电解液模拟后中间有空洞如何解决

liuhao · 发表于 Post on 2025-10-9 09:41:29

本帖最后由 liuhao 于 2025-10-9 09:41 编辑

各位大佬，我在模拟两侧带有石墨电极的有机电解液体系。平衡阶段先升温到600 K，后降温至300 K。降温至300K后，两石墨电极中间的电解液部分出现一个空洞，不知这是为何引起的？阴阳离子以及溶剂分子的itp使用Sobtop生成，用的GAFF力场加RESP2(0.5)电荷。加石墨电极之前，电解液部分我在NPT下固定盒子的X和Y尺寸，Z轴加两个WALL，参考压力5.0 bar，退火设定300K至600K至300K，平衡5 ns。然后在此电解液两侧加石墨电极，用NVT模拟，石墨电极坐标固定。但是我模拟不带石墨电极的只有电解液的体系时，就不会出现空洞。请大佬帮忙分析分析，我应该如何处理，深谢。mdp和输入文件附上。

sobereva · 发表于 Post on 2025-10-9 14:19:18

石墨都固定了，当然导致中央区域的密度无法自发调节，初始密度偏低自然会导致出现空洞

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