求助：用gromacs模拟多层石墨烯和水的吸附过程，NVE能量不守恒

Xi0rC

我的建模规程是用VMD的nanotube builder建的zigzag堆垛的4层石墨烯，以及packmol生成的液滴，然后先进行能量最小化再进行300K的100ps的NVT优化，最后用NVT的末态进行NVE模拟，最下层石墨烯坐标冻结用于模拟石墨烯附着在刚性平面上，立场文件用的oplsaa，把碳原子认定是opls_145，剩下的立场参数没有改，碳原子和水分子的立场参数如下（来源是大师兄查文献来的）
用x2top命令生成的top文件，后来认为层内不应该有1-4原子对的LJ作用，把TOP文件里的pairs信息全部删去。

[ nonbond_params ]
;       i       j       func    c6      c12
       opls_116       opls_145            1       3.436e-01    3.556e-01
       opls_117       opls_145            1       2.690e-01    1.602e-01

sobereva

NVT是动力学过程，而不是“NVT优化”。“把TOP文件里的pairs信息全部删去”是完全多余的操作。

由于计算数值误差（受力计算、动力学积分），即便是NVE也不可能能量精确保持不变。用更小的步长、更精确的非键相互作用计算设置，可以让能量守恒性更好。

Xi0rC

谢谢sobereva老师