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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 波函数分析与Multiwfn (Wavefunction Analysis & Multiwfn) › 请问buried surface areas怎么计算
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[波函数分析求助] 请问buried surface areas怎么计算

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typ_gauss

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发表于 Post on 2025-7-17 10:44:03 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model

Houk一篇文章中计算了buried surface areas（https://doi.org/10.1021/jacs.1c12664），请问这个应该如何用Multiwfn实现呢？
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sobereva

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发表于 Post on 2025-7-18 07:09:43 | 只看该作者 Only view this author
看文中的定义或引用的相关文章里的定义，没定义没法回答
没准是结合前后表面积的变化，整体和片段分别用Multiwfn计算面积后求差可得到
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息，并避免错过网上有价值的计算化学文章！
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Multiwfn主页：http://sobereva.com/multiwfn（十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序）
Google Scholar：https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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typ_gauss

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-26 00:20:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-18 07:09
看文中的定义或引用的相关文章里的定义，没定义没法回答
没准是结合前后表面积的变化，整体和片段分别用Mu ...

卢老师，原文和SI都没有给明确的定义。buried surface areas原文引用的是卢老师您的J. Mol. Graph. Model. 2012, 38, 314−323. 可能就是卢老师您说的这个定义吧。
同时作者认为包埋体积大的弱相互作用强，认为过渡态更优势(The phosphino unit of L1 in Cu-AY can interact with Pd-A1 with a variety of C−H···π/vdW interactions in CuPd-TS1si (buried surface area 198.9 Å2), while CuPd-TS1re (buried surface area 130.6 Å2) only allows Pd-A1 to interact with a relatively small i-Pr group on the oxazoline unit of L1. )。
我还想问一下，包埋体积大不也意味着位阻大吗？似乎和与弱相互作用相矛盾。
或者说包埋体积大就意味着过渡态结合更紧密，说明结合能大，是优势结构，具体是什么原因则需要具体分析。
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sobereva

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发表于 Post on 2025-7-26 12:33:40 | 只看该作者 Only view this author
typ_gauss 发表于 2025-7-26 00:20
卢老师，原文和SI都没有给明确的定义。buried surface areas原文引用的是卢老师您的J. Mol. Graph. Model ...

关键看包埋的深度。弱相互作用会导致范德华表面被一定程度穿透，往往作用越强穿透程度越大，但如果是由于结构原因而被迫导致的穿透，那就有位阻效应了，很可能大于吸引相互作用。
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-26 15:59:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-26 12:33
关键看包埋的深度。弱相互作用会导致范德华表面被一定程度穿透，往往作用越强穿透程度越大，但如果是由于 ...

好的，谢谢卢老师！
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