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[Sobtop] 求助sobtop生成的拓扑文件各项含义

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Level 3 能力者

想请教一下各位老师,sobtop生成的GAFF/AMBER力场下的拓扑文件中,①functype;②[bonds]列中的r0;③[dihedrals]列中的phase(Deg.) 、kd(kJ/mol) pn ;④[angles]列中的a0 (Deg.)、k(kJ/mol/rad^2)都分别是什么意思?感谢老师的解答。

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发表于 Post on 2025-7-9 21:31:56 | 只看该作者 Only view this author
1 function type。看gromacs手册的拓扑文件部分
2 成键项参数,括号里是单位,属于分子动力学研究者的最基本常识。参考gromacs手册的力场部分的介绍,并且在北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)讲力场的部分我也专门详细讲了
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