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[GROMACS] 我想在体系内添加一定的离子(KMLCA等),但amber99.ff下ions.itp没有原子类型

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各位大大,我的体系是分子在竞争环境下模拟铀离子吸附,现在准备添加一定数目的K,Mg,Ca等离子,但是我查看amber99.ff下的ions.itp文件,发现并没有atomtypes,因此导致报错ERROR 1 [file Ca.itp, line 7]: Atomtype C0 not foundThere was 1 note, 所以我该如何获得这些Atomtype呢。我的top文件是由sobtop生成(eg2),还有就是我想问铀离子并没有在gromacs定义,我能否在GaussView自己构建UO22+,然后用Sobtop生成相应的文件,如果可以能否依然参考例二的步骤。


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发表于 Post on 7 hour ago | 只看该作者 Only view this author
ions.itp里涉及的原子的atomtype的定义在AMBER力场目录下的ffnonbonded.itp,你引用AMBER力场目录的forcefield.itp自然就对它们有定义了
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