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[建模与可视化] 如何构建大分子聚合物

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楼主
我的大分子是多个重复片段组成的,我使用chemdraw+chem3d画出一个重复片段,使用orca对结构进行优化,再然后又用Multiwfn+orca施加电荷约束拟合了静电势电荷,现在我想知道怎么构建聚合物,并负上对应的电荷。老师们该怎么做啊。

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发表于 Post on 2025-7-17 03:44:42 | 只看该作者 Only view this author
自己写个程序产生对应的SMILES字符串,参考下文用openbabel产生三维结构
基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-17 08:41:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-17 03:44
自己写个程序产生对应的SMILES字符串,参考下文用openbabel产生三维结构
基于OpenBabel批量产生特定基团以 ...

谢谢,老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-17 17:08:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-17 03:44
自己写个程序产生对应的SMILES字符串,参考下文用openbabel产生三维结构
基于OpenBabel批量产生特定基团以 ...

老师我还想问一下用openbabel,生成的环状的聚合物,结构明显不合理,怎么优化能好点

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发表于 Post on 2025-7-18 06:18:28 | 只看该作者 Only view this author
wwwv 发表于 2025-7-17 17:08
老师我还想问一下用openbabel,生成的环状的聚合物,结构明显不合理,怎么优化能好点

只要键连关系正确就行,用UFF等力场(Gaussian就支持UFF,Openbabel自己也支持MMFF94力场)快速一优化就基本合理了
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