求助：NPT模拟时出现锌离子和硫酸根离子聚集，导致锌离子和水的配位数过低

AnnieXu · 发表于 Post on 2025-11-19 11:48:05

本帖最后由 AnnieXu 于 2025-11-19 15:10 编辑

老师们好，目前体系用的OPC3水、锌离子用Merz(HFE fit for OPC3)、硫酸根(sobtop生成)用GAFF力场，力常数基于Hessian计算得到。
常温常压模拟锌离子与水的配位数才2.06，与所有O原子配位数为2.12，且锌离子与水rdf第一峰位置为0.178nm，均小于实际值。
目前想法为对锌离子和硫酸根进行电荷缩放，已尝试0.8和0.7，效果均不理想。或者对硫酸根换一个力场，但卢老师分享的Madrid 2019力场要搭配TIP4P/2005使用，KBFF的comb-rule跟AMBER/GAFF不一样，没法混用（后续模拟会加小分子有机添加剂，用GAFF力场)。请问各位老师有什么建议吗？

该图片隐藏水分子以便更好观看

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sobereva · 发表于 Post on 2025-11-19 23:55:05

就用Madrid 2019搭配TIP4P/2005呗

AnnieXu · 发表于 Post on 2025-11-20 15:20:26

本帖最后由 AnnieXu 于 2025-11-20 17:02 编辑

sobereva 发表于 2025-11-19 23:55
就用Madrid 2019搭配TIP4P/2005呗

感谢卢老师回答，那我水用TIP4P/2005，硫酸根用Madrid，但：

锌离子没有与TIP4P/2005拟合的Merz参数，Madrid力场也没有包含锌离子。
同时我的添加剂用GAFF力场的话，似乎与Madrid不兼容，Madrid的非键作用默认规则跟AMBER/GAFF不一样，以下非键作用默认规则是您推荐的J. Phys. Chem. Lett., 15, 9411 (2024) DOI: 10.1021/acs.jpclett.4c02261文献中提取的。

   [ defaults ]
   ; nbfunc       comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ       fudgeQQ
   1             2             no             1.0             1.0
  3.Madrid力场中一对原子类型（i和j）之间的相互作用参数没有硫酸根与锌离子的参数
   [nonbond_params]
   ;i j func sigma epsilon

Zoechx · 发表于 Post on 2025-12-9 20:29:04

请问您后来如何解决的呢？？

AnnieXu · 发表于 Post on 2025-12-10 16:50:41

Zoechx 发表于 2025-12-9 20:29
请问您后来如何解决的呢？？

锌离子用Merz/IOD参数

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