关于聚合物体系纠缠分析问题，求助相关Z1代码和相关资料

kimwyy · 发表于 Post on 2023-10-26 15:20:43

本帖最后由 kimwyy 于 2023-10-26 15:20 编辑

关于聚合物体系分析纠缠度，我看文献常采用原始路径分析和 Z1-code algorithm ，请大家能否分享一下相关代码和纠缠分析思路和相关理论解释。下面是相关文献关于纠缠分析的公式。

foging · 发表于 Post on 2024-4-22 14:29:15

你好，请问后来解决了吗，我找到了online的z1 code生成网站，但是上传网站要求的dump和data格式都无法识别

kimwyy · 发表于 Post on 2024-5-22 22:32:52

foging 发表于 2024-4-22 14:29
你好，请问后来解决了吗，我找到了online的z1 code生成网站，但是上传网站要求的dump和data格式都无法识别

你好，请参考文献“Kröger, M., et al., The Z1+ package: Shortest multiple disconnected path for the analysis of entanglements in macromolecular systems. Computer Physics Communications, 2023.”提供了z1+集成包。一、在linux系统里安装z1+；二、z1+ dump文件/data文件

StarryK · 发表于 Post on 2024-7-10 16:30:54

kimwyy 发表于 2024-5-22 22:32
你好，请参考文献“Kröger, M., et al., The Z1+ package: Shortest multiple disconnected path fo ...

你好，请问这种方法能用在全原子模型里吗？我目前尝试了用Z1+package去直接分析lammps格式的全原子模型的data文件，是会报错的。

kimwyy · 发表于 Post on 2024-7-21 19:46:36

StarryK 发表于 2024-7-10 16:30
你好，请问这种方法能用在全原子模型里吗？我目前尝试了用Z1+package去直接分析lammps格式的全原子模型的 ...

可以的，我不太清楚你报错的原因。（1）我一般会忽略氢原子ignore H。（2）如果是因为模型带支链需要处理一下，参考课题组的https://github.com/mkmat/Z1plus-code

Lisy · 发表于 Post on 2025-9-13 12:45:10

kimwyy 发表于 2024-7-21 19:46
可以的，我不太清楚你报错的原因。（1）我一般会忽略氢原子ignore H。（2）如果是因为模型带支链需要处理 ...

您好，请问这个代码能支持gromacs的轨迹吗

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