过渡态搜索，中间体优化问题

staron · 发表于 Post on 2017-5-1 21:07:45

在寻找氯苯和咔唑反应（SN2Ar反应）的过渡态和中间体时遇到了一些问题，请大家指教。
基础有机化学中这个反应是分两步进行的：第一步生成络合物，第二步氯离子离去。所以会有两个过渡态。
我找到了第一个过渡态，但是跑IRC直接连接到了产物而不是中间体。并且，我反复尝试想要优化得到络合物中间体都失败了，请问这种情况该如何解决？这能否说明没有中间体生成？

Sophiaya · 发表于 Post on 2017-5-2 12:11:32

你找到的过渡态是什么样的，最好可以贴出来。

staron · 发表于 Post on 2017-5-2 12:19:48

本帖最后由 staron 于 2017-5-2 12:36 编辑

我把过渡态输出文件和，拿过渡态跑的IRC输出文件传一下，大家帮我看一下我的过渡态找的对不对。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-5-2 13:42:06

staron 发表于 2017-5-2 12:19
我把过渡态输出文件和，拿过渡态跑的IRC输出文件传一下，大家帮我看一下我的过渡态找的对不对。

竟然用PM6。。。
半经验找到的过渡态用DFT都不一定真正存在。B3LYP-D3/6-31G(d)起步

staron · 发表于 Post on 2017-5-2 13:46:16

liyuanhe211 发表于 2017-5-2 13:42
竟然用PM6。。。
半经验找到的过渡态用DFT都不一定真正存在。B3LYP-D3/6-31G(d)起步

sob课上说可以先用PM6试试，我为了省事就先用PM6试一试。谢谢李博士的回答，保险起见，我还是用学校的服务器吧！{:'

airyang · 发表于 Post on 2017-5-2 14:00:33

用半经验（PM6）得到的过渡态没多可靠，这个大小的分子，搞个4核的机器就可以上DFT很正常的算了。单核windows跑，看着真心酸。

另外，在气相中生成络合物分子那一步一般没有过渡态，很可能是个double-well的势能面，我个人认为就只有SN2发生那一步有过渡态。类似这样：

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