求助：gmx density计算电子密度时，electrons.dat输入文件报错

王纪峰

朋友们大家好，我在用gmx density计算电子密度(-dens electron)时，出现了以下报错（命令和错误已用红框表示）
体系为模拟离子液体与Li金属的界面情况，包含了Li+，Li金属以及其他一些有机小分子。使用sobtop创建拓扑文件，其中除Li+和Li金属外，其它有机小分子采用GAFF力场，Li+采用UFF力场，Li金属采用文献中的数据，依靠纯vdw势维持体心立方结构，数据来源自文献，并且相关数据已经添加至sobtop中。
这个错误的原因好像是体系中有些粒子没有被正确的识别...可是我却不知道该怎么让gmx去识别它们..因为好像并不存在报错中所显示的electrons.dat文件。。。
十分感谢好心人帮忙！

sobereva

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）幻灯片：

Uus/pMeC6H4-/キ

sobereva 发表于 2022-11-23 00:26

社长，在经典分子力场模拟的语境下考虑“电子密度”的概念，感觉可以引出一堆问题。

1. 相比数密度、质量密度、电荷密度，这个“电子密度”能突出说明什么问题？
2. 如果说实际统计用的电子数是electrons.dat定义的电子数加上原子电荷值，那是意味着把原子当电中性状态看待吗？比如一个正一价钠离子，原子电荷定为+1.00且电子数为10，那么统计“电子密度”时相当于按11个电子算，就成了零价钠原子了。但这对原子电荷缩放/非整数原子电荷的情形也说不通。
3. 有了每个原子的电子数之后，统计“电子密度”时其空间分布相对于原子是什么样的？显然这个不是量子化学自洽计算完后做波函数分析所得的电子密度，也不是按原子坐标结合内置预制原子密度所得的准分子密度，但即便如此也还有好几种可能：划分原子空间再在其中均匀分布，按原子半径构建球形空间再在其中均匀分布（并在球重叠区域叠加），以原子坐标为中心用特殊函数展宽或用切换函数平滑分布；又或者电子实际上全部集中于原子核坐标处，和统计质量密度时按质量给原子加权是一个道理。
4. 如果是第一性原理跑的AIMD任务，有什么对应的“电子密度”分析方式？如果在某个步数间隔下逐帧导出一系列结构及波函数文件，当然都可以按http://sobereva.com/715的方法批量分析，特别是用multiwfn的主功能3可以绘制电子密度沿某条线方向的一维分布，但这并不直接包含时间平均的效果。

……可能是理解偏差加上想太多了。

sobereva

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-8-11 22:38
社长，在经典分子力场模拟的语境下考虑“电子密度”的概念，感觉可以引出一堆问题。

1. 相比数密度、 ...

1 就是体现体系中电子怎么分布的，从而给出电子密度分布的轮廓
2 已经考虑了原子电荷值，因此不算是原子处于电中性了
3 应当就是用某种函数，如Gaussian函数，描述原子的电子分布。help里没具体交代，可以看源代码
4 可以按你说的得到每一帧的密度，也可以对一些帧的密度求平均，等等。下文说的方式大多都可以用
谈谈怎么考察、计算、分析化学体系的电子密度
http://sobereva.com/715（http://bbs.keinsci.com/thread-46380-1-1.html）