关于使用membed将分子插入到膜中时，分子本身也会被移除的问题

xsc6 · 发表于 Post on 前天 23:37

本帖最后由 xsc6 于 2025-8-17 00:06 编辑

各位老师好，在学习了sob老师gmx培训班后，我想把一个分子插入到膜中，前面的一切都比较顺利，分子的拓扑文件用sobtop产生，膜是Lipid17力场。膜已经跑了一百ns，基本达到平衡。
插入的mdp文件和membed.dat文件参考sob老师培训班，仅将其中Protein部分改成MOL(index文件中这个小分子对应MOL)，在插入过程中，
（1）当我执行命令把分子插进去时，如下：第一次选MOL，第二次选Other（other就是磷脂膜），结果会出现 “will remove 1 motified_peptide molecular”,这个其实就是把我的分子移除了。
（2）当我执行命令把分子插进去时，如下：第一次选MOL，第二次选System，就不会把我的分子移除，但是上下两层都出现空洞（下层没有分子，但也有孔洞）。
请问这个是什么原因呢，我如何才能将这个分子正确插入呢？（由于文章没发表，小分子结构文件暂时没放，如果会的大哥可以联系我，感激不尽

后：刚刚在回家的路上突然想到，既然我选择插入到system组是正常的，但是插入到其他组不正常，说明还是组的问题，因为我的小分子是一端嵌入到上层磷脂膜，还有一端亲水部分在水中，与sob老师课程中插入到膜中间有区别，所以选择组的时候，是不是应该把上层磷脂膜和水自定义成一个组，将分子插入呢？因为system就是包括了整个膜、水、离子的，但是在整个Z方向都被挖空了（包含下层没有分子插入的膜）

insert.mdp (686 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

membed.dat (752 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

topol.top (38.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) ）

sobereva · 发表于 Post on yesterday 00:06

那个功能本身就是用来插入蛋白质的，没考虑其它类型分子，用于插入其它类型分子可能处理不当。试试把小分子残基名设成氨基酸残基，伪装成蛋白质，看看能不能骗过membed。
实在不行就尝试借助packmol产生小分子+磷脂层的初始结构，或者用VMD把小分子挪到合适的位置，删掉与之重叠的磷脂分子

xsc6 · 发表于 Post on yesterday 00:13

本帖最后由 xsc6 于 2025-8-18 02:02 编辑

sobereva 发表于 2025-8-17 00:06
那个功能本身就是用来插入蛋白质的，没考虑其它类型分子，用于插入其它类型分子可能处理不当。试试把小分子 ...

sob老师好，我在原帖补充了一种我的猜想，麻烦您看看是不是有这种可能性，因为如果插入选择system就是成功插入，但是下层不含有分子的也被remove挖了一个孔洞，说明运行没问题，问题出在第二次选择的被插入的组上（我的分子一半在磷脂外），主要是不太清楚这个软件运行的逻辑，是否要将包裹分子的原子全部选进去（至少system全包括了）

后记：建立索引文件，被插入的组选择上岑磷脂分子和水，成功实现插入

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