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[GROMACS] 纯蛋白模拟结束后数据分析问题平衡起点怎么选取:RMSD/Rg/氢键变异系数低但整体单调

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各位老师好,我目前是纯蛋白质模拟,是四聚体,模拟了120ns,70ns-120ns整体的相对变化值较低,标准方差比平均值都在5%以内,但是整体来看是单增或单减的,没有上下回落。这是为什么啊,还没有达到平衡状态吗,还是就是正常的,我该选取哪一段时间进行分析啊


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发表于 Post on 2025-9-27 02:25:34 | 只看该作者 Only view this author
对后期每隔10-20 ns取一帧,在VMD里做align,绘制成结构叠加图便知道是什么情况,如果确实未平衡可以解释是什么形式的结构变化导致的。可以再跑50 ns观望
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-27 08:29:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-27 02:25
对后期每隔10-20 ns取一帧,在VMD里做align,绘制成结构叠加图便知道是什么情况,如果确实未平衡可以解释是 ...

好谢谢老师,我试一下

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