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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › gro和g96文件模拟Einstein晶体可能存在bug
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[GROMACS] gro和g96文件模拟Einstein晶体可能存在bug

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Lacrimosa

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发表于 Post on 2025-8-2 10:22:20 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
本帖最后由 Lacrimosa 于 2025-8-2 10:23 编辑

如题，Einstein晶体的模拟是通过将没有LJ与电荷参数的粒子用position_restraint固定在晶格平衡位置上实现的。在模拟中，即使同样的结构，使用g96格式和gro格式会产生不同的结果，

上图中，x轴为约化过的弹簧力常数，y轴为相应力常数下Einstein晶体的能量，橙色线为gro的结果，蓝色线为g96的结果，差异显著。
测试过多个版本(2018,2021,2023)，都有同样的问题
God's in his heaven,all is right with the world
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