公社群聊Q&A整理：2016.11.20 19 ~ 2016.11.23 06 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-4-21 17:27:02

本帖由 @978142355 整理

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2016.11.20 18:14:34
Q:
老师们打扰了我在碳纳米管表面修饰金属原子需要用什么基组来优化呢，还需要加赝势基组吗？
A:
看具体什么金属啊
Q:
老师 Pt需要吗
A:
显然要
lanl2TZ或lanl2TZ(f)或SDD
Q:
好的谢谢老师就是那个gaussian输入文件不太会输入，交上作业老报错
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.11.20 18:41:16
Q:
老师：您好！请问，这个是说图片一张一张的编号上传吗？还是上传单独一个word文档。里面包含了这种格式的多种图片呢？[图片]谢谢
A:
一张张单独上传
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2016.11.20 19:15:23
Q:
[图片] 老师，图中圈起来的是反应物和产物，想找反应的过渡态，请问能否通过扫描相关键长的方式进行初猜啊？（如果要扫的话有4根键需要扫）
A:
显然这不是一步的过程。如果光是脱水成环到可以扫C-X或H-O试试
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2016.11.20 19:27:30
Q:
[图片]这是一个成键反应的势能面扫描
请问我能不能取出两端的点以及最高点做QST3 计算
OA：
这里两端的点不是完全优化的反应物和产物
而是扫描曲线中靠近最高点的部分
A:
可以
Q:
那这个方案和直接取出最高点做TS计算会不会有点优势啊？
A:
优势不大
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2016.11.20 19:40:04
Q:
各位前辈好！我刚接触Multiwfn，没有一点基础，能不能请教一下：[图片]计算Hirshfeld时，没法调用高斯，是高斯路径不对还是输入文件有错误？#T out=wfn UM06l/6-311++g** scrf=(pcm,solvent=generic,read) eps=9.18
Temporary file for promolecule, UM06l/6-311++g** scrf=(pcm,solvent=generic,read) eps=9.18
0 3
Ti 0.0000000E+00 0.0000000E+00 0.0000000E+00
wfntmp\Ti.wfn
A:
你就用自带的原子密度多好
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2016.11.20 20:03:07
Q:
[图片]
老师，这句话的意思是用不同基组计算时候的平均偏差吗？
A:
看具体表格啊
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2016.11.20 21:44:57
Q:
[图片]LOL图中怎么看出是什么原子，或是说怎么确定哪一个区域是那个原子
A:
后处理菜单有选项显示原子标签，可以设距离平面多少以内的原子都显示标签
你做的图距离原子都太远，显然默认不显示标签
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2016.11.20 23:23:52
Q:
老师，单点计算这样写CCSD(T,maxcyc=100) (T1Diag)/aug-cc-pvtz总显示有误，是不是循环次数和t1检验有冲突？
A:
CCSD(T,maxcyc=100,T1Diag)/aug-cc-pvtz
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2016.11.20 23:31:37
Q:
各位老师想问一下，MPWB1K这个方法有人用过吗？跟b3lyp相比有什么优势吗
A:
甭用这东西
非主流
值得用的这里都提了
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
Q:
有文献能印证一下吗？审稿人问我为什么不用这个MPWB1K
A:
凭什么用这个
Q:
只问为什么不用这个完全没提觉得可以用这个的理由？
A:
Truhlar组之前搞过一大堆乱七八糟的泛函，包括这个，然而真正性能好、存留下来被广泛使用的只有M06系列，还有PW6B95之类少数的可圈可点。MPWB1K这个破泛函早就被埋汰了
这些破泛函看着都恶心
[图片]
按照剃刀规则对DFT大清洗，先拿这些开刀
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2016.11.21 00:04:12
Q:
sobereva老师，明年初级、中级、高级班什么时候举行，我想参加，是否可以提前预约或备案？今年刚读上博士，得进修。
A:
明年不会有高级班，后年才可能有。也没有中级班，但基础班有很多内容属于中级内容。
时间没定，初级班和基础班估计明年上半年会有。没法提前预约。只要平时注意群里和论坛里的消息就肯定不会错过。
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2016.11.21 00:09:50
Q:
我问个问题，gaussian 真的是八核最快吗？
A:
不是。核数更多还能更快，但并行效率越来越低
Q:
好吧，上次有个群友说是8核最快
没具体测试过，来问问大家
A:
注意看群共享里群规
自行看测试http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=581
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2016.11.21 00:20:05
Q:
[图片]sob老师，LOL，我想把红色圈的那部分也显示出来，怎么设置
就是左边有一部分未显示出来
A:
设定作图平面时候加大延展距离
仔细看界面上的选项
Q:
好的，我详细看一下
[图片]
还是不太明白哪一个选项可以加大延展距离
A:
[图片]
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2016.11.21 02:34:22
Q:
我想请问一下，我本来想寻找O-H之间的过渡态，但结果发现是算出来的虚频对应的是苯环的转动，不知道怎么回事？谁能解释一下[图片]
另外我想固定苯环之前的转动，不知道在寻找过渡态时如何固定部分原子，能不能给个例子看一下？谢谢
A:
重新调整初猜
Q:
我调整了好几次，搜出来的都不是O-H之间的过渡态，固定苯环的转动不行吗？@Sobereva
A:
固定那个根本没用
化学直觉不行所以初猜给不好
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2016.11.21 02:40:31
Q:
sob老师计算双描述符是要计算A原子得失一个电子状态，请问这gview里面怎么构建输入文件呢~
[图片]
A:
输入文件里改电荷和自旋多重度就完了
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2016.11.21 02:56:50
Q:
sob老师这是我增加激发态算的过程中死掉了截图，两次出现这个结果，但是没有提醒错误是什么，您看这种问题如何解决呢？
A:
如果每次都这样，8成是bug，就甭用DEMin了，折腾一番时间反倒浪费得更多。
Q:
那学生该如何在原来的基础上做改动计算呢，您有什么建议（这是个双层的酞菁类分子，原子个数达到600多个）吗？
A:
非常见bug只能问客服
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2016.11.21 03:29:10
Q:
请问各位老师，NIST Chemistry WebBook中给出的分子结构坐标是真实分子的空间3D图吗？直接拿来做理论计算行不 [图片]比如这个分子和自己构造的不一样，怎么办？
A:
别信那个
Q:
哦谢谢sob老师
A:
往往只是根据二维结构图根据简单的方法粗略构建的三维模型
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2016.11.21 03:52:24
Q:
请问老师高斯09是不是还不支持pm7算法
A:
支不支持看手册，不用问
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2016.11.21 04:44:06
Q:
请问gaussian最新版有没有RI-DFT加速？
A:
有
Q:
感觉没有Turbomole或者ORCA做得好
A:
显然
形同虚设
Q:
请问gaussian的ri是什么关键词
A:
基组后面加/auto或者密度拟合基组名即可
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2016.11.21 05:42:28
Q:
老师，请问一下，IRC路径分析forward和reverse分别接近吸附态和产物，但不是和吸附态以及产物完全一致，可以认为IRC路径验证正确吗
还有算出来的的产物要进行下一步吸附是用reverse算出来的产物结构吗
A:
可以
拿那两边的点进一步优化才能得到产物和反应物的结构
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2016.11.21 07:12:50
Q:
请问老师，您的orca文件夹里面的版本是否已经加入了openmpi啊？还需要单独安装openmpi吗？[图片]
哪位大师知道win 下orca环境变量如何设置？
A:
一下不就知道。何况不管用不用单独安装，你不都得下载ORCA
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2016.11.21 16:52:20
Q:
各位老师好，请教一下：反应物是双自由基，计算设置开壳层；产物是两个分子，计算设置闭壳层；过渡态用stable分析了，应该是闭壳层。那么请问，在IRC计算中应该设置成开壳层还是闭壳层呢？
A:
开壳层
Q:
谢谢老师，那计算IRC也得加上guess=(mix,always)这样的关键词吧？
A:
y
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2016.11.21 17:05:10
Q:
老师：您好！请问对于修改稿来说，在file uplosd那有一个是”response to reference”，在submission第一步那有一个是"view and respond to decision letter"这两个在上传材料的时候的区别是？谢谢！我的decision中有审稿人的意见还有编辑的意见，[图片] ！会不会是把编辑意见和审稿人意见分开来传呢？
第一个给审稿人。。。第二个给编辑的吧
A:
对编辑和对审稿人的回复在两个地方都传，不会有问题。
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2016.11.21 17:09:49
Q:
请问老师，G4计算很费时吗？
A:
费
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2016.11.21 17:09:58
Q:
谢谢，请问老师：您是说这两个地方传的是一样的吗？
A:
y
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2016.11.21 17:10:59
Q:
已经1天1夜了一直停留在l913
您好请问sob老师,出现优化时出现这样的错误该怎么办[图片]这个是输入文件[图片]
垃圾关键词真不少
A:
无法直视
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2016.11.21 18:00:56
Q:
计算A吸附于B物质的作用，在找吸附位点稳定性对比的时候，用能量来对比重的能量是Sum of electronic and zero-point Energies吗？
A:
自由能
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2016.11.21 18:10:09
Q:
各位老师，想问一下，在计算激发态时不太明白电子密度差（Electron density difference）和电荷差异密度(Charge difference density)这两个是同一个概念么？
A:
[图片]
Q:
现在对这两个概念弄得有点糊涂，能详细说一下么？或者您能否给推荐些资料学习一下@米豆豆
A:
看第7条
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
Q:
谢谢sob老师，我还是不太明白Electron density difference和Charge difference density它们有什么区别，各表示什么意义？
A:
Charge difference density=不良用词
Q:
看到一些文献有用Charge difference density的用法的，你的意思是它们两个表示的是同一个意思？
A:
稍微一动脑从原理上一想不就知道了
Charge difference density=审美不好的人对Electron density difference的叫法
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2016.11.21 18:44:34
Q:
老师，我用M06-2x计算有机体系（大概50个原子左右）之间的弱相互作用，用6-311++g**和6-31g*，哪个合适？
A:
6-311+g**
Q:
加大弥散和极化是不是精度提升不高但会很耗时？
A:
否
极化和弥散要加得合适
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
仔细看完就明白了
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2016.11.21 18:47:05
Q:
Ultra-thin nanosheet assemblies of graphitic carbon nitride for enhanced photocatalytic CO2 reduction - Journal of Materials Chemistry A (RSC Publishing)
http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2016/ta/c6ta08310b#!divAbstract 请问有谁帮我下载一下这篇文献，谢谢
A DFT study of planar vs. corrugated graphene-like carbon nitride (g-C3N4) and its role in the catalytic performance of CO2 conversion - Physical Chemistry Chemical Physics (RSC Publishing)
http://pubs.rsc.org/-/content/articlelanding/2016/cp/c6cp02453j/unauth#!divAbstract 有谁帮忙下载一下这篇文献，谢谢
A:
你已于2016-Sep-16求过sci-hub能下的文献，并予以过警告，今日又求
[图片]
Q:
哦哦，不好意思
A:
已扣满12分
扣满12分理应按照群共享里群规踢出
念在近几个月有一定发言量，给最后一次机会，下次再求绝对严格执行群规
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2016.11.21 18:50:36
Q:
老师，基础培训班大概什么时候
A:
明年上半年
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2016.11.21 18:52:56
Q:
老师，请问下，动力学培训只教linux系统下的吗？
A:
是
Q:
Sob老师还是挺有人性化的
A:
培训前会给个教程演示怎么在windows下装linux虚拟机跑gmx
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2016.11.21 18:54:34
Q:
请问老师，高斯E.01适用的gcc版本是什么啊？我现在用的5.3，提示太高；以前用的3.4，提示太低
A:
4.x应该能运行
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2016.11.21 18:59:25
Q:
老师，您好，量子化学初级培训班的报名费已交，交完费用需要加入哪个QQ群呢？@Sobereva
A:
之后会有人回复你邮件，里面写着
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2016.11.21 19:02:36
Q:
老师，有个小问题想请教您。对于您开发的molclus程序很有兴趣，打算购买，但是就是纠结于发文章的时候审稿人认可与否？
A:
[图片]
那就看是否碰见奇葩审稿人了
Q:
这个软件是破解版吧？
A:
又没加密，何谈破解
Q:
我记得有人问我有没有multiwfn破解版
A:
现在newbie说话往往不过脑子
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2016.11.21 19:32:49
Q:
请问老师，我用opt freq bp86/gen pseudo=read 计算下图中的最优结构和能量可行吗？[图片]
图有点大师希望看清楚些，无意刷屏
是
A:
写明具体基组
需要用-D3校正
Q:
Au 用的是lanl2dz,C H O N 用的是6-31（d，p）
A:
勉强可以
Q:
那也就是说有更合适的基组？是需要将计算金的基组加大？
A:
lanl2TZ
Q:
嗯，好的，谢谢
老师，再请教一下，有没有可以对刚刚我说的金团簇—氨基酸结构粗算的方法，用来作为DFT计算前的初优化。惭愧，我没能找到范例
A:
BP86-D3/6-31G* with Lanl2DZ这已经是底线了
再低只有半经验，但对这种体系很难靠谱
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2016.11.21 19:57:33
Q:
/鼓掌
BP86这个泛函合适吗？
A:
合适
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2016.11.21 19:59:29
Q:
老师用multiwfn进行能量分解用两个碎片合成新的输入文件的时候第一个碎片后这个选y/n[图片]
A:
看具体体系
打断单个共价键的话，第一个n第二个y，为什么去看CDA的CH3NH2的例子
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2016.11.21 20:22:01
Q:
老师，我按照您的提示在win下安装了 OpenMPI，可是orca 还是不能并行，请帮我分析一下，先谢过了
[图片]
A:
把你执行ORCA用的命令贴出来
Q:
[图片]
A:
并行计算时候要写orca的绝对路径，而且输出文件前头写>
Q:
老师，我使用了您的输入方法，输出结果如下，我的并行数是4：[图片]
A:
继续等着，正算着
Q:
[图片]直到结束还是这样的提示。但是Out文件显示正常结束。。。[图片]直到结束还是这个警告
[图片]
请问老师，为什么会产生这种情况？还是不用理它就行
A:
都正常结束了还想怎么样
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2016.11.21 20:56:10
Q:
请问用Nvida显卡GPU计算时，需要设置双精度浮点吗？还是程序自己会要求显卡按照双精度来计算？
我有个游戏卡，双精度能力只有单精度能力的１/30.　不知道用这种游戏卡算的结果可靠不可靠。不考虑计算速度
A:
由程序决定
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2016.11.21 21:08:53
Q:
NBO一般是使用HF方法么，可以使用各种密度泛函方法去观察二阶稳定化能么
A:
当然可以
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2016.11.21 21:39:40
Q:
请问发文章时自己没版权，能把有高斯版权的人写入致谢里面而不写在作者行列里面可以吗？
不是超算，就是普通台式机算的，可以这样只写入致谢不呢？
A:
不行
Q:
那可以把有版权的人写在作者行列的最末吗？@Sobereva
A:
可
----------------------------------------------------
2016.11.21 23:55:02
Q:
用multiwfn进行能量分解用两个碎片合成新的输入文件的时候在原子坐标后面有一串关于电子的描述文件 5(E16.5)
-1
! Alpha orbital: 1 Occ: 1.000000 from fragment 1
0.55166E+00 0.46985E+00 -0.72000E-03 0.74000E-03 0.00000E+00
0.11670E-01 -0.18000E-03 0.17000E-03 0.00000E+00 -0.69800E-02
0.14100E-02 -0.13600E-02 0.00000E+00 0.17000E-03 0.00000E+00
0.00000E+00 -0.10000E-04 -0.29000E-03 0.20000E-04 -0.70000E-04
这个要去掉吗
A:
显然不能
----------------------------------------------------
2016.11.22 00:37:38
Q:
你和　晴天火炬(2064678802) 　什么关系？
老师，做过渡态优化。
[图片]这是总能量优化曲线
[图片]这是反应坐标优化曲线。
有戏吗？
A:
结合轨迹考察
光看这个希望不大
Q:
是不是能量的优化曲线有问题？
A:
看具体情况，有时候还用过渡态结构当初始结构之类
----------------------------------------------------
2016.11.22 00:41:47
Q:
如果分子处于振动激发态上，还存在振动光谱吗？
A:
振动光谱是对分子而言的，不是对某个振动态而言的
Q:
对分子而言而不是对某个振动态而言是什么意思呢
我是这么想的：常温时绝大多数分子处于振动基态，用红外光照射，会得到振动光谱，不同的波长会激发不同的官能团的振动激发，从而产生红外吸收。如果在分子处于振动激发态上还没来得及驰豫回基态时，再来一束红外光，就产生从低振动激发态向高振动激发态跃迁引起的吸收，就又会有振动光谱。
是不是从低振动激发向高振动激发跃迁通过红外光照射这一物理过程不存在？
就是无论什么波长的红外光都不可能产生这样的激发
A:
存在
----------------------------------------------------
2016.11.22 00:45:04
Q:
sob老师，我下使用MS forcite搜索构象，用于molclus，不知道选取哪一个做，特来请教老师。
[图片]
A:
forcite本身搜索不了构象
跑动力学显然是第三个
----------------------------------------------------
2016.11.22 01:31:43
Q:
您好！我用multiwfn分别做AIM和RDG，发现某区域AIM有条bond path的起点很奇怪，在某BCP点和一原子中间，终点连接另一原子；而RDG分析这一区域则出现了大片的稀疏的羽毛状作用。从主观分析，这儿应该是有些范德华力。那1) AIM的结果是正常的吗？2)保留还是去除AIM的异常结果？讨论如何讨论为宜？谢谢！
A:
看等值面图
AIM就甭管了
----------------------------------------------------
2016.11.22 01:55:48
Q:
老师，自由能面上有没有可能过渡态比反应物能量低呢？
A:
可能
Q:
老师，这样的话速率能正常用过渡态理论计算么？
A:
不能
Q:
谢谢老师，那这种情况有什么方法可用于计算速率常数么
A:
轨迹方法
或者变分过渡态理论
----------------------------------------------------
2016.11.22 02:01:15
Q:
老师，过渡态后面的中间体是对应的forward～opt吗
A:
是
----------------------------------------------------
2016.11.22 02:19:47
Q:
谢谢老师
用multiwfn进行能量分解用两个碎片合成新的输入文件的时候
#p b3lyp/6-311g(d,p) nosymm iop(3/32=2) pop=full guess=cards
可以去掉 pop=full 要加上IOp(3/33=1,3/32=2)吗？我看例子文件中把
guess=cards也去掉了，但是我算了去掉guess=cards后能量差的很大？
A:
严格按照例子去做
把自带的例子重复一遍
需要改的地方在例子里都会提到，没说要改的不要改
----------------------------------------------------
2016.11.22 02:24:01
Q:
ccsd(t)做opt需要加其他的关键词吗？
A:
不用。但被优化的变量必须用变量形式表示
----------------------------------------------------
2016.11.22 02:24:40
Q:
老师，再请教一下您。我导入了.xyz的轨迹文件，VMD显示不出来，不知道咋回事，中间就只有一个点，看不见我的分子。谢谢！
[图片]
A:
按=让视图居中，还看不到在graphics-representation里调节显示方式
----------------------------------------------------
2016.11.22 03:31:50
Q:
请问老师，计算NICS（1）使用文献的方法和坐标得出14.0750 文献是14.17 [图片]我使用的计算# tpssh/6-311+g** nmr
请问老师，我哪个地方出现错误了@Sobereva
A:
很接近，何必追究
也许是程序版本之类原因
----------------------------------------------------
2016.11.22 03:46:24
Q:
请问从哪里能找到lanl2dz的详细描述？
A:
EMSL
或者原文
----------------------------------------------------
2016.11.22 03:52:32
Q:
[图片]
单点能的时候出现l913错误，我加大了maxcycle循环次数也还是出现l913错误，请问有什么好的解决办法？谢谢！
A:
看收敛趋势，CCSD收敛有戏的话再加大
你明显maxcyc没加对，默认就是50圈
[图片]
Q:
CCSD(T)/6-31+G(d') Geom=AllCheck Guess=Read scf=maxcycle=2
000
A:
可耻的scf=maxcycle=2000
----------------------------------------------------
2016.11.22 04:12:31
Q:
最近回复CCL的回信怎么老是被退信……
居然被CCL加入黑名单了
A:
y
Q:
是因为你上次的回信么
5.7.1，据说是CCL防垃圾邮件采取的措施
A:
你到CCL主页上发信即可
----------------------------------------------------
2016.11.22 04:17:25
Q:
[图片]老师作图时不进行这一步能行吗？为什么要忽略某些原子的贡献呢
A:
为了示例
当然可以，举一反三
----------------------------------------------------
2016.11.22 04:30:46
Q:
小体系的含I物质适合用什么基组？
Lanl2TZ
A:
lanl08(d)
----------------------------------------------------
2016.11.22 04:46:44
Q:
老师A B 优化成C，但是不知道到底是不是最后能量最低的那一个怎么办不敢确定在所有的位置中是不是最优的怎么办
就像两个丙三醇有好几种放置的位置，怎么确定就是最可能的位置进行计算优化呢
A:
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
----------------------------------------------------
2016.11.22 04:57:05
Q:
大宝博士，我用的是无线，如何知道自己的IP呢？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.22 04:58:54
Q:
老师我需要购买molclus，给您邮件了，没有回复。
A:
一天只回复一次邮件
----------------------------------------------------
2016.11.22 05:10:10
Q:
我中毒了计算NICS（1）的那个我下了文献的版本发现结果还不一样。。
A:
直接找作者要输入输出文件
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2016.11.22 05:14:45
Q:
请教各位老师我想模拟硫酸镁溶液在一定浓度下的振动性质我在一个硫酸镁分子周围添加若干水分子如果我用pcm 介电常数该怎么设置呢？是否可以直接设置成水的？
A:
只用隐式溶剂模型便够了
仅写个scrf关键词即可
Q:
老师的意思是不用加水分子介电常数直接默认为水的?
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.22 05:23:59
Q:
老师键级的相关文章在哪里呢
键级的定义什么的
A:
multiwfn手册3.11节
这里也介绍了一些键级
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239
----------------------------------------------------
2016.11.22 05:27:02
Q:
老师做CDA的时候出现这样的错误[图片]，应该怎么输入
A:
不都给了example
仔细看提示
Q:
我是按照例子来的
结果做到这里就出现了这个
A:
写得多清楚！
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.22 05:45:46
Q:
geom=modela是啥意思，我在高斯手册上没找到
A:
查03的手册
没什么用
----------------------------------------------------
2016.11.22 05:45:46
Q:
老师，虚频和过渡态有什么关系@Sobereva
A:
几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=105
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
----------------------------------------------------
2016.11.22 05:45:46
Q:
老师，您好!win下，我使用molclus调用orca的时候，是不是不能并行？提示错误
老师，哪儿有高斯所有关键词的总结
提示如下：
[图片]
A:
RTFM
确认.ini文件里orca_path路径写对了，而且isys设对了
Q:
哪一节[表情]
A:
花一天时间解决不了再问
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
----------------------------------------------------
2016.11.22 05:54:25
Q:
老师，您好!win下，我使用molclus调用orca的时候，是不是不能并行？提示错误
A:
能
----------------------------------------------------
2016.11.22 06:32:26
Q:
老师，有没弱作用相互作用能大小的划分范围？区分范德华力、氢键等谢谢老师
A:
不是靠能量来划分的。大面积pi-pi堆积作用能赶得上化学键
----------------------------------------------------
2016.11.22 06:42:34
Q:
在ＯＰＴ或者ＴＳ中，可不可以设每Ｎ步计算一次ＨＥＳＳＩＡＮ？
A:
不可
----------------------------------------------------
2016.11.22 16:58:10
Q:
[图片]老师我将高斯优化好的结构用VMD打开怎么将其转化为xyz格式的文件啊
A:
保存成.gjf，自行改成.xyz的标准格式
----------------------------------------------------
2016.11.22 17:10:39
Q:
社长，LBO与BDE之间的相关性，除了manual里面举的例子，还有做更多别的测试么？
A:
LBO原文
----------------------------------------------------
2016.11.22 17:14:11
Q:
老师我用Multiwfn做CDA分析的时候，做出来的图是这样[图片]，有个问题就是Frag.1的124号轨道变为了空轨道，实际frag.1的轨道为最高占据轨道，不知道这个是怎么回事？谢谢
A:
没具体情况没法说，说不清楚就把文件打包传上来，包括具体操作过程
Q:
好的
具体的操作就是按照你博文中的例子来的
A:
Na应当作为Na+来计算，更接近于实际状态，而且闭壳层状态好讨论
用fch文件作为CDA输入的时候根本不用写sp nosymm pop=full iop(3/33=1,3/32=2)
nosymm 得写
Q:
那个Frag1是开壳层
A:
所以让你当闭壳层来算
Q:
好的
A:
还有，不要geom=allcheck，你当前片段和复合物笛卡尔坐标都不对应
Q:
好的
还有一个问题就是我想知道[图片]这个图中Frag1的124号轨道，complex的129，130号轨道，Frag2的6号轨道的能量，这个应该怎么看？
A:
输出文件里就有
或者multiwfn载入fch在主功能0里看轨道能量
----------------------------------------------------
2016.11.22 17:46:20
Q:
请问SCS-MP2方法的输入语句怎么写呢
A:
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
字号不要超过12
----------------------------------------------------
2016.11.22 18:01:24
Q:
[图片]一直震荡，似乎没什么希望收敛了，是不是应该果断kill掉
A:
y
Q:
刚刚不收敛（震荡）的用的关键词是这个：#p opt=(calcall,ts,maxstep=5,noeigen,notrust) freq b3lyp/6-31g(d,p) int=ultrafine opt=calcall代价太高了现在改成这个 #p opt=(calcfc,ts,maxstep=5,gdiis,noeigen,notrust) freq b3lyp/6-31g(d,p) int=ultrafine 老师您觉得合适么？
A:
try
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2016.11.22 18:58:41
Q:
这里有一篇16年的文献，引用了老师的molclus程序，[表情]
Analysis of the Structures and Properties of (GaSb)n (n = 4–9) Clusters through Density Functional Theory
Qi Liang Lu, Qi Quan Luo, Shou Guo Huang, Yi De Li, and Jian Guo Wan
J. Phys. Chem. A, 2016, 120 (26), pp 4560–4564
Publication Date (Web): June 20, 2016 (Article)
DOI: 10.1021/acs.jpca.6b05529
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpca.6b05529
A:
还有其它引用molclus的：
二元醇混合物汽液相平衡的GEMC模拟与微观结构分析，化工进展, 35, 2670 (2016)
http://d.wanfangdata.com.cn/periodical/hgjz201609008
Thermal stability of phenolic resin: new insights based on bond dissociation energy and reactivity of functional groups, RSC Adv., 6, 55007 (2016)
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2016/RA/C6RA07597E
引用见文章补充材料
Structural transition of (InSb)n clusters at n = 6–10, Chem. Phys. Lett., 663, 128 (2016)
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009261416307746
----------------------------------------------------
2016.11.22 19:18:17
Q:
请教一下，gauss计算不收敛，有没有相关的帖子啊？
Convergence failure.
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2016.11.22 19:18:33
Q:
求教，TD计算荧光光谱，最后结果得出excited state 1是荧光峰理论值吗？但是对应的振子强度为0？
A:
有可能从更高的态发射
Q:
[图片][图片]
上图是TD计算的荧光光谱和输出结果，但实验测得只有一个324nm的荧光峰，请问是否默认Excited State 1为荧光峰值？不管Excited State 2和Excited State 3？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.11.22 19:20:34
Q:
哪位老师帮忙下载下这个，谢谢http://www.docin.com/p-1052948078.html
A:
跟计算化学无关的求助不要发在群里
----------------------------------------------------
2016.11.22 20:07:17
Q:
请问，磷光的寿命怎么求？
现在我已经知道了T1到S0的自旋轨道耦合为6.44cm-1，T1和S0的gap也知道了，根据爱因斯坦公式求得话，t=3/(2*f*ΔE^2)
怎样把自旋耦合项代入进去？
A:
参考J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 15135−15143
----------------------------------------------------
2016.11.22 20:32:05
Q:
老师您好，我想问一下，出现这样的错误还能用半经验方法优化结构吗[图片]
A:
不能
Q:
换个半经验方法
谢谢老师
老师您好，我换用另一种半经验方法INDO计算，又出现了这样的错误[图片]，是不是说明优化的这个分子结构不正确，或者说应该如何改进呢
那就别用半经验了，HF/3-21G试试
谢谢老师
A:
PM6优化不行就MOPAC2016用PM7优化，还不行就DFT优化
----------------------------------------------------
2016.11.22 22:19:25
Q:
[图片] 老师，请问这个分子算单点能用什么高级点的方法和基组合适啊？（我之前算这个过渡态是用的这个m062x/6-31g(d) opt=(ts,calcall,noeigentest) ）
师兄，请问我这个分子用下面这个行不行呀M06-2X/6-311++g**//CCSD(T)/def2-TZVP？
A:
单点用CCSD(T)/cc-pVTZ，优化用M062X/TZVP
----------------------------------------------------
2016.11.22 22:36:38
Q:
老师请问mopac和orac哪里有下载的网址
chem3d中有个mopac命令
优化前用这个chem3d中的这个命令行吗不用专门的这个软件优化可以吗
A:
chem3D只提供个接口，哪可能直接提供MOPAC
Q:
genmer生成的构象个数是大体写的吗两种物质1:2 能写5种或者3中吗
A:
生成多少种随便，生成的数目越多找到的极小点数目、找到最小点的概率越大
但相应的优化完所有结构计算量也会越大
Q:
那是不是数目少的话还是不确定优化出来的最低的是否是正确的
A:
然
----------------------------------------------------
2016.11.22 23:37:49
Q:
我现在有单晶结构的cif文件，我想要计算这种结构的荧光光谱，需要先优化结构吗，优化是直接打开cif文件还是保存成mol格式再打开，我直接用gaussview打开是这样子的[图片]
A:
群内发言字号不得超过12
Q:
哦哦
A:
cif载入到chem3D里一般能直接得到完整的结构，然后优化其激发态
Q:
不需要优化它的基态了吗
A:
还不改字号？
Q:
改了
A:
一般不需要
----------------------------------------------------
2016.11.22 23:39:48
Q:
, 如果电子跃迁使得分子有比较明显的构型变化，Duschinsky矩阵偏离单位阵比较明显，这时候我得到的激发态振动谱，就不适合与基态的振动频率做比较了吧？也就是说这种振动模式的线性混合，也会影响到振动频率发生变化吧？谢谢~
A:
对
Q:
比如说苯环某个骨架伸缩振动，激发态比基态频率发生了红移，如果计算得到的Duschinsky矩阵明显偏离单位阵，也不能由"频率红移"说明苯环C-C键长伸长，导致该振动模式频率发生变化吧。
A:
振动模式的改变和振动频率的改变还是分开谈为宜
Q:
也就是说模式混合，不能给频率变化提供解释依据吗
A:
关系没那么明确，毕竟不同电子态上同一正则坐标上力常数也会变
----------------------------------------------------
2016.11.23 00:14:31
Q:
听说scf=symm，scf=dsymm可以帮助收敛？
A:
帮助不了
----------------------------------------------------
2016.11.23 00:40:58
Q:
[图片]不知道有没有做gromacs出现这样情况
A:
把fftw的库的目录加到LD_LIBRARY_PATH环境变量里
----------------------------------------------------
2016.11.23 01:33:25
Q:
哪位同学用lammps我想问下，我有packmol建了要算的体系，在导入到MS中，还要不要加盒子？
谢谢墨老师，搞了三年的lammps还没学会/撇嘴
lammps会跑了不会处理数据，gromacs需不需要会编程墨老师@墨家弟子
OA：
打算去上sob老师的班学学看，
学量化不懂编程的估计就我了
Q:
是啊，好学校专业设置还是合理
A:
最好会一些tcl语言能在VMD里写脚本
科音的gmx班里会讲
----------------------------------------------------
2016.11.23 02:44:16
Q:
[图片] 老师，您好~我在做表面静电势时，需要调用g09w中的cubegen程序，出现了这样的情况，请问老师该如何解决？
A:
文件都弄到g09w目录下再试
省得写那么长路径
----------------------------------------------------
2016.11.23 02:50:36
Q:
老师高斯运行着，能运行molclus吗？我用molclus高斯优化，window系统
构像设置的高斯
A:
不能
甭用CCSD
提示很清楚了 Frequency-dep. properties only for HF and DFT.
Q:
[图片]
老师empirical后面那一长串能只写opt nosym吗
A:
nosymm都多余
Q:
嗯嗯好的明白了谢谢老师们
[图片]
这是咋回事啊
A:
[图片]
Q:
[图片]
就这样等着，还有手动打开高斯吗
A:
等着
Q:
嗯嗯好的老师谢谢
A:
帖子里没说的都不需要做
Q:
[图片]
有不收敛的咋整啊
A:
忽略此结构，或者给模板文件加适当的关键词
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
老师，是不是这样理解，就是构像中有不收敛的我们可以不考虑这些，光考虑出现收敛的那些，也就是出现机会最大的那些
A:
这跟实际出现几率大小无关
是否收敛是数值问题
实际出现几率看能量
Q:
那出现这样情况是忽略还是加适当关键词呢
A:
个别挂了就忽略，大面积挂调整关键词
----------------------------------------------------
2016.11.23 04:14:00
Q:
请问Sob老师，可以用DFT方法算激发态吗@Sobereva
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
Q:
这个帖子我看过了
A:
看过没理解=没看
Q:
既算一个分子的基态，又算它的激发态，要比较基态和激发态的能量和pi轨道，这方法必须用一样的吧，算基态用的DFT方法
A:
1 DFT算不了激发态，除非用delta-SCF形式
2 TDDFT没有激发态轨道的概念
不懂就再读博文10遍
----------------------------------------------------
2016.11.23 04:19:10
Q:
激发态高精度方法很多，可是用不起怎么办嘛
A:
量力而行
----------------------------------------------------
2016.11.23 04:23:03
Q:
sob老师去，gromas和multiwfn的培训本学期有没有呀
A:
看www.keinsci.com
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.23 04:47:54
Q:
sob老师跟您请教个问题我增加激发态计算后，算出来的激发态是400nm附近的，而不是我想要的700nm附近这个需要怎么修改计算想要的那部分呢？
A:
不增加不就完了
Q:
原来是打算在算过TD基础上再增加一些态，如果不增加的话在原来的情况下算的有点少，也不够精确啊
A:
怎么增加的？靠DEmin的话DEmin下面的显然不显示
靠DEmin就和之前算出来的合并
----------------------------------------------------
2016.11.23 04:56:20
Q:
老师，分子内电荷转移和光致电子转移怎么从分子前线轨道观看并区别呢？
A:
光致电子转移也可以是分子内啊
Q:
对的也可以是分子内
老师你看我的理解啊当发生质子转移之后，体系变为两性离子，质子给体和质子受体分别呈负和正电荷，这个是电荷转移。
当发生TICT过程后，由于化学键的重新改变导致原来给体和受体的正负性消失，此时ICT→电子转移
电子转移[图片]是由于光激发导致电子重新排布，其中有的基团的有亲电子性，致使发光团的共轭被破坏，电子都跑这个基团上去了。但是如果亲电子性的基团被取代后，就不会破坏pi共轭，所以pet off 导致发光。这样理解对吗？老师
A:
没有单双键严格的区分
可结合Mayer键级考察
Q:
sob老师的AIM basin分析看定域电子布居就应该很好地区分开了
A:
AIM太耗时，对此目的不推荐
模糊键级也可以
----------------------------------------------------
2016.11.23 05:06:38
Q:
老师，请问分子构造的时候是双键但是优化出来却变成了单键，查资料得到的结论也应该是双键，这个有影响吗？
A:
不用管gv判断的单双键
----------------------------------------------------
2016.11.23 05:26:55
Q:
老师您好我用市面上普通的计算机，虽然我算的体系不是很大，普通的也很慢，我们实验室用的人不多，就计算一些基本的参数。是在现有的电脑上配置一些器件，还是买个服务器还是工作站，这些有啥区别吗
A:
没法配置什么器件
买个双路服务器
Q:
那工作站建议考虑吗
A:
“工作站”没有严格的定义
就说配置，不说这些
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