本帖最后由 bbbxxxggg 于 2025-7-9 16:05 编辑
各位老师好,我做的是N2纳米气泡水加原油组分的体系,目前做的是正庚烷组分对于纳米气泡水稳定性的影响,首先swissparam通过在Marvin JS画出分子结构式,最终得到压缩包,压缩包中含有MOL2,PDB文件,然后用ATB and repository将pdb文件转化为GROMACS可用的itp文件。我编写inp文件时是通过理想状态气体方程计算分子数量,接着又用Packmol构建了15nm*15nm*15nm的盒子,跑出system.pdb文件,然后改写了总的拓扑文件topolxb.top。在进行能量最小化输入gmx grompp -c top/1.pdb -f mdp/em.mdp -p top/topol.top -o em.tpr,得到em.tpr文件,然后进行控温模拟nvt,输入gmx grompp -f mdp/nvt.mdp -c em.gro -p top/topol.top -o nvt.tpr但是输入gmx mdrun -s nvt.tpr -deffnm nvt报错,显示遇到了一个内部错误,具体是总势能异常高的问题。 我在公社找到了解决办法,说检查初始结构和拓扑文件,但是在我修改了初始结构以后也还是同样的报错。我试过增大盒子尺寸,但是依然报错原子重叠。我也改过很多次inp文件里的number,但是总是出现势能过大,初始构型可能未正确平衡,导致原子之间存在重叠或过大距离。我不太明白应该如何计算正确的分子数量,还是说我的解决方式出了问题。 我把我用到的文件和报错信息都放上来,麻烦老师可以帮助我看一下到底哪里出了问题。
200mixxb.inp
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CASxb.itp
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em.mdp
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H2Oxb.itp
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N2xb.itp
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nvt_Layer.mdp
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topolxb.top
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em.edr
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em.log
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nvt.edr
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nvt.log
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