计算蛋白和小分子的复合物体系的小分子的RMSD问题

fanfan要加油

老师们 我想计算小分子的rmsd 然后就是在Gromacs 输入了这个命令  gmx rmsf -s step5_1.tpr -f step5_1.xtc -n 1.ndx -o rmsf-lig.xvg -dt 100

下面是输出小分子的RMSD文件的内容 我不懂的是 之前计算蛋白的RMSD的时候 选择的是backbone组分 出来的结果是 随着时间的变化的数值 这次选择小分子组分以后 出来的关于原子的值  但是我看的一篇文献的小分子的RMSD也是随着时间的变化的波动 所以我就在想 是我自己的输入命令有问题还是其他原因
# This file was created Mon Jul  7 12:41:02 2025
# Created by:
#                  :-) GROMACS - gmx rmsf, 2020.4-MODIFIED (-:
#
# Executable:   /gmx/gmx-plumed/bin/gmx
# Data prefix:  /gmx/gmx-plumed
# Working dir:  /home/ai/calcing/fx/re/8152-G01
# Command line:
#   gmx rmsf -s step5_1.tpr -f step5_1.xtc -n 1.ndx -o rmsf-lig.xvg -dt 100
# gmx rmsf is part of G R O M A C S:
#
# Gyas ROwers Mature At Cryogenic Speed
#
@    title "RMS fluctuation"
@    xaxis  label "Atom"
@    yaxis  label "(nm)"
@TYPE xy
4268   0.1177
4269   0.0563
4270   0.0548
4271   0.0277
4272   0.1138
4273   0.0719
4274   0.0428
4275   0.0643
4276   0.0167
4277   0.0621
4278   0.1126
4279   0.1270
4280   0.1832
4281   0.1240
4282   0.0355
4283   0.0668
4284   0.0580
4285   0.0426
4286   0.0351
4287   0.0441
4288   0.0860
4289   0.0605
4290   0.1196
4291   0.1269
4292   0.1046
4293   0.1041
4294   0.0889
4295   0.1176
4296   0.1124
4297   0.1781
4298   0.1782
4299   0.1660
4300   0.1197
4301   0.0811
4302   0.0711
4303   0.1588
4304   0.0492
4305   0.0694
4306   0.1051
4307   0.1514
4308   0.1620
4309   0.1329
4310   0.1638

student0618

你想算的是RMSD，用gmx rms
你运行了的是gmx rmsf 不是gmx rms，多了个f

tptp

了解一下RMSD和RMSF的区别就好了，你算错东西了

fanfan要加油

tptp 发表于 2025-7-12 08:01
了解一下RMSD和RMSF的区别就好了，你算错东西了

好的 谢谢老师 是我太粗心了

fanfan要加油

student0618 发表于 2025-7-11 20:27
你想算的是RMSD，用gmx rms
你运行了的是gmx rmsf 不是gmx rms，多了个f

好的 谢谢老师