CP2K计算过渡态输入文件创建工具

funok

参考的帖子:
[CP2K] 使用CP2K进行过渡态计算经验[dimer篇]


工具简介: 提供结构优化之后的反应物结构文件和产物的结构文件，使用IDPP方法进行插值，给出NEB或Dimer方法计算需要的文件。

安装方法:
1. 解压得到相应文件；
2. 使用conda创建相应的环境: conda create -n di python=3.10;
3. 进入requirements.txt文件所在的文件夹，并使用pip安装需要的包：pip install -r requirements.txt；
4. 运行：python TSConTool.py；

计算流程：
NEB方法：
1. 导入is.cif: File->Open is.cif;
2. 导入fs.cif: File->Open fs.cif;
3. 点击File菜单下面的工具 D,计算得到推荐的插值数量;
4. 点击IDPP->Generate Interpolated Structures, 而后输入插值的结构数量(这里会在TSConTool.py所在的文件夹中创建data文件夹，其中包含插值计算得到的文件)；
5. 点击File->Export Movie, 指定输出的文件夹(这里会生成对应的NEB轨迹)；
6. 点击ASE->ASE-GUI, 调用ASE查看生成的轨迹文件；
7. 点击TS->NEB for CP2K(这里会在TSConTool.py所在的文件夹中创建NEB_band文件夹，其中包含NEB计算需要的结构文件以及CP2K输入文件中&BAND字段中的内容)。

Dimer方法：
1-6同上；
7. 点击TS->Dimer for CP2K, 输入想要插入的第i帧对应的数值(这里会在TSConTool.py所在的文件夹中创建Dimer_file文件夹，其中包含Dimer计算需要的结构文件以及DIMER_VECTOR);
8. 点击File->Export dimmode.xyz, 导出对应的振动方向。