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[GROMACS] 求助:关于计算SASA比较溶解度的疑问

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各位老师,我想通过gromacs计算比较不同聚合物链在有机溶剂中的溶解度,请问可以通过计算SASA来进行比较吗?溶解度低则算出来聚合物链的SASA会比较小,还是说SASA中的溶剂只能是水呢?

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发表于 Post on 2025-9-26 03:47:35 | 只看该作者 Only view this author
光靠SASA完全不能分析溶解度大小
诸如两个聚合物SASA都正好一样,一个带的极性基团多,一个是纯烃链,显然前者在水中的更容易溶
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-26 09:03:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-26 03:47
光靠SASA完全不能分析溶解度大小
诸如两个聚合物SASA都正好一样,一个带的极性基团多,一个是纯烃链,显然 ...

那应该怎么衡量比较两种聚合物在有机溶剂中的溶解度呢?

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发表于 Post on 2025-9-26 09:31:36 | 只看该作者 Only view this author
Lisy 发表于 2025-9-26 09:03
那应该怎么衡量比较两种聚合物在有机溶剂中的溶解度呢?

寻找经验预测公式,算出描述符代入。最严格的是用GROMACS跑分子动力学模拟
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-26 10:14:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-26 09:31
寻找经验预测公式,算出描述符代入。最严格的是用GROMACS跑分子动力学模拟

卢老师,我就是想用gromacs来跑模拟的,但不知道能怎么去很好地比较,目前我只想到也许能比较不同聚合物和有机溶剂的相互作用能,rdf这些,不知道还有没有其他量可以更直接地比较

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发表于 Post on 2025-9-27 01:20:05 | 只看该作者 Only view this author
Lisy 发表于 2025-9-26 10:14
卢老师,我就是想用gromacs来跑模拟的,但不知道能怎么去很好地比较,目前我只想到也许能比较不同聚合物 ...

从文献里找找有没有相关的参数定义,没有的话就凭基本逻辑定义能说事的指标并自己写脚本统计,虽然没法得到严格的溶解度,但至少能衡量溶解性的相对大小,比如聚合物分子几埃内水的数目或者其它聚合物的原子数、平均每个聚合物分子与水的接触面积占聚合物面积百分比,等等。显然如果溶得充分,聚合物分子会尽可能充分与水接触。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-27 11:15:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-27 01:20
从文献里找找有没有相关的参数定义,没有的话就凭基本逻辑定义能说事的指标并自己写脚本统计,虽然没法得 ...

好的,太感谢卢老师了!

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