求助：gromacs模拟如何计算组分间作用力？

SpongeBob · 发表于 Post on 2020-4-19 17:47:28

在gromacs模拟中如何计算组分间作用力？通过哪个命令可以得到组分间作用力随时间的变化呢？谢谢大家

mol · 发表于 Post on 2020-4-19 22:10:50

好像没有现成的命令，多半得自己写个脚本了

SpongeBob · 发表于 Post on 2020-4-20 13:04:46

mol 发表于 2020-4-19 22:10
好像没有现成的命令，多半得自己写个脚本了

嗯嗯好的谢谢！！！

corei70715 · 发表于 Post on 2020-4-20 21:30:24

分组后重跑轨迹，再gmx energy，可以输出组间的相互作用。可以查看gmx energy帮助文档

SpongeBob · 发表于 Post on 2020-4-21 13:31:36

corei70715 发表于 2020-4-20 21:30
分组后重跑轨迹，再gmx energy，可以输出组间的相互作用。可以查看gmx energy帮助文档

对于这一部分我有个小白问题，我是想energy计算出来的是能量吧？

corei70715 · 发表于 Post on 2020-4-21 14:23:59

SpongeBob 发表于 2020-4-21 13:31
对于这一部分我有个小白问题，我是想energy计算出来的是能量吧？

emmm不是求相互作用的能量么？你要的是力？force？

SpongeBob · 发表于 Post on 2020-4-21 18:07:21

corei70715 发表于 2020-4-21 14:23
emmm不是求相互作用的能量么？你要的是力？force？

是的我想求力 force

ZZH0711 · 发表于 Post on 2025-11-19 16:09:54

请问最后怎么解决的？我也想求两个组分之间的force

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