请问如何使用MCPB.py创建P450（Cpd Ⅰ）的拓扑文件呢

krebs · 发表于 Post on 2022-11-14 16:23:35

请问各位老师，我在尝试使用MCPB.py构建P450酶（CpdⅠ）该如何处理卟啉环中间铁上连的氧呢？我尝试将O单独拎出来当作配体，但是在antechamber后显示原子过少，无法生成mol2文件。

Lucas_xin · 发表于 Post on 2022-11-19 14:09:53

试一试用metalpdb2mol2.py把他当作离子处理

krebs · 发表于 Post on 2022-11-29 17:47:42

Lucas_xin 发表于 2022-11-19 14:09
试一试用metalpdb2mol2.py把他当作离子处理

谢谢老师！用metalpdb2mol2.py可以顺利地将其转为mol2文件！！

那年冬天风在吹 · 发表于 Post on 2025-8-28 08:58:44

krebs 发表于 2022-11-29 17:47
谢谢老师！用metalpdb2mol2.py可以顺利地将其转为mol2文件！！

请问氧的电荷你怎么输入的呢？-c 2-好像识别不了

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[Amber] 请问如何使用MCPB.py创建P450（Cpd Ⅰ）的拓扑文件呢