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[GROMACS] 如何模拟水分子通过MOF膜?

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各位老师好,我在模拟水分子通过MOF膜的分子动力学,用了GAFF/UFF力场和NVT系综,温度298.15K,模拟了10ns。水分子在模拟过程中主要朝着x方向左右移动(黑线),没有经过z轴穿过MOF膜(红线),请问该怎么设置模拟参数?

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发表于 Post on 2025-12-6 10:11:04 | 只看该作者 Only view this author
在这么大空间内,先自由扩散一下应该是很正常的,建议在两端加石墨烯板防止水分子通过周期性跑到另一端

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发表于 Post on 2025-12-6 11:59:18 | 只看该作者 Only view this author
要先说明打算模拟什么机制下水穿越MOF,是自发扩散过去,还是加压什么的。而且就拿这么一团水(跟纳米液滴似的)来模拟也很奇怪
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-6 13:35:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-6 11:59
要先说明打算模拟什么机制下水穿越MOF,是自发扩散过去,还是加压什么的。而且就拿这么一团水(跟纳米液滴 ...

sob老师好,实验上是少量水蒸气,常温,没有加压的,我packmol构建的时候加少了,我再加点水分子进去。

自发扩散的话是不是只能加热加速扩散了?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-6 13:36:40 | 只看该作者 Only view this author
1601452201 发表于 2025-12-6 10:11
在这么大空间内,先自由扩散一下应该是很正常的,建议在两端加石墨烯板防止水分子通过周期性跑到另一端

我水分子加少了,应该是空间布满水分子的

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发表于 Post on 2025-12-6 14:37:01 | 只看该作者 Only view this author
yaoyuan0711 发表于 2025-12-6 13:35
sob老师好,实验上是少量水蒸气,常温,没有加压的,我packmol构建的时候加少了,我再加点水分子进去。
...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-12-10 19:02:14 | 只看该作者 Only view this author
或者你膜前膜后有浓度梯度这种情况也可以自发进行,不加压的情况下

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