给碳纳米管/石墨烯边界加氢封端的自动化PyMOL脚本

JohnCase

VMD造的碳纳米管和石墨烯边界是自由基，想作为孤立体系计算的话需要加氢封端。稍微大点的体系手动加氢就很头疼了，批量建模也不友好。写了个脚本希望有用（修改后可以适合其他团簇体系封端建模）


使用方法：
pymol打开碳纳米管xyz文件，
在控制台执行 run addH2graphane.py

鼠标选择需要加氢的C原（tips：按住shift可以拖拽框选），
在控制台执行:
select aaaaaa, sele
然后再执行
addH2graphane aaaaaa
（aaaaaa这个名字可以随便起）
原理是pymol默认的h_add会给C加上两个H，很头疼，我删掉其中一个H，把另一个H移动到C-H键长为1.08A的位置，并且两个C-C键关于C-H对称。
（理论上pymol是可以设置valence从而决定加氢行为的，愣是没找到详细说明。）