CP2K限制性MD如何输出每一步的colvar呢

Exodus · 发表于 Post on 2024-6-6 20:31:45

如果使用metadynamics会输出到metadynLog中，但如果限制性MD应该如何输出呢
   &COLVAR
   &DISTANCE
      &POINT
         TYPE GEO_CENTER
         ATOMS 1 2 3 4
      &END POINT
      &POINT
         TYPE GEO_CENTER
         ATOMS 5 6 7
      &END POINT
      AXIS XYZ
      POINTS 1 2
   &END DISTANCE
   &PRINT
      &PROGRAM_RUN_INFO ON
         &EACH
         MD 1
         &END EACH
         ADD_LAST NUMERIC
         COMMON_ITERATION_LEVELS 1
         FILENAME ./${NAME}
      &END PROGRAM_RUN_INFO
   &END PRINT
   &END COLVAR

xjz980322 · 发表于 Post on 2025-9-19 14:58:32

请问您，该问题解决了吗，是如何解决的

yuzc · 发表于 Post on 2025-9-29 11:27:41

请问cDFT能结合MD么~

Exodus · 发表于 Post on 2025-9-29 12:13:28

xjz980322 发表于 2025-9-19 14:58
请问您，该问题解决了吗，是如何解决的

使用限制性分子动力学时CV随时间步长是线性变化的，变化单位为TARGET_GROWTH，所以用Excel一拉就可以了，或者plumed处理xyz轨迹也可以获得

Exodus · 发表于 Post on 2025-9-29 12:14:15

yuzc 发表于 2025-9-29 11:27
请问cDFT能结合MD么~

可以，就是比一般的md稍贵一些

粉川桜雪 · 发表于 Post on 2025-12-15 20:08:58

Exodus 发表于 2025-9-29 12:14
可以，就是比一般的md稍贵一些

您好，请问一下cp2k输出的shake 因子单位是什么呀，积分后得到的势能面如何转换成 kJ/mol 单位呢？

Exodus · 发表于 Post on 2025-12-17 12:06:43

粉川桜雪发表于 2025-12-15 20:08
您好，请问一下cp2k输出的shake 因子单位是什么呀，积分后得到的势能面如何转换成 kJ/mol 单位呢？

Multipliers的单位是Hartree/Bohr，对CV积分时要和CV的单位匹配，然后换算就行

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[CP2K] CP2K限制性MD如何输出每一步的colvar呢

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