[综合交流] 蛋白质内部原子之间静电相互作用是否需要考虑屏蔽作用

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本帖最后由 ZDcccA 于 2026-1-22 20:02 编辑

PB隐式溶剂模型中蛋白质内部介电常数往往设置为2~4，Amber力场静电相互作用介电常数默认为1，但理论上蛋白质内部是非均匀介质，介电常数和残基性质和临近环境等有关，应该是位置的函数。

这种约化（例如介电常数=1，不考虑静电屏蔽作用）是否会导致蛋白质内部原子之间静电相互作用的计算存在误差？是否会导致基于PB模型的静电势计算存在误差？

如果是的话，是否有解决方案呢？比如计算蛋白质内部介电常数的分布？

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