求助：如何将L型氨基酸转为D氨基酸进行模拟

小熊也有梦想 · 发表于 Post on 2023-7-16 12:05:22

老师们好，我目前已经有一个8-L型氨基酸聚合物的模拟体系在NAMD上跑模拟，现在想做一个镜像体系，请问要如何获得对应的8-D型氨基酸聚合物的PDB、PSF、拓扑文件和参数文件呢，有这方面的教程吗？望各位老师不吝赐教！谢谢。

ionexchangeC · 发表于 Post on 2023-7-16 22:34:50

所有原子的X坐标和Y坐标不变，Z坐标乘以-1

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-7-17 00:49:52

pdb文件直接用gromacs转一下就行，gmx editconf -scal 1 1 -1

拓扑和参数动都不用动

小熊也有梦想 · 发表于 Post on 2023-7-30 08:56:35

谢谢各位老师，目前问题已经解决了。后来在一篇文献中看到说，在Charmm力场中D氨基酸和L氨基酸的CMAP需要倒转，charmm提供了倒转后的力场文件。

因此我用老师们的方法改变坐标后，用新的力场文件重新构建了体系。希望给其他有同样问题的小伙伴提供一些参考。

coisiniiiiiii · 发表于 Post on 2025-12-24 15:49:46

小熊也有梦想发表于 2023-7-30 08:56
谢谢各位老师，目前问题已经解决了。后来在一篇文献中看到说，在Charmm力场中D氨基酸和L氨基酸的CMAP需要倒 ...

您好，方便分享一下文献嘛？

student0618 · 发表于 Post on 2025-12-24 18:32:16

在CHARMM36m力场中，D-氨基酸的残基名是DXXX。可以手动编辑PDB文件中的残基名直接使用。

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