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[GROMACS] gromacs中如何设置正弦波特性的压强

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本帖最后由 Jus 于 2023-11-4 23:57 编辑

老师好,大家好。请问gromacs中如何设置mdp参数能够实现正弦波特性的变化的压强,感谢大家的回复。

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发表于 Post on 2023-11-5 12:19:31 | 只看该作者 Only view this author
没法直接设
需要修改源代码来让ref-p随时间变化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-6 10:41:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-5 12:19
没法直接设
需要修改源代码来让ref-p随时间变化

感谢sob老师的回答,我还有一个疑问
因为我是想模拟超声环境,我了解的是需要使用这样的余弦式的随时间变化的压力进行非平衡模拟,同时我还要加入cos_acceleration加速度曲线振幅用于之后计算粘度。我不是很理解我想加的这种余弦变化的压力,与cos_accelerationtian的效果是等同的、只取其一就可以,还是协同的、缺一不可。
谢谢老师的回答

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发表于 Post on 2023-11-7 06:19:13 | 只看该作者 Only view this author
Jus 发表于 2023-11-6 10:41
感谢sob老师的回答,我还有一个疑问
因为我是想模拟超声环境,我了解的是需要使用这样的余弦式的随时间 ...

cos_acceleration跟你要加超声环境的目的不是一码事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-7 09:15:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-7 06:19
cos_acceleration跟你要加超声环境的目的不是一码事

好的sob老师

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发表于 Post on 2024-3-21 22:17:15 | 只看该作者 Only view this author
Jus 发表于 2023-11-6 10:41
感谢sob老师的回答,我还有一个疑问
因为我是想模拟超声环境,我了解的是需要使用这样的余弦式的随时间 ...

请问如何修改代码?能否提供教程,我也想做超声的模拟

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喵星人

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发表于 Post on 2024-3-22 06:50:49 | 只看该作者 Only view this author
你先想想你的超声发生器是多少频率的,有木有GHz级别的超声波

在MD里模拟超声本质上就是在扯淡

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发表于 Post on 前天 22:07 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2024-3-22 06:50
你先想想你的超声发生器是多少频率的,有木有GHz级别的超声波

在MD里模拟超声本质上就是在扯淡

老师好,请问有其他方法可以模拟出类似于超声的效果吗?
社会浮躁

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