膜体系comm-grps设置问题

雷阵雨

最近在做一个膜+水+小分子溶剂的体系，想要研究溶剂在水中及孔道内的扩散和分布。根据sob老师之前的回帖用的是pbc = xyz，在不对膜加任何位置约束/冻结，comm-grps = system时发现膜会跑，即原本膜的孔道是在盒子正中间的会跑偏，尽管可能对于水的分布来说可能并不会导致影响？但是在分析的时候变得很麻烦。看到GROMACS论坛上开发者对于膜体系的回复见图2。按他的说法膜体系应该都用comm-grps=SOL_MEMB SOL，但是不太明白其中的原理，开发者也并没有给出具体的解释。我疑惑的是对膜和溶剂进行质心消除是否会影响溶质的运动和分布？还请各位老师不吝赐教

雷阵雨

最近看了一些关于有类似膜体系的多层体系的模拟相关研究，总结了一下跑NPT系综时的.mdp的设置：
integrator               = md
dt                       = 0.002    ;ps
nsteps                   = 25000000  ;50 ns
comm-grps                = MEM SOL
nstlist                  = 10
pbc                      = xyz
periodic_molecules       = yes
rlist                    = 1.2
cutoff-scheme            = Verlet
verlet-buffer-tolerance  = 0.002
coulombtype              = PME
rcoulomb                 = 1.2
vdwtype                  = cut-off
rvdw-switch              = 1.0
rvdw                     = 1.2
DispCorr                 = EnerPres
tcoupl                   = V-rescale
tc-grps                  = system
tau-t                    = 0.1
ref-t                    = 293
pcoupl                   = C-rescale
pcoupltype               = semiisotropic
tau-p                    = 5
compressibility          = 0 4.5e-5
ref-p                    = 1.0 1.0
constraints =  hbonds