟水溶液中花色苷与儿茶素形成复合物的过程。通过chemdraw建模，antechamber+acpype.py建立拓扑结构，原子类型添加到相应的ffnonbond中。能量最小化后，进行动力学模拟。力场分别试了amber99sb-ildn和gromos54a7，但是在模拟开始，均出现了：

relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.001054, max 0.006588 (between atoms 1770 and 1772)
bonds that rotated more than 30 degrees:

曾尝试：
缩小了模拟步长，mdp文件中约束h-angles，增加盒子大小，使用不同的力场（amber和gromos），采用不同方法能量最小化，都没有解决问题。（附件是动力学输入文件，各个分子的结构和拓扑文件，以及LINCS提示的键角出问题的原子（都是儿茶素中的，与氢原子相连的，以及连接苯环的键））。

谢谢各位老师帮助。

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-31 13:45:22

把约束去掉再试，1fs步长时候不需要做约束
并且通过退火设定，升温时从0K慢慢升温
注意grompp时候的任何提示
死活不行改用ATB产生拓扑文件再试
antechamber产生的拓扑文件是基于GAFF的，只适合搭Amber，不要和GROMOS力场混用

chuxuezhe · 发表于 Post on 2018-4-2 06:22:13

谢谢Sob老师，问题已经解决了。

lonemen · 发表于 Post on 2018-5-31 09:38:34

顺便学习了。谢谢！

青青青 · 发表于 Post on 2018-5-31 19:06:11

chuxuezhe 发表于 2018-4-2 06:22
谢谢Sob老师，问题已经解决了。

请问怎么解决的？

青青青 · 发表于 Post on 2018-5-31 19:06:42

chuxuezhe 发表于 2018-4-2 06:22
谢谢Sob老师，问题已经解决了。

是把约束去掉了吗?

chuxuezhe · 发表于 Post on 2018-6-1 01:05:11

是的，去掉约束，用的AMber力场，就顺利解决问题了。

夜夜衣 · 发表于 Post on 2020-5-20 15:41:19

sobereva 发表于 2018-3-31 13:45
把约束去掉再试，1fs步长时候不需要做约束
并且通过退火设定，升温时从0K慢慢升温
注意grompp时候的任何 ...

老师，请教您下，为什么1fs步长的时候不需要做约束，针对H2分子也可以吗？，因为我的体系加了约束就报lincs错误，改为nono就可以，这个有相关的文献支持吗，或者在文章中需要如何描述下这个现象。谢谢您！

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-21 07:11:40

夜夜衣发表于 2020-5-20 15:41
老师，请教您下，为什么1fs步长的时候不需要做约束，针对H2分子也可以吗？，因为我的体系加了约束就报lin ...

夜夜衣 · 发表于 Post on 2020-5-21 19:03:33

sobereva 发表于 2020-5-21 07:11

谢谢您的回复！

JCenter · 发表于 Post on 2022-9-19 01:21:07

sobereva 发表于 2020-5-21 07:11

老师，您好。我在做正己烷盒子的MD模拟，我通过packmol在5*5*5 nm的盒子里插入580个正己烷分子，正己烷分子结构是在b3Lyp/6-311g-61311g级别下优化的，原子电荷用的是resp2(0.5)电荷，在能量最小化（em.mdp）h和NPT系统平衡（heat_NPT）1ns后,进行2ns的NPT弛豫（MD.mdp）.前两步都没问题，能量最小化的收敛精度emtol=50,heat_NPT方法200ps从0上升至298k,后面800psNPT系综（Berendsen）。检查势能变化（能量最小化）和温度压力密度变化都没问题（heat_NPT）.唯独最后一步跑崩溃了bonds that rotated more than 30 degrees，Too many LINCS warnings (1007)。我也用了1fs加不加约束的组合尝试，也排除了并行计算方法的问题，调试了tau_p参数（1.5,2.5）和rvdw,rcoulomb(1.4)，均失败。单独跑了一个正己烷分子在真空下的模拟，分子没有解体。我查和尝试了4天，没有思路了，特此向老师请求建议。

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 03:10:57

JCenter 发表于 2022-9-19 01:21
老师，您好。我在做正己烷盒子的MD模拟，我通过packmol在5*5*5 nm的盒子里插入580个正己烷分子，正己烷分 ...

heat_NPT能正常跑就没理由之后的动力学没法正常跑。续跑时候记得延续之前动力学最后的状态

JCenter · 发表于 Post on 2022-9-19 12:03:34

sobereva 发表于 2022-9-19 03:10
heat_NPT能正常跑就没理由之后的动力学没法正常跑。续跑时候记得延续之前动力学最后的状态

好的，谢谢sob老师。

JCenter · 发表于 Post on 2022-9-19 19:22:05

JCenter 发表于 2022-9-19 12:03
好的，谢谢sob老师。

老师，我用了gmx grompp -f MD_NPT.mdp -c hexane_heat_NPT.gro -p hexane.top -t hexane_heat_NPT.cpt -o hexane_MD.tpr 在heat_NPT(1ns,没问题)基础上续跑MD_NPT(2ns)。但跑了一段时间结果还是出现bonds that rotated more than 30 degrees的问题。

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 23:43:01

JCenter 发表于 2022-9-19 19:22
老师，我用了gmx grompp -f MD_NPT.mdp -c hexane_heat_NPT.gro -p hexane.top -t hexane_heat_NPT.cpt - ...

继续使用heat_NPT时用的Berendsen压浴看情况

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