如何实现两相分离的模拟结果？

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2025-12-19 13:42:50

本帖最后由 yaoyuan0711 于 2025-12-20 09:15 编辑

各位老师好，我在模拟水和乙酸乙酯的体系时，在283K下模拟50ns，水和乙酸乙酯没有明显的两相分离，乙酸乙酯还有部分在水中，这是什么原因，如何达到如下图文献上的模拟效果？

模拟条件：4000分子水，200分子乙酸乙酯，10个离子液体，NPT系综。GAFF力场，RESP电荷，sobtop产生的TOP文件，H2O用amber99sb里tip3p.itp。em-eq(0到283K，300ps)-prod(50ns)

青色是水，灰色是乙酸乙酯

student0618 · 发表于 Post on 2025-12-19 14:37:52

先换更好的水模型试试，如三点的SPCE或OPC3，或目前最好的四点水模型OPC。

SharkYYX2025 · 发表于 Post on 2025-12-19 18:55:52

我看你的水乙酸乙酯分子数好像和这个文献看起来不一样，文献乙酸乙酯看着更多。这个数量挺重要的，比如我按照讲义的例子研究相分离，做了几个不同比例，如果数量太悬殊，是很难明显分离。你可以看看文献有没有给出两个液体的体积比，算一下实际的分子数比例。
或者也可以传一下mdp文件，看看是不是合理，有时候参数设定也有影响

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2025-12-20 09:13:25

student0618 发表于 2025-12-19 14:37
先换更好的水模型试试，如三点的SPCE或OPC3，或目前最好的四点水模型OPC。

老师您好，我换成OPC3了，始终还是有很多乙酸乙酯在水相中

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2025-12-20 09:16:17

SharkYYX2025 发表于 2025-12-19 18:55
我看你的水乙酸乙酯分子数好像和这个文献看起来不一样，文献乙酸乙酯看着更多。这个数量挺重要的，比如我 ...

老师您好，我更换下比例试试，另外平衡和产生相的mdp文件上传了麻烦您看看吧

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-12-20 10:02:33

实验上乙酸乙酯在水里就是有一定溶解度的，如果你的水相里乙酸乙酯浓度和实验更接近，那可能你的模拟更合理，文献反而是不准的

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2025-12-22 09:39:26

SharkYYX2025 发表于 2025-12-19 18:55
我看你的水乙酸乙酯分子数好像和这个文献看起来不一样，文献乙酸乙酯看着更多。这个数量挺重要的，比如我 ...

老师您好，增加乙酸乙酯的数量确实出现相分离了，谢谢

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2025-12-22 09:40:34

wzkchem5 发表于 2025-12-20 10:02
实验上乙酸乙酯在水里就是有一定溶解度的，如果你的水相里乙酸乙酯浓度和实验更接近，那可能你的模拟更合理 ...

老师您好，增加乙酸乙酯数量后出现相分离，还有个别乙酸乙酯在水中，应该是没问题了

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