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[GROMACS] 跑MD只对其中的库伦作用感兴趣,怎么实现?

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楼主
请教老师,做碳纳米管与水的MD,只想分析其中的库伦作用,不想算静电作用,应该怎么做?用g_energy抽取其中的库伦作用就可以吗?或者将top文件中的二面角的参数改成0可行吗?

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发表于 Post on 2017-4-1 00:03:22 | 只看该作者 Only view this author
水和纳米管设成两个energy group,然后用energy命令把MD过程产生的edr中它们之间的库仑作用项提取出来即可

这根top没关系,和二面角参数更没关系。你要是二面角参数设成0,纳米管估计就严重变形了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-1 09:34:15 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2017-4-1 11:46:51 | 只看该作者 Only view this author
不懂MD,不过看到lz说只想分析其中的库伦作用,不想算静电作用,借楼问一下MD里库仑作用和静电作用有什么区别。。
ps lz的头像给给的

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发表于 Post on 2017-4-1 13:11:01 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2017-4-1 11:46
不懂MD,不过看到lz说只想分析其中的库伦作用,不想算静电作用,借楼问一下MD里库仑作用和静电作用有什么区 ...


库仑作用和静电作用完全是一码事,我以为LZ要区分静电作用和色散作用
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发表于 Post on 2017-4-1 16:48:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 fhh2626 于 2017-4-1 16:49 编辑
sobereva 发表于 2017-4-1 13:11
库仑作用和静电作用完全是一码事,我以为LZ要区分静电作用和色散作用

话说MD里面碳纳米管的电荷是0吧,LZ想做什么呀

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发表于 Post on 2017-4-2 01:25:26 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2017-4-1 16:48
话说MD里面碳纳米管的电荷是0吧,LZ想做什么呀

不知道。如果是修饰过的就不为零了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-4 16:11:15 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2017-4-1 11:46
不懂MD,不过看到lz说只想分析其中的库伦作用,不想算静电作用,借楼问一下MD里库仑作用和静电作用有什么区 ...

请问LZ是什么?

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发表于 Post on 2017-4-5 02:36:33 | 只看该作者 Only view this author

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