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[波函数分析求助] IRI图像中描述化学键的等值面不分离是什么原因?

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各位老师好,我在做IRI分析弱相互作用时,得到的图像不太美观,图1为优化后的结构,如图2、图3所示,IRI中描述化学键的等值面不分离,无法像图4中sob老师展示的那样漂亮。请问这是什么原因导致的呢?备注:几何优化使用的软件是cp2k,附件为.xyz和.inp文件,希望各位老师可以解答疑惑,谢谢。 2h2o.inp (9.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 3) 2h2o.xyz (4.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2025-10-7 05:49:47 | 只看该作者 Only view this author
8成是被绘制的函数没选对之类Multiwfn操作上的问题
先确保能重复出来IRI官方教程的例子
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-7 09:13:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-7 05:49
8成是被绘制的函数没选对之类Multiwfn操作上的问题
先确保能重复出来IRI官方教程的例子
使用IRI方法图形 ...

谢谢sob老师,我再去尝试一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-7 10:22:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-7 05:49
8成是被绘制的函数没选对之类Multiwfn操作上的问题
先确保能重复出来IRI官方教程的例子
使用IRI方法图形 ...

sob老师好,我可以重复出来例子中的图像,但是自己的体系还是不行。难道是精度不够,对体系的电子密度描述不够准确吗?

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发表于 Post on 2025-10-7 15:38:14 | 只看该作者 Only view this author
正常啊。算出来的。

202510071535479144..png (580.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202510071535479144..png

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发表于 Post on 2025-10-8 07:19:35 | 只看该作者 Only view this author
1194875530 发表于 2025-10-7 10:22
sob老师好,我可以重复出来例子中的图像,但是自己的体系还是不行。难道是精度不够,对体系的电子密度描 ...

5L都能算出来,怀疑你是不是改了settings.ini什么东西,后来忘记改回默认的了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-8 14:59:15 | 只看该作者 Only view this author
logzzz 发表于 2025-10-7 15:38
正常啊。算出来的。

好的,谢谢您,我再仔细检查一下文件。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-8 15:00:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-8 07:19
5L都能算出来,怀疑你是不是改了settings.ini什么东西,后来忘记改回默认的了

好的,谢谢sob老师,可能是这个原因,我好好检查一下我的文件。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-8 17:46:01 | 只看该作者 Only view this author
logzzz 发表于 2025-10-7 15:38
正常啊。算出来的。

您好,您方便提供一下molden文件吗?我做了以下尝试还是不行:1、重新安装multimfn、VMD软件后绘图。2、直接使用了您的inp文件重新进行了计算,重新做了图,还是没有用。所以想用您的molden文件再做一个尝试。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-8 21:57:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 1194875530 于 2025-10-8 21:58 编辑
logzzz 发表于 2025-10-7 15:38
正常啊。算出来的。

我发现一个奇怪的点,我用您的输入文件计算单点能时,电荷设置的是0(图1),但是输出的molden文件导入multimfn中显示的却有132个电荷(图2),不知道是不是这个原因?那么出现这个现象的原因又是什么呢?希望能够得到各位大佬的宝贵意见,谢谢。

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发表于 Post on 2025-10-9 12:08:40 | 只看该作者 Only view this author
1194875530 发表于 2025-10-8 21:57
我发现一个奇怪的点,我用您的输入文件计算单点能时,电荷设置的是0(图1),但是输出的molden文件导入mu ...

http://sobereva.com/651  
没有正确设置有效电荷。请参考sob老师的博文。正确设置后就正常了。



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发表于 Post on 2025-10-9 12:12:46 | 只看该作者 Only view this author
logzzz 发表于 2025-10-9 12:08
http://sobereva.com/651  
没有正确设置有效电荷。请参考sob老师的博文。正确设置后就正常了。

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... cp2k%2B%BD%C5%B1%BE
我有回复过别人,因为有的时候我设置Nval字段不好使,我自己写了一个处理molden文件的脚本,你可以参考。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-9 18:09:02 | 只看该作者 Only view this author
logzzz 发表于 2025-10-9 12:08
http://sobereva.com/651  
没有正确设置有效电荷。请参考sob老师的博文。正确设置后就正常了。

好的,非常感谢您。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-9 18:09:39 | 只看该作者 Only view this author
logzzz 发表于 2025-10-9 12:12
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=45020&highlight=cp2k%2B%BD%C5%B1%BE
我有回复 ...

好的,谢谢。我去学习学习。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-9 19:22:56 | 只看该作者 Only view this author
1194875530 发表于 2025-10-9 18:09
好的,非常感谢您。

问题已解决,谢谢两位老师的指点。

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