公社群聊Q&A整理：2016.11.18 06 ~ 2016.11.20 19 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-4-20 02:30:20

本帖由 @978142355 整理

相关概况可阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html
十分欢迎一起校读聊天记录并发布：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5208
用于检索聊天记录全文的程序可见：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5207

暂无全文附件

本次附件（附件内容与下文一致）：

2016.11.18 06 ~ 2016.11.20 19 Concate.txt (45.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

2016.11.18 05:54:42
Q:
我的文章有电荷计算，审稿意见说为什么ADCH 电荷要写6位小数。请问这个我该怎么回答？
我投的是一个化工类的杂志
或者把小数位改一改？
A:
Woo 三位就够。六位的话甚至数值误差都可能影响到这种程度
----------------------------------------------------
2016.11.18 06:06:10
Q:
[图片]老师，我使用gaussian进行频率分析计算，总是出现这一报错。网上搜索，发现这是由于内存不够造成的。我是否应使用%mem=增加内存吗？
谢谢老师。我发现文件夹中不知什么原因出现一个1.3G的core文件。那我应该清理垃圾是吗？
[图片]
谢谢老师。我清理一下，再修改一下关键词。
老师，我由于关键词写错了，将用于单点能计算的关键词写到了优化和频率分析中。我使用了int=ultrafine，scf=novaracc，是否这两个关键词会消耗很多计算资源，导致计算超出计算能力？
谢谢老师推荐。我在公社里看到有人讨论nbo计算开壳层体系的分子轨道问题，就想问一下。
A:
novaracc对freq的耗时影响可忽略不计，int=ultrafine对频率计算耗时增加可能有几分之一甚至一两倍，但不会领计算资源使用量有任何增加
----------------------------------------------------
2016.11.18 06:24:14
Q:
请问能做EDA分析的都有哪些软甲？
A:
这里写了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
----------------------------------------------------
2016.11.18 06:25:53
Q:
各位前辈好，高斯画图建模时的实线和虚线代表的意思是什么？
下面是否正确？
[图片][图片]
万分感谢！！！
好的，谢谢前辈！[表情]
A:
字号绝对不得超过12，发言前先看群共享里群规
----------------------------------------------------
2016.11.18 06:29:03
Q:
请问老师，我在用opt freq pm6初步优化下面的配合物结构时，出现了“SCF Done: E(UPM6) = -0.974934595699 A.U. after 129 cycles
Convg = 0.1102D-04 -V/T = 0.9977
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 1.5000 <S**2>= 5.9726 S= 1.9945
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE=-4.227158770918D+02 PE=-1.624024520457D+04 EE= 8.161805798108D+03
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 5.9726, after 7.6752
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in d:\software\G09\l502.exe ”的错误，请问是自选污染导致的结果吗？可以用什么办法消除
[图片]
行，我试试。顺带再问一句，半经验方法可不可以用于初步优化金团簇的结构，比如说下图中的结构
A:
跟自旋污染没有任何关系。如果初始结构太烂，也容易不收敛。
----------------------------------------------------
2016.11.18 06:44:19
Q:
sob老师，我想问下如何计算原子电荷，加和成片段电荷呢
文献中给出的是电荷转移的百分比，不知道和老师您说的是不是一回事~
谢谢老师啦~
A:
片段里有哪些原子就把哪些原子的原子电荷加和就完了
----------------------------------------------------
2016.11.18 06:56:09
Q:
卖萌君老师，你好，我想问一下，我之前在优化激发态分子结构的时候，因为优化完，忘记算频率了，然后就用这个结构我就接着，算一下步质子转移的，结构，，，，然后，又接着做了一系列的运算，可是后来发现，我最初的优化的激发态结构，有虚频，那么我想知道，我后面以它为基础算的东西还能用吗？
可是，我后面的，没有虚频啊。
就是都得重算对吗？
A:
看你接下来具体怎么做的，和这个有虚频的结构之间具体有什么关联。否则没法说
----------------------------------------------------
2016.11.18 06:57:56
Q:
老师有空可以帮学生看一下我发的问题吗？希望老师帮忙提提建议和批评谢谢老师啦链接：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4484
恩我和小卒老师也在讨论可能是体系太大的问题但是他曾经用他开发的TD-analy分析过更大体系的分子，他比较自信他开发的软件，哈哈，我们先听听各位老师们有什么建议，整理一下思路，谢谢您啦，也等待着sob老师有空的时候给看看啦谢谢老师今天给我解决那么多问题非常感谢
[表情]学生也会努力跟大家学习将来为论坛和群内伙伴们解答疑问
A:
我从来不用那个程序也不知道那个程序是干嘛的，无法评论。如果相同的功能Multiwfn能做就用multiwfn做，速度远比python写的快得多
----------------------------------------------------
2016.11.18 08:06:17
Q:
老师：您好！用AdNDP 搜索多中心键，是不是当搜选出候选轨道的后，都要进行0，把这些轨道选出来，把轨道对密度的贡献去掉。例如我进行1C-2e搜索后，发现有21个轨道故对电子的轨道[图片]，然后还剩下66.01个电子[图片]然后我选0 取出这21个轨道，电子还剩下24.39e[图片],此时我在进行2C-2e搜索，发现有15个轨道[图片]，然后我在选0，发现剩下电子为-4.5e
[图片],/撇嘴，感觉这样应该不能在进行3c-2e搜索了。出现电子为负的原因是？是我选2C-2e轨道的时候轨道选多了吗？这样扣除的电子也就多了。于是我有在2c-2e中只选取了1-12，这12个轨道，此时还剩下这样的3个轨道，[图片]，电子还剩0.73e,[表情]，感觉这样应该不能在进行3c-2e搜索了。
这样还能进行3C-2e搜索吗？文献中说的是3c-2e键，我想重复一下，老师，以上是我的操作，您觉得我的不妥之处是？望指正，谢谢··[表情]
A:
为负是因为你一下子取出的15个轨道之间有电子共享，你都分别取出来，就高估它们占据数了。而且这些轨道的占据数明显也不是简并的，最低的都只有1.75，明显不能此时就一下子取出来
你取前12个还差不多，但建议还是按照占据数简并的顺序取，比如图中前两个占据数一样，先取前两个，然后再继续取，别嫌麻烦。
----------------------------------------------------
2016.11.18 08:06:17
A:
自带的NBO 3.1不支持，>=5.0才有。可以让高斯产生.47文件，再用论坛里5.0/6.0的GENNBO运行
----------------------------------------------------
2016.11.18 10:31:59
Q:
请问sob orca tddft里transition densities是什么意思？和difference densities有什么区别
还有orca里的每一个激发态下的weight和高斯里的意义一样吗？
A:
i,j两个态跃迁密度即|i><j|。看Multiwfn手册3.21.1节的理论介绍
跃迁密度矩阵还能以不同方式图形表现，比如手册4.18.1节的例子用等值面表现，也可以直接把跃迁密度矩阵元作图
绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁
http://sobereva.com/136
一样
Q:
一样的话也是权重平方加和为0.5
A:
细节和习俗问题而已，物理意义一样
----------------------------------------------------
2016.11.18 14:21:34
Q:
请问gmx的通知什么时候出
A:
初级量化班结束后就会出
----------------------------------------------------
2016.11.18 16:49:56
Q:
请问初级班还有名额吗？
还想问下动力学培训什么时候开始，2个培训离的太近不好向老板申请[emoji]
A:
1月14日~22日之间某一天开始，还没定
----------------------------------------------------
2016.11.18 16:53:24
Q:
不是要在笔记本下虚拟机安装gmx么，希望能早点出安装指南，想先熟悉一下该软件
A:
提前一个月出
----------------------------------------------------
2016.11.18 16:59:58
Q:
老师，Gaussian09计算出错，error 1103是怎么回事？[图片]
A:
组成二面角的原子排成了直线。拿这个结构继续优化
----------------------------------------------------
2016.11.18 17:26:51
Q:
ECD的计算值可以上下移动吗？
[图片]
A:
单独弄一列，对数值进行加减即可
----------------------------------------------------
2016.11.18 17:59:37
Q:
老师，.47文件怎么产生
A:
pop=nboread
末尾空一行写$NBO archive file=c:\ltwd $END就得到了ltwd.47
Q:
在linux下怎么算.47文件呢？我算完了，找不到.47文件
A:
不是已经回复过了
file后面写产生的路径就完了
----------------------------------------------------
2016.11.18 18:01:24
Q:
请问在MS中一系列CB，VB上的电荷密度分布怎么得到？
[图片]
[图片][图片]请问我优化IH分子，出现收敛失败，请问是怎么回事，我后面这个赝势基组是在EMSL上下载的
用的是aug-cc-pvtz-pp
A:
Gery 你只定义了赝势基组没定义赝势，不收敛很正常
----------------------------------------------------
2016.11.18 18:27:21
Q:
各位大虾，我看到有人对结构优化和单点能计算用不同方法和基组。这样得到的能量有意义吗？
貌似优化用的水平低一点，节省计算量
A:
合理
Q:
能不能回答的稍微详细一点
A:
极小点位置对计算级别的敏感度低于能量
----------------------------------------------------
2016.11.18 18:34:42
Q:
[图片] 虚频这么小是不是可以当做没有虚频呢
A:
除非虚频牵扯的原子不是你当前研究的问题感兴趣的原子，否则显然不能忽略
----------------------------------------------------
2016.11.18 18:38:32
Q:
老师，我想问一下，我算出来过渡态，也只有一个负频，进行IRC路径分析，forward结果大部分和过渡态差不多，或者打开显示没有算完或者出错的结果forward到了吸附态，reverse到了产物，只算了40多步，我看文献算出来的过渡态就是我想要的，可是forward和reverse一直不对，老师怎么解决呢
A:
看不懂
Q:
我算出来过渡态，只有一个负频，进行IRC路径分析，可是forward和reverse一直不对，过渡态看起来是对的
A:
那叫虚频不叫负频
IRC走出来不对说明过渡态没找对，除非是走IRC过程碰到一些技术问题没能真正正确产生
----------------------------------------------------
2016.11.18 18:42:51
Q:
对于镧系，如果把4f放到赝势里面，那考虑体系自旋多重度时候是不是就可以不考虑4f上的单电子了？
比如老师刚才举的例子，三价Dy，用MWB55，孤立态4f95s25p6，因为4f放进赝势了，所以自旋多重度为1？
A:
整个体系自旋多重度和这个没关系
整体的自旋多重度该怎么设怎么设，只不过根据被计算的体系中估计的镧系原子所处的电子结构来选
----------------------------------------------------
2016.11.18 18:44:15
Q:
老师，又来请教您了。**.trj格式的输入文件如何制作啊？先谢过了。
A:
ATK、Nanodcal、SIESTA、ALACANT之类大抵合你需要
trj不是一种明确的格式，说清楚是什么程序的
Q:
老师，MS forcite, input file
seedname.xtd and associated Input\seedname.trj*, Trajectory document containing the input structures for Geometry optimization or Dynamics calculations.
A:
不知道。跑完动力学看看文件夹里有没有.trj
Q:
经过老师的提点，我已经安装上了MS，准备使用forcite。但是我不知道MS的输入文件如何制作，手里只有pdb,cif,log等文件。
A:
你就直接用MS图形界面调用forcite就完了
----------------------------------------------------
2016.11.18 18:47:49
Q:
老师还有初级班的名额吗
一直是自己算的，特别想学习一下
A:
没名额了，等来年吧
----------------------------------------------------
2016.11.18 19:33:37
Q:
请问老师，
波兹曼分布体现了：分子的平动能级+分子内振动能级+轨道能级，而且主要体现轨道能级。
可以这样说吗？
A:
这么说不恰当，也忽略了转动
而且轨道本来就是单电子近似的产物，没有物理实景。应该说不同的电子态的能量
Q:
嗯
分子的平动能级+转动能级+分子内振动能级+轨道能级，而且主要体现轨道能级。
书上说轨道能级是最大的
平动能级和转动能级最小
A:
分子能级=平动能级+转动能级+振动能级+电子态能级
一般情况下这四项能量差依次增加
Q:
哦，看来我记反了。
A:
没反
----------------------------------------------------
2016.11.18 20:45:52
Q:
[图片]
使用这样的冗余坐标，是表示这几个原子激活，其它的原子冻结，然后进行优化，对吗?
A:
不是，这只是把它们从冻结恢复成可优化
默认所有原子都是可优化的
----------------------------------------------------
2016.11.18 20:52:51
Q:
amber里面用CPU并行计算，核数的设置，是否需要考虑超线程，我[图片]我按物理核数设置，显示只用了50%
A:
就应该当前这样
Q:
您的意思就应该是50%？
A:
对
Q:
明白了，谢谢
并行效率很低哈，呵呵，我之前20核的机器，和现在40核的机器，效率基本没区别。
A:
虽然你也可以测试利用全部逻辑核心的速度，可能比当前快也可能比当前慢，跟具体情况有关，不过快也就快百分之十几
----------------------------------------------------
2016.11.18 21:01:56
Q:
假设这里我们要考察138.1754 nm的那个峰的成份。于是在spectrum_curve.txt里找到与这个波长对应的那一行，内容为
138.17536 4667.80738 0.14608 310.33658 4272.69585 2.31729 0.00000
其中4667.80738显然就是这个峰的高度。第4列（S0->S3）贡献的值为310.33658，第5列（S0->S5）贡献的值为4272.69585，因此我们就可以说138.1754 nm的峰包含了310.33658/4667.80738=6.65%的S0->S3成份，以及4272.69585/4667.80738=91.53%的S0->S5成份。
Sob老师，从这边是否还可以看出：第3列0.14608为S0->S2，第6列2.31729为S0->S11？因为第4列（S0->S3）贡献的值为310.33658，第5列（S0->S5）贡献的值为4272.69585
A:
可
----------------------------------------------------
2016.11.18 21:18:53
Q:
[图片]sob老师，这个是ELF等值，是共价键明显还是离子键明显
A:
ELF最好用填色图，比等值线图清楚得多
判断这个最好还是作能量密度图，一般原子间如果是能量密度负值就可以姑且当成共价作用（此处对应配位作用）
----------------------------------------------------
2016.11.18 22:00:42
Q:
老师们请问我这个读取chk文件的是不是写的有问题自己不知道如何解决了还请各位老师指点一二[图片][图片]
A:
别写geom=check
要么删掉坐标
Q:
guess=read就行了对吗sob老师
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.18 22:28:50
Q:
因为SCI-HUB可以下不敢在群里发，我在另外一个群里发了，求到啦。
谢谢哈
A:
Lee 没事，只要截个图证明确实因为网络原因而加载不出来，群里求完全可以。打击对象是不看群规导致不正确使用sci-hub，甚至根本懒于用sci-hub的人。
at错了
----------------------------------------------------
2016.11.18 22:29:13
Q:
老师，请问使用multiwfn绘制电子密度差图与计算原子NPA电荷相比，哪一个更加准确，更有说服力？因为一个体系，我使用NPA电荷分析一个化学吸附过程，发现电荷转移少的体系相互作用竟然更强，于是感觉原子电荷转移量分析不是很靠谱，打算绘制电子密度差图。
A:
显然电子密度差图更直观确切。相互作用和电荷转移量没必然关系。
Q:
老师，请问电子密度差图可以分析较强相互作用如化学吸附过程吗？您在帖子中提到电子密度差图可以分析弱相互作用。
A:
可
----------------------------------------------------
2016.11.18 22:40:28
Q:
请教一个问题，我想结合高斯+Ambertools 拟合一个石墨烯片层的力场参数，石墨烯片层如下所示，我想在高斯计算的时候固定原子的坐标进行优化（首先：固定原子坐标进行优化做力场拟合是否可行，其次是如何进行坐标的固定操作），谢谢!
[图片]@Sobereva
A:
看具体怎么做。但无论如何边缘必须用氢饱和
----------------------------------------------------
2016.11.18 22:43:42
Q:
请教一个问题，优化完的结构如何确定两个原子之间有无氢键(Cl和H)
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
用AIM或RDG方法
----------------------------------------------------
2016.11.18 22:52:35
Q:
请老师帮我看一下，我的这个任务总是在这个地方就结束计算了，有哪位老师帮我看一下是为什么
A:
6核算178原子TDDFT，慢慢等着吧
还是20个态
----------------------------------------------------
2016.11.18 23:15:24
Q:
[图片]
请问老师，这个是什么意思？
A:
甭管
无视
----------------------------------------------------
2016.11.18 23:15:24
Q:
[Jc210 try]$ g09 test000.com
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /home/Jc201/prog/g09d01/g09/scratch/Gau-13741.inp
In source file ml0.f, at line number 195
--- traceback not available
Aborted (core dumped)
按如上方法装，运行出现如上错误：
[图片]
该如何处理啊，是go9d
我运行了 chmod 750 －R *
都是可执行文件，还是如上错误。在i7上没问题，就是在双路服务器上出此错误。
[图片]M11算激发态，为什么语法上通不过呢
A:
版本太老
----------------------------------------------------
2016.11.18 23:29:38
Q:
sob老师，您好，我想请教一个问题，想用Multiwfn做一个电子激发后的激发态与基态的密度差图，需要用到基态下的波函数和第一激发态的波函数，我在高斯09里，1:首先用X3LYP/6-311G**水平进行了构形的优化，然后直接用formchk得到基态下的.fchk文件，2：利用优化好的构形在相同水平下直接做激发态计算，关键词设TD，density。3，直接写了关键词# guess＝（save only naturalorbitals）chkbasis进行了计算，4：将chk文件转化成了fch，5，
改了第一行为saveNO，得到激发态的波函数，然后利用Multiwfn分析CT，为什么得到的转移电荷正部分为很大数，负部分为零？哪里出现了问题？求指导～
A:
直接用.wfn/.wfx做密度差图，比用fch省事多了
----------------------------------------------------
2016.11.19 00:43:39
Q:
请教各位老师，如果计算出两个反应的反应能垒相差2kcal/mol，想要说明一个反应需要的反应温度高，另一个反应需要的反应温度低，要怎么进行讨论？能不能再结合动力学反应速率进行讨论？
A:
用过渡态理论，计算达到同样的k时需要的T。势垒越高需要的T越大
----------------------------------------------------
2016.11.19 00:53:23
Q:
sob老师您好，是用阿伦尼乌斯方程来计算吗？您有相关的学习资料吗？
A:
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
----------------------------------------------------
2016.11.19 01:06:19
Q:
各位老师，在做gamess的时候关于Ca的体系不往下计算是怎么回事儿？
[图片]这是输入文件
A:
看具体提示
----------------------------------------------------
2016.11.19 01:10:15
Q:
用的是Centos6.6, 是以前装的系统了。
A:
你确保GAUSS_SCRDIR指向的目录确实已经存在，并且有读写权限
----------------------------------------------------
2016.11.19 02:14:43
Q:
嗯，但是想简单了解下背后的原理，只是机械的换基组和泛函，感觉有些黑匣子。
A:
基组看群共享里基组入门资料小合集
泛函原理看原文
----------------------------------------------------
2016.11.19 02:39:06
Q:
同样的Mg就可以算出来
是不是Ca用gamess计算要加赝势基组呢？
A:
可能对Ca没有定义
Q:
没有定义是不是就能算了呢
A:
EMSL上找定义以自定义方式输入
----------------------------------------------------
2016.11.19 02:42:27
Q:
请问sob老师，[图片]我应该看什么？
A:
--------Markdown Markdown--------
看自由能垒
弄清楚自由能和焓、内能的关系自然就懂了
----------------------------------------------------
2016.11.19 02:51:37
Q:
[图片]sob老师，您好，图片是我用wfx文件做的基态和激发态下的电子密度差，只有一个绿色的部分，没有蓝色的电荷流出，请问该如何解释呢？还是我做错了？
A:
做得不对
Q:
/冷汗请教下老师，是哪里出现了问题？该如何修改啊？
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
照里面例子做
----------------------------------------------------
2016.11.19 03:20:42
Q:
除了genesis能下载电子书，其他还有网站么，因为我的书在这个里面没有找到
A:
ebookee
Q:
好的老师我试下
还是没有是不是因为16年刚出版所以没挂上去
A:
很多书根本就没有电子版
----------------------------------------------------
2016.11.19 03:53:33
Q:
sob老师查了一下还是没太明白，他们三者之间的关系是指G=U-TS+PV=H-TS么？如果选择自由能垒低的作为反应最优路径我又怎么去解释这条路径的焓变势垒和内能势垒高的问题呢？我还看到帖子说只有自由能垒为正值时才是真正意义上的过渡态，这点又是怎么理解的呢？还麻烦sob老师给学生指点指点迷津[表情]
A:
焓能垒高而自由能垒低，显然是熵变把不利因素抵消了
----------------------------------------------------
2016.11.19 04:04:08
Q:
[图片]请问各位大神老师，为什么有的文献中GAMESS能量分解后，要将交换能与排斥能加在一起分析呢？
A:
为了便于讨论
----------------------------------------------------
2016.11.19 04:04:11
Q:
请问结构优化时用的b3lyp/6-31+G，计算单点能时用QCISD/6-31+G 可以吗？
A:
不可以。
DFT用的基组不加极化就已经恶心极了，更别提QCISD了
这种不堪入目的基组下QCISD结果往往比B3LYP还差
----------------------------------------------------
2016.11.19 05:40:03
Q:
请问老师在用Multiwfn得到激发态的ELFpaiCube文件时，是该选αpai轨道还是选βpai轨道啊，怎么选呢@Sobereva
/呲牙
/疑问
A:
公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/356
根本不用选什么alpha或beta轨道。TDDFT产生的激发态波函数文件里的自然轨道是不分自旋的，就看轨道特征
因使用过大字号，已扣3分。扣满12分移出本群，详见群共享里群规
----------------------------------------------------
2016.11.19 05:46:52
Q:
请问，为什么高斯link0设定了使用6000MB内存，但实际算freq到3000M整就不再占用了？
OA：
设置8000MB的时候就是占用4000MB
12G
Q:
但是不能调用10G以上，也就是实际值5G以上啊
我试了会报错= =
删了...那我改天再来问吧...
谢了哈
OA:
嗯
A:
正常。无影响
该占用多少占用多少，本来不需要占那么多的情况当然不会非得去占用满你设的%mem
----------------------------------------------------
2016.11.19 06:59:07
Q:
请问老师安装Multiwfn时出现这个问题是？[图片]
A:
这哪是问题，分明是正常的提示，仔细阅读屏幕上的内容
并且仔细看
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
----------------------------------------------------
2016.11.19 07:21:35
Q:
The theoretical
approach is based on density functional theory (DFT),[4,5] in combination with the hybrid B3LYP
functional,[6] together with a relativistic pseudopotential for Au.[7] The pseudopotential basis set and
the all‐electron basis sets for the other light elements (H, C, S, P) were of cc‐pVDZ quality for all
systems. 请大家帮忙看看，这个描述的输入文件的基组部分是不是这样?
Au 0
cc-pVDZ
****
C H O N Cl 0
6-31+G*
****
Au 0
cc-pVDZ
The theoretical
approach is based on density functional theory (DFT),[4,5] in combination with the hybrid B3LYP
functional,[6] together with a relativistic pseudopotential for Au.[7] The pseudopotential basis set and
the all‐electron basis sets for the other light elements (H, C, S, P) were of cc‐pVDZ quality for all
systems. 请大家帮忙看看，这个描述的输入文件的基组部分是不是这样?
Au 0
cc-pVDZ
****
C H O N Cl 0
cc-pVDZ
****
Au 0
cc-pVDZ
之前打错了
哎，不懂啊。我不知道怎样体现那个relativistic effect for Au
这个基组gaussian里没有，我得加进去
A:
明显不对
Au用cc-pVDZ-PP赝势基组，定义去EMSL上拷
其它的才是cc-pVDZ
参见
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2016.11.19 10:29:13
Q:
为啥最近ACS的文章都有个ORCID[图片]
A:
）为了给每个作者都有一个唯一的标识，免得有重名时候分不清
----------------------------------------------------
2016.11.19 11:43:34
Q:
请问论坛下载的amber16，能用pmemd么？练习用，不发表
A:
能
----------------------------------------------------
2016.11.19 15:14:51
Q:
我只有一个gtx650 ti，看到amber16里pmemd没有列出支持这显卡。
还有请问安装gpu版时，前面单行版，cpu并行版，gpu单行版都需要依次安装，make test么？还是解压后直接安装gpu版呢
A:
依次安装
----------------------------------------------------
2016.11.19 15:39:36
Q:
[图片]
用Multiwfn绘制 Spin polarization parameter 导出cube文件，导入VMD时无法读取volumetric data，报错如上图，Multiwfn自带的GUI显示正常，没找到原因。相关文件传群共享了
Multiwfn是最新的dev
A:
末尾有NaN NaN NaN NaN
可能是因为自旋极化参数函数的分母为0导致的
可以把settings.ini里的expcutoff设为1重算试试。还有这个问题的话干脆手动把NaN替换成0
----------------------------------------------------
2016.11.19 16:24:51
Q:
[图片]这些邮件怎么回事？
A:
如果不是自己订阅的也不想收到，点击举报垃圾邮件就完了
三天两头地发
----------------------------------------------------
2016.11.19 16:34:14
Q:
老师 origin作图默认生成的图例都是纵向的可以改成横向的嘛
[图片]
想给它变成横向
A:
字号别超过12
[图片]
Q:
perfect 老师谢谢你[表情]
A:
谢我就把字号改小
----------------------------------------------------
2016.11.19 17:27:02
Q:
我先用forcite优化，在用b3lyp/6-31g(d)可以吗？
A:
还不如用半经验优化
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
大体系经常牵扯弱相互作用，如果色散作用明显，B3LYP没法直接用
----------------------------------------------------
2016.11.19 17:31:45
Q:
请问，用高斯的G2或G3方法计算时，如果中间停了，怎么续算呢？
这和一般续算的输入文件相似吗，比如加关键词 geom=allcheck guess=read？谢谢~
A:
G3(restart) geom=check
Q:
好的，还用加guess=read吗？
A:
不加
----------------------------------------------------
2016.11.19 17:35:27
Q:
老师，fchk（大小50M）使用multiwfn会自动退出
是我电脑问题么
A:
如果是linux版，一定要按手册2.1.2节的说明先进行配置
检查.fchk文件是否完整，比如用文本编辑器打开看末尾是否有截断现象
Q:
win下，老师
[图片]老师这样应该是有截断现象？怎么破？
A:
重新转换，别急着把窗口关了
----------------------------------------------------
2016.11.19 17:35:27
Q:
好的，老师，是在方法部分写成 G3(restart) geom=check 就可以了么？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.19 17:41:39
Q:
请问用什么关键词可以在高斯里使用sdd+2f基组？
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
自行找俩f的指数，按照博文里的方式加进去
----------------------------------------------------
2016.11.19 18:13:52
Q:
Sob老师，进行IRC路径分析时输入文件的maxcycle=1000，maxpoint=100，scf=(maxcycle=300，这些参数值设多大怎么考虑呀，算的结果对不对和这些参数有关系吗
irc干嘛把scf设那么大
从哪儿抄来的？小木虫？
师姐给的，太大了，那正常应该多少呢，maxcycle和maxpoint值正常吗
A:
典型的以讹传讹
Q:
point是irc跑不到目标的时候才用的没必要一开始用啊
A:
maxcycle甭设
没特殊目的也甭改maxpoint
Q:
知道了，非常感谢
用这个关键词算了好多了，一直错，我再试试，谢谢老师
A:
仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
----------------------------------------------------
2016.11.19 18:40:14
Q:
sob老师，您在论坛上有关于选择泛函的帖子吗换句话说就是有没有对于各种泛函的优缺点的分析的帖子，谢谢sob老师
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
----------------------------------------------------
2016.11.19 18:41:37
Q:
麻烦请教下：materials studio中如何测量两个层间的垂直距离，前提是层间没有两个原子的连线是垂直平面的
A:
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178
Q:
非常谢谢老师。可是我想知道的调节material studio中层间距离
A:
按博文里调完了再导入不就得了
程序哪可能考虑得那么周到
----------------------------------------------------
2016.11.19 18:44:10
Q:
请问，对P用SDD（d）,“d”的指数是[图片]里[图片]的[图片]这个吗？/擦汗
A:
否
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
不会用就用lanl08(d)
Q:
哦，谢谢老师。老板指定用sdd(d),我在琢磨琢磨吧
A:
怎么给原本赝势基组加极化博文写了，自行去找(d)的指数加上就完了
找不着就问你老板
----------------------------------------------------
2016.11.19 19:03:50
Q:
请问sob 老师 B2PLYPD3方法在G09上书写格式是怎么样的？
A:
直接写啊
Q:
算不了
A:
版本太老
Q:
额好吧
A:
[图片]
违规一次，已记录
Q:
[表情]大博士一天真是操碎了心
A:
解答问题之余，还老得跟大字号、求sci-hub能下的文献、用禁语行为作斗争
----------------------------------------------------
2016.11.19 19:34:35
Q:
[图片]
请问这是DFT的什么分支呀？
A:
wb97xd是常用的带色散校正和长程校正的泛函
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
----------------------------------------------------
2016.11.19 19:58:27
Q:
老师，在RDG中有没有办法可以做出只显示片段（分子）间弱相互作用而不显示片段（分子）内部的弱相互作用？当片段太大时会显得比较乱
A:
看此文2.8节
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
----------------------------------------------------
2016.11.19 20:14:15
Q:
谢谢。这个反应是我从介绍自由基反应的书籍截取下来做练习的，是真实存在的。书上介绍了机理的基本情况，β氢转移到另一个自由基，过程中生成两根键，断裂一根键。所以根据机理，我也只想到了这一种过渡态的初猜结构[表情]。。请问还有什么别的可能吗？
/衰我昨天猜想也是相对位置不合适，所以做了很多的调整，但是都没有成功。这才想说请各位经验丰富的老师指导一下，相对位置如何调整会比较准确？我也再多试一下好了，谢谢你/可爱
A:
柔性扫描一下C-H距离来帮助提供过渡态初猜
----------------------------------------------------
2016.11.19 22:59:22
Q:
func1 和func2 哪个对应这里的RDG.cub 老师？@Sobereva
[图片]
A:
func2
----------------------------------------------------
2016.11.19 23:16:30
Q:
想算一下自由基清除，解离焓量子化学一般用什么关键词啊？
A:
分别计算整体和解离后的片段的焓，相减
Q:
我想在B3LYP方法在6-311G(d,p)基组水平下计算，还要添加什么关键词才会计算它的解离焓啊？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.19 23:41:48
Q:
[图片]
[图片]
这个文件gauss可以产生吗
我看说明书中4.100.8能量分解的那一节
A:
不用高斯产生还用什么产生
[图片]
Q:
这个要另存是吧
$nbo plot file=anisole resonance e2pertb=0.1 nbosum $end
后面要加上这个？
A:
写这些干嘛，手册里哪提了
手册里写得足够详细了，手册里怎么写就怎么做
Q:
普通的输出得到是chk和log文件啊
A:
log=out
----------------------------------------------------
2016.11.19 23:45:39
Q:
大博士，为什么这次只招65人？
A:
考虑到参加初级班的零基础居多，基本操作一丁点不会，得手把手教，所以人数上限比较少。人多了照顾不过来
----------------------------------------------------
2016.11.19 23:47:05
Q:
请教各位老师，亲核取代反应中，对于基态复合物A--B，如果计算出复合物A--B的HOMO LUMO gap越小，是不是说明HOMO LUMO重叠越多，越易发生反应？
A:
和重叠无关。而且也不是考察得复合物的gap，要考察也是考察单体的
----------------------------------------------------
2016.11.19 23:48:56
Q:
Sobereva老师，我对一些体系进行单点以及NMR计算，其中有一个体系不收敛，强制收敛后，发现NICS的值明显不正常，对于该体系没有别的办法得出NICS的值？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
没有什么所谓的“强制收敛”
----------------------------------------------------
2016.11.20 00:37:19
Q:
SCF Done: E(UB3LYP) = -158.338360750 A.U. after 13 cycles
NFock= 13 Conv=0.24D-08 -V/T= 2.0108
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.0000, after 0.0000
请问各位老师，log文件输入如上，是否说明这次迭代波函数已经收敛到了非自旋极化状态？
明白了，谢谢！
那个S**2是什么意思呢？
您说的Mulliken charges and spin densities只在log文件的开始和结尾存在呀，如何看sob老师说的“除非优化到某步时波函数收敛到了非自旋极化状态”（http://sobereva.com/82）？@LiYuanhe
A:
明显不是自旋极化状态
Q:
谢谢老师，判断方式是用那个s**2吗？
A:
是
0明显是闭壳层单重态
Q:
好的，谢谢老师。在找双自由基反应的过渡态时，太容易收敛到非自旋极化状态上了/衰。老师有没有什么好建议避免这个问题？
A:
你先拿那个结构用stable测测到底基态是否是自旋极化单重态，还未必是呢
Q:
可是一直收敛不到合适振动方式的过渡态，怎么拿过渡态的结构用stable测呢？
A:
和振动方式有何关系
就拿你当前的结构测
如果找过渡态过程没用always记得用always
Q:
您是说拿过渡态的初猜结构测？
好的，我加上always
A:
y
Q:
原来是这样，我还以为要找到过渡态的准确结构才能测。我试试。谢谢老师。
A:
如果初猜结构本身就是闭壳层状态，不用always的话，即便过渡态是开壳层状态，也会从一开始延续下去闭壳层状态
----------------------------------------------------
2016.11.20 01:07:43
Q:
[图片]
这里是选n还是y
A:
效仿CH3NH2的例子
Q:
没写啊手册上
A:
群共享里《广义化的电荷分解分析(GCDA)方法》还有博文里都说明了翻转的含义
何来没写？？？
[图片]
写得清清楚楚
Q:
好的我看的是说明书我赶紧下下来看看
谢谢
A:
这就是说明书
Q:
[图片]
A:
[图片]
Q:
我看的是这个里面的4.100.8那节
A:
贴这个干吗
----------------------------------------------------
2016.11.20 01:12:44
Q:
[表情]软件名字不要胡乱写，是Multiwfn
A:
+1
----------------------------------------------------
2016.11.20 01:29:10
Q:
老师，请问柔性扫描能在一个gjf里面写3个键么？
A:
可
Q:
老师，3个键的扫描之间需不需要一个空行隔开呀？
A:
不
----------------------------------------------------
2016.11.20 02:04:29
Q:
Eigenvectors of the stability matrix:
Eigenvector 1: 3.000-A Eigenvalue= 0.0406474 <S**2>=2.000
17A -> 18A -0.68885
17B -> 18B 0.68885
SavETr: write IOETrn= 770 NScale= 10 NData= 16 NLR=1 NState= 1 LETran= 28.
The wavefunction is stable under the perturbations considered.
The wavefunction is already stable.
老师，stable测出来如上所示。请问s**2=2是一种什么情况？另外后面的Mulliken charges and spin densities的spin部分
全为0。
A:
甭管这里的s**2=2
当前说明闭壳层本身就是基态
字号不要超过12
----------------------------------------------------
2016.11.20 02:22:27
Q:
哦，这样啊，好的谢谢老师
那有相关的如何续算的办法或者网址之类的吗？这个盘不够用，用另一个盘的
A:
【链接】Gaussian09FrequentlyAskedQuestion
----------------------------------------------------
2016.11.20 03:48:47
Q:
CCSD(T)是先收敛了CCSD再计算(T)吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.20 04:58:24
Q:
[图片]
[图片]
sob老师，在SDD基组网页上，找到Nd的ECPMWB28赝势基组，这里有个guess，点开后说是ANO基组的初猜，请问这个该怎么使用呢？
A:
用SEG
----------------------------------------------------
2016.11.20 04:59:11
Q:
菜鸟找过渡态，请问B和D代表的意思是？
[图片]
A:
公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/356
不知道有什么用就甭写它
----------------------------------------------------
2016.11.20 05:21:26
Q:
[图片]
[图片]
/流泪
额......好吧
好的
可以吗
[图片]
A:
用“好吧”、“额”，做句子开头，还发超大表情刷屏，扣6分，扣满12分就踢。详见群共享里群规。
----------------------------------------------------
2016.11.20 05:32:38
Q:
请问打开VMD的时候少了一个对话框，怎么把它打开呀？
[图片]
这个对话框
[图片]
请问怎样可以让它重新出现呀？
A:
命令行窗口运行这个试试menu main on
----------------------------------------------------
2016.11.20 06:42:17
Q:
那老师为什么1G不出错，1.5就出错呢
是啥原因呢
A:
写1500MB准不报错
----------------------------------------------------
2016.11.20 07:01:45
Q:
@【传说】LiYuanhe老师您好！能不能请教您一个问题：对于过渡金属配合物，哪种方法可以算准中心金属上的电荷布局？
冒昧的问一下：结果比NBO更准确吗？
@【传说】LiYuanhe前辈您好，能问一下：用Multiwfn计算Hirshfeld或LOBA复杂吗，以前没有接触过，老师您那里有没有相关的教程？
多谢前辈指教
各位前辈大家好！再次打扰多有冒犯：能问一下：用Multiwfn计算Hirshfeld需要的chk文件是气相优化的fchk还是溶剂校正的fchk?
A:
气相和溶剂下结构一般差异很小。但气相和极性溶剂下的原子电荷会有一定差别，实际是什么环境就用什么环境的fch
Hirshfeld电荷计算例子看4.7.1，LOBA看4.8.4
没有几个计算化学程序手册写得像multiwfn这么良心，不会的在手册里搜，原理和例子都有
----------------------------------------------------
2016.11.20 07:59:16
Q:
sob老师编写的fch2wfn.exe，能将服务器计算得到的.fchk文件转换为.wfn文件吗
A:
能
Q:
想使用wfn格式进行ELF分析
好的，谢谢
[图片]ELF的这种图是怎么做出来的
A:
看multiwfn手册4.4节的例子
----------------------------------------------------
2016.11.20 16:30:08
Q:
老师，用Multiwfn，载入.31和.37文件文件之后就出现[图片]接着进行不了下一步了，请问老师这是怎么回事？
A:
8成是文件有毛病
检查文件里有没有星号出现
或者压缩后上传我看看
Q:
好的老师，我检查先
麻烦老师了
A:
@ 案我刚在multiwfn主页上重新更新了3.4(dev)，你下载试试，应该没问题了
----------------------------------------------------
2016.11.20 17:18:33
Q:
另外，高斯所支持的双杂化方法，貌似只看到B2PLYP和mPW2PLYP，特向社长确认一下，它不支持DSD-BLYP或者PWPB95?
A:
两种基组都支持
其它两种双杂化用法见
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
----------------------------------------------------
2016.11.20 17:50:31
Q:
谢谢社长，我明白，自定义基组，至少是都能实现的，以前好像看到过，手册里直接写的QZVP是指def-QZVP，我在想直接写def2-QZVP，高斯认吗
A:
def2QZVP认，看手册
----------------------------------------------------
2016.11.20 17:53:35
Q:
sob前辈您好！能不能请教您一下：用高斯pop=Hirshfeld算出的结果和multiwfn（Hirshfeld电荷计算例子看4.7.1）用方法1算的结果不同是不是高斯算的有问题？
A:
Hirshfeld结果取决于自由原子密度，选取得不同结果会有差异
Multiwfn是肯定合理的
Q:
sob前辈您好！multiwfn（Hirshfeld电荷计算例子看4.7.1）中方法1和2哪个更合理？
A:
本来定义就有任意性。图省事就选1，结果没问题
Q:
sob前辈您好！能不能再麻烦您一下：bader布局分析和Hirshfeld对于过渡金属配合物哪个更准一些？pop=bader是不是就可以用高斯算bader布局分析？
A:
哪来的pop=bader
bader布居应叫做AIM布居，计算方式在multiwfn手册4.17.1节有例子
没事甭用这个，特耗时还没好处，相关讨论在群共享里《原子电荷计算方法的对比》里讨论很详细
----------------------------------------------------
2016.11.20 18:06:36
Q:
[图片]sob老师，这怎么找3个yes对应的结构？我看了结果文件，不知道怎么找了。[表情]
A:
直接gview里看优化过程中能量和受力曲线，找最低的
图中点哪个点就会切换到哪一帧
----------------------------------------------------

复制代码

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2016.11.18 06 ~ 2016.11.20 19 Concate

评分 Rate

浏览过的版块