求助 gromacs跑完动能势能都为正，结果对吗？

lqhenwunai · 发表于 Post on 2020-9-9 10:09:42

本帖最后由 lqhenwunai 于 2020-9-9 10:11 编辑

请问一下，gromacs跑完nvt, 298K, opls-aa , 5ns, 有机小分子纯溶剂体系，

结果动能势能都为正，这样正常么？

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-9 11:24:14

势能一般不会为正

lqhenwunai · 发表于 Post on 2020-9-9 13:57:09

本帖最后由 lqhenwunai 于 2020-9-9 15:16 编辑

sobereva 发表于 2020-9-9 11:24
势能一般不会为正

谢谢。我在做energy minimization的时候就得到了正的势能。我的初始结构通过packmol得到。mdp文件如下：

integrator  = steep       ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol    = 1000.0       ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm
emstep    = 0.01       ; Minimization step size
nsteps    = 200000       ; Maximum number of (minimization) steps to perform

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist       = 1       ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
cutoff-scheme = Verlet ; Buffered neighbor searching
ns_type       = grid    ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
coulombtype    = PME    ; Treatment of long range electrostatic interactions
rcoulomb       = 1.0    ; Short-range electrostatic cut-off
rvdw          = 1.0    ; Short-range Van der Waals cut-off
pbc          = xyz    ; Periodic Boundary Conditions in all 3 dimensions

box的密度对应实际纯液体的密度。（后来测试，就算两个分子，在能量最小化后还是正的势能）。 top文件是通过LigParGen得到的。

请问是怎么回事呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-10 03:26:31

设能量组，把分子内和分子间的静电作用能和范德华作用能提取出来，仔细分析看看到底怎么回事。至少对于em之后的二聚体结构，分子间作用能不可能为正。如果是体系存在严重的扭曲，比如环张力很大的体系，分子内势能特别正，最后导致体系总势能很正，这倒有可能。

appleliu · 发表于 Post on 2025-7-13 16:47:16

请问最后解决了吗？我也遇到了同样的问题呢？解决了的话，是怎么解决的呢？

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