求助：做Gromacs如何用程序自动生成正确的残基编号和OW、HW原子名的.gro文件？

JoyChem

我上了Sob老师的MD培训班，也参考了乙醇和水的例子非常有用。
现在我想做11个Nafion分子和895个水分子混合的体系，先做一下能量极小化，但是.gro文件无论我是用Gromacs的gmx insert-molecules命令插入分子和editconf命令，还是Packmol混合之后再用sobtop，结果都不太理想，运行Gromacs会这样报错：
Warning: atom name 474 in mix.top and mix.gro does not match (OW - O)
Warning: atom name 475 in mix.top and mix.gro does not match (HW1 - H)
Warning: atom name 476 in mix.top and mix.gro does not match (HW2 - H)
可能是我自己没有太掌握这几个程序的用法，但实在也是尝试了很久了，这是我目前的.gro文件片段：


这是我的.top文件内容：
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
#include "Nafion.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/spce.itp"

[ system ]
Nafion+water

[ molecules ]
; Compound        nmols
Nafion  11
SOL  895   

这是我的Nafion.itp文件内容片段：
; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev5) on 2025-07-15

[ moleculetype ]
; name          nrexcl
Nafion       3

; Atomic charges are those loaded from .mol2 file
[ atoms ]
;  Index   type   residue  resname   atom        cgnr     charge       mass
     1     ce         1      NAF     C             1    0.00000000   12.010736
     2     c2         1      NAF     C             2    0.00000000   12.010736
     3     f          1      NAF     F             3    0.00000000   18.998403
这是em.mdp文件：
define = -DFLEXIBLE
integrator = cg
nsteps = 10000
emtol  = 100.0
emstep = 0.01
;
nstxout   = 20
nstlog    = 50
nstenergy = 50
;
pbc = xyz
cutoff-scheme            = Verlet
coulombtype              = PME
rcoulomb                 = 1.0
vdwtype                  = Cut-off
rvdw                     = 1.0
DispCorr                 = EnerPres
;
constraints              = none


这是我的Gromacs报错情况：

想问一下有除开写python或者其他脚本方法解决这个原子命名问题的吗？
因为我直觉是我程序没有用对，只好厚着脸皮来请教各位老师了，请各位大佬不吝赐教，非常感谢！

sobereva

注意复习北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片：

日月崇光

这个无所谓，只要原子顺序对的上直接-maxwarn就行。
或者你在加水之前把水分子结构文件中原子名称提前改成OW和HW