求助gromacs中用posre的问题，在nvt平衡过程中出现了很多lincs的报错

wyw1

我现在想要把一部分重链给限制住，然后我已经把我想限制的原子写在posre.itp中了。我进行em和nvt后，在nvt平衡过程中出现了很多lincs的报错，请大家帮我看看我这两个mdp文件写的有没有问题，为什么会出现这样的结构性问题。然后top是这么写的; include the position restraint file for the frozen atoms
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include water topology
#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
SOL         75806
NA               236
CL               218

sobereva

top必须给完整
连引用forcefield.itp的部分都没有

beyond

一般LINCS warning都是来自hydrogen involved bonds，
建议你的constraints 改为h-bonds,
另外，你的posre.itp里面只有两个原子有positional restraints
可以用gmx make_ndx 及 gmx genrestr 重新生成一个posre.itp，只限制重原子

wyw1

beyond 发表于 2025-12-2 06:26
一般LINCS warning都是来自hydrogen involved bonds，
建议你的constraints 改为h-bonds,
另外，你的posr ...

okok 搞定了 谢谢

wyw1

sobereva 发表于 2025-11-28 10:58
top必须给完整
连引用forcefield.itp的部分都没有

好的 谢谢