用xtb做动力学模拟通过molclus进行构象搜索，无法重复出文献的最低能量构象

sai77 · 发表于 Post on 2025-9-22 13:50:11

按照社长的贴的流程《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索》，重复文献结构进行构象搜索，文献结构见下图，以及文献给出的最低能量构象坐标见附件minimum。

动力学模拟设置温度700K，时间200ps，步长2.0fs，共跑出4000帧。
再用crest -gfn0进行初筛，isostat排序后取了前500帧再用-gfn2优化，再排序，最终结果见附件cluster.zip文件。

我的疑惑是文献给出的最低能量构象在排序的cluster中大概处于最后几帧（第400多帧），也就是能量偏高的，后续进行DFT计算肯定会被排除在外。
我优化了cluster的前20帧，以及文献给的minimum结构，确实文献给的结构能量要低的多。为什么会出现这种情况呢？

KazusaT · 发表于 Post on 2025-9-23 00:11:49

为什么用700K这么高的温度，温度越高构象越平均化。并且700K下运动这么剧烈用的还是2fs步长。

sobereva · 发表于 Post on 2025-9-23 07:22:02

对比GFN2-xTB和靠谱泛函做DFT（别是诸如B3LYP这样算构象能量差很烂的）算的构象间能量差，如果你发现前者算的构象能量不理想导致真正低能量的被排到了后头，用其它理论方法做筛选，比如尝试GFN-FF、PM6-ML。或者GFN2-xTB仅作为预优化500个分子结构之用，其单点能都在DFT下算并排序（体系不大，算几百个不至于算不动）然后决定谁进一步用DFT优化

sai77 · 发表于 Post on 2025-9-23 16:08:03

KazusaT 发表于 2025-9-23 00:11
为什么用700K这么高的温度，温度越高构象越平均化。并且700K下运动这么剧烈用的还是2fs步长。

可是我用400K压根跑不出文献里的类似结构

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[Molclus] 用xtb做动力学模拟通过molclus进行构象搜索，无法重复出文献的最低能量构象

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