求助：SMD拉伸后如何选择关键帧来做PMF计算？

Nancylee0416

蛋白质复合物体系是通过比较有无抑制剂情况下拉动drug来判断需要能量差。把drug拉动约3.75nm从结合位置拉出跨膜蛋白，mdp设置如下：
nsteps      = 3750000    ; 7.5ns
pull_coord1_rate        = 0.0005
pull_coord1_k           = 1500


1.不知上述拉伸过程是否合适？
希望模拟拉伸过程，是不是在没有拉出蛋白的3.75nm以内也可进行分析？
2.调整k=3000，选择0.075nm等距采样50帧进行后续100psNPT平衡和500psPMF采样，不知是否正确？
其中查到k值越大，分布越窄，窗口应更密；
但我反复尝试调整k值从3000,5000,8000或者调整时长500ps，1ns，5ns都在PMF分析中缺少不同位置窗口距离。如下图。

3.考虑选择frame存在问题，自己修改sh文件，以获得固定间隔下的距离对应时间帧。
计算若以0.05nm间隔采样，时间会选择0，600,720,120,360这样非时间顺序的帧，以及后面同一时间帧。若按照这样的顺序采样，即将600ps设为frame2,120ps设为frame4，7040ps为frame34是否可行？
Center        Time_ps        Distance_nm
0        0        0
0.05        600        0.0534632
0.1        720        0.0953755
0.15        120        0.152575
0.2        360        0.202396
0.25        1340        0.251184
0.3        1440        0.300931
0.35        3100        0.352022
0.4        3000        0.400627
0.45        1560        0.445435
0.5        1580        0.50185
0.55        5000        0.550271
0.6        1720        0.597043
0.65        2920        0.648598
0.7        1840        0.701915
0.75        2760        0.753058
0.8        2820        0.798063
0.85        6740        0.845713
0.9        2580        0.903192
0.95        1960        0.954204
1        2080        1.00385
1.05        2020        1.05544
1.1        2200        1.09882
1.15        2240        1.15325
1.2        2480        1.22159
1.25        7040        2.11804
1.3        7040        2.11804
1.35        7040        2.11804
1.4        7040        2.11804
1.45        7040        2.11804
1.5        7040        2.11804
1.55        7040        2.11804
1.6        7040        2.11804
1.65        7040        2.11804
1.7        7040        2.11804
1.75        7040        2.11804
1.8        7040        2.11804
1.85        7040        2.11804
1.9        7040        2.11804
1.95        7040        2.11804
2        7300        1.99791
2.05        7040        2.11804
2.1        7340        2.09614
2.15        7220        2.15428
2.2        7440        2.24568
2.25        7440        2.24568
2.3        NaN        NaN
2.35        NaN        NaN
2.4        NaN        NaN
2.45        NaN        NaN
2.5        NaN        NaN
2.55        NaN        NaN
2.6        NaN        NaN
2.65        NaN        NaN
2.7        NaN        NaN
2.75        NaN        NaN
2.8        NaN        NaN
2.85        NaN        NaN
2.9        NaN        NaN
2.95        NaN        NaN
3        NaN        NaN
3.05        NaN        NaN
3.1        NaN        NaN
3.15        NaN        NaN
3.2        NaN        NaN
3.25        NaN        NaN
3.3        NaN        NaN
3.35        NaN        NaN
3.4        NaN        NaN
3.45        NaN        NaN
3.5        NaN        NaN
3.55        NaN        NaN
3.6        NaN        NaN
3.65        NaN        NaN
3.7        NaN        NaN

求助各位大佬，非常感谢！！！ 1extract_distance_sub.sh (2.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2025-12-29 12:22 上传 Uploaded

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student0618

Umbrella sampling的好处是哪个点采样不足直接补窗口就可以，不用全部重跑。

先看Histogram重叠，哪点缺了就补那个窗口。


btw 有些论点是protein-ligand体系的话，直接拉伸的umbrella sampling不足以采样"natural unbinding pathway"，可能要考虑一下相关的审稿意见。

FrancisCho

1、推荐在做SMD的过程中k常数可以设置得稍微大一些，这样移动距离更好地与模拟时间线性吻合；
2、推荐模拟窗口按照已发表文献设置，我做的方向一般采样要几纳秒；缺少数据可以将histo.xvg文件拖进Origin，全选绘数据图看看哪部分没有重叠；
3、我一般是使用gmx trjconv输出质心（我做的是离子穿过路径的PMF）的坐标，通过Python代码提取每一帧对应的z坐标及其对应的帧数，先通过gnuplot查看一下以帧数为横轴，z坐标为纵轴的曲线，然后再用Python设定每0.1 nm（我自己做的体系已发表文献常用窗口间隔）来提取z坐标对应的帧数，然后输出成对应的con*.gro文件，然后复制进US脚本内。